《自然微生物学》：新的全球指南简化了环境微 生物组研究

微生物群落，即生活在我们体内外的微生物群落，在从人类健康到土壤肥力和气候调节等诸多方面都发挥着至关重要的作用。然而，研究这些微小的生命体，尤其是在人体外的研究，面临着一项重大挑战：科学家如何在如此广泛的环境和学科领域之间共享复杂的数据？为了帮助解决这个问题，一个由来自28个国家的近250名研究人员组成的团队制定了一套名为STREAMS的新指南。

微生物群落，即生活在我们体内和周围的微生物群落，在从人类健康到土壤肥力和气候调节等各个方面都发挥着至关重要的作用。但是，研究这些微小的生命形式，尤其是在人体外的研究，面临着一个巨大的挑战：科学家如何在如此广泛的环境和学科领域之间共享复杂的数据？

为了帮助解决这个问题，来自28个国家的近250名研究人员组成团队，制定了一套名为STREAMS的新指南，STREAMS是“ 环境和宿主相关微生物组研究技术报告标准”（Standards for Technical Reporting in Environmental and host-Associated Microbiome Studies）的缩写。STREAMS以STORMS（一份广泛应用于人类微生物组研究的清单）的成功经验为基础，并将其扩展到涵盖土壤、水、空气、动物、植物甚至合成环境中的微生物。

STREAMS 指南的主要作者、密歇根州立大学微生物学、遗传学和免疫学系博士生 Julia Kelliher 在《自然微生物学》杂志上发表的一篇新论文中解释了新框架的必要性。

 Kelliher解释说，STREAMS是一套报告指南，旨在帮助研究人员、学生和审稿人审阅有关环境、非人类宿主相关和合成群落的稿件。这些指南按照科学稿件的结构进行组织，有助于确保不会遗漏重要细节，例如许可信息或对重复数据的正确引用。

 Kelliher对STREAMS的期望很简单：“我只是想帮助一些人，”她说，“特别是学生。我们制作了教程、用户指南，甚至还有缩略语列表，以确保它易于使用。我希望它能让他们的工作更轻松、更高效。”

“有了这些报告指南，从研究人员到审稿人再到出版商，每个人都能更有效地合作，” Kelliher说。

这些指导方针源于与美国微生物学会微生物大会合作举办的一次研讨会，50 名参与者（包括研究人员、数据存储库代表、期刊编辑和资助机构）讨论了环境微生物组研究中需要更好的报告标准。

 Kelliher说：“我们非常注重确保参与者在各个职业阶段都具有多样性。一些最好的想法来自那些正在收集元数据的早期职业研究人员，他们也很乐意参与其中。”

STREAMS包含67个清单项目，指导研究人员完成科学论文的每个部分，从而更轻松地清晰、一致地撰写论文。它还采用机器可读设计，这意味着计算机可以更高效地分析和比较研究。该指南与现有的元数据标准相一致，并包含一些功能，方便研究人员将数据提交到公共数据库。

STREAMS 与其前身 STORMS 的一个主要区别在于研究范围。STORMS 专注于人类微生物组，而 STREAMS 则着重解决环境和非人类宿主相关研究的独特挑战。“环境微生物组研究中有很多限制条件，这些限制条件无法直接应用于人类研究，”Kelliher 说。“术语、数据类型，甚至样本采集方式——一切都不同。”

STREAMS团队还新增了一些条目，以反映新兴实践，例如在研究中使用人工智能。“并非所有期刊都处于要求报告人工智能使用情况的同一阶段，”她说。“我们希望确保STREAMS能够解决这个问题。”

管理来自数百位贡献者的意见绝非易事。 Kelliher亲自审阅了超过1100条反馈，并整理成一份长达100页的回复文件，以确保每一条评论都得到考虑。“这绝对是一个挑战，”她说。“我们想让参与者们感受到我们对每一条反馈都非常重视，而且我认为他们也确实感受到了这一点。”

STREAMS 被设计成一个“动态”资源。团队计划根据社区反馈定期更新它，他们已经在撰写一篇论文，该论文使用大型语言模型来帮助解析指南。

 Kelliher进入STREAMS的道路可谓非同寻常。她最初接受的是神经科学和服装设计方面的训练，在斯基德莫尔学院读大四时，一次偶然的机会让她搬到了新墨西哥州，之后便在洛斯阿拉莫斯国家实验室找到了工作。“当时我和几位研究人员一起徒步旅行，他们说他们需要一名本科生参与一个微生物组项目，”她回忆道。“我去面试了，得到了这份工作，从那以后，我参与了大约十几个生物科学项目。”

 Kelliher在洛斯阿拉莫斯国家实验室工作了八年。本科毕业后，她在约翰·霍普金斯大学攻读硕士学位，同时在实验室兼职。现在，她一边在洛斯阿拉莫斯工作，一边在密歇根州立大学攻读博士学位。“我还在读博之余兼职，我可不推荐这么做，”她笑着说，“我总是感觉很累。”她还在新墨西哥州联盟担任联合职务。该联盟是由新墨西哥州三所研究型大学组成的非营利性机构，该项目通过该联盟获得美国国家科学基金会的资助。

她在洛斯阿拉莫斯国家实验室的经历，以及她参与的美国能源部大型项目（例如国家微生物组数据合作项目）的工作，使她能够领导STREAMS计划。她正与劳伦斯伯克利国家实验室的资深作者Emiley Eloe-Fadrosh以及STREAMS指南的主要作者Chloe Mirzayi合作开展这项工作。