摘要
可以从患者肿瘤中分离出肿瘤浸润淋巴细胞（TIL），在体外进行大规模扩增，然后再回输到患者体内以发挥治疗效果。最近的临床试验已经证明了TIL对某些患者群体的有效性，并为黑色素瘤的治疗获得了FDA的批准。然而，TIL在扩增过程中的变化机制尚不清楚，而这对于改善更多患者的治疗效果可能至关重要。为了研究TIL扩增过程中的细胞变化，我们对从患者肿瘤中分离出的TIL及其体外扩增后的细胞产物进行了单细胞RNA测序和T细胞受体测序。我们发现扩增前后TIL之间存在显著的转录差异。扩增后的TIL主要处于耗竭状态，缺乏幼稚型或记忆型细胞特征，尤其是CD39/CD69双阴性（DN）“类干细胞”T细胞的比例下降。共激活受体CD137和CD27的表达减少，而CD30的表达增加。在抑制性受体中，PD-1（PDCD1）的表达下降，而HAVCR2（TIM3）和LAG3的表达显著增加。随着体外扩增，其他基因家族（如与细胞毒性相关和APC相关的基因）也表现出显著上调。不同克隆型在多个细胞分化阶段中分布，显示出高度的可塑性。尽管体外扩增后的TIL主要是终末分化的耗竭细胞，在转录上与初始TIL有显著差异，但仍存在一个较大的前体耗竭型CD8 T细胞群体，且DN T细胞的数量有所增加。未来如果能够扩增出具有记忆型特征的TIL亚群（如DN T细胞），可能会进一步提高这种治疗方法的效果。
数据可用性
与本研究相关的所有数据均存储在公开的、可自由访问的数据库中。本研究中的scRNA-seq和scTCR-seq实验的原始测序数据将存放在Sequence Read Archive（SRA）中，数据访问地址为PRJNA1291801。相关代码可在以下链接查看：https://github.com/gianfilippo/CancerImmunologyResearch2025。
