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超深度宏基因组测序技术能够从人类尿液样本中重建出多样且高质量的微生物基因组
摘要 背景 尿路感染(UTIs)是全球主要的健康挑战,需要准确识别致病病原体以实现有效的诊断和治疗。尽管宏基因组下一代测序(mNGS)已成为一种强大的诊断工具,但其临床应用受到尿样中高质量微生物基因组缺乏的限制。 结果 我们重建了223个
来源:BMC Microbiology
时间:2026-02-27
结直肠癌中的功能性微生物群变化及其与宿主微生物组的相互作用:基于宏蛋白质组学方法的见解
摘要在许多低收入和中等收入国家,包括埃及,结直肠癌(CRC)的发病率正在上升,这在一定程度上是由于城市化和生活方式的改变所致。在这些地区,宏蛋白质组学方法尚未得到充分应用。在这项研究中,我们对埃及的CRC患者进行了粪便宏蛋白质组学分析,以表征与疾病相关的蛋白质表达模式,探讨宿主与
利用DArTseq技术对棉(Gossypium hirsutum L.)基因型的遗传多样性和种群结构进行分析
摘要 棉花是一种全球范围内广泛种植的作物,它面临着各种生物和非生物胁迫。缓解这些胁迫的最有效策略是通过植物育种计划培育出耐受或抗性品种。适当的育种策略(如传统育种)对于产生有益的遗传变异和识别理想性状至关重
来源:BMC Genomics
基于基因组学的方法,利用SpongySeq(一种扩增子测序试剂盒)对在船舶检查过程中截获的毛虫(Lymantria dispar)的地理来源进行评估
摘要背景入侵性外来物种(IAS)对本地生物多样性、生态系统服务、经济稳定性和人类福祉构成了重大威胁。两种来自亚洲的毛虫——Lymantria dispar asiatica 和 L. dispar japonica,是多种硬木和针叶树的重要食叶害虫。植物保护监管机构认为这些毛虫通
利用自主研发的双指标系统(DIP)和机器学习技术对西北地区汉族人群进行遗传结构分析,以推断其法医祖先背景
摘要本研究使用自主研发的60个DNA多态性位点(DIP)面板,对来自中国西北部的柯尔克孜族样本(CNK)以及1000基因组计划中的26个参考人群进行了混合人群的法医祖先推断分析。遗传学分析(PCA、ADMIXTURE、TreeMix)表明,CNK群体与东亚人群具有共同的祖先背景,
PRIME-BSPre:一种基于模板的基因组范围内蛋白质-RNA结合位点预测方法
摘要 在本文中,我们提出了PRIME-BSPre,这是一种基于模板的基因组范围方法,用于预测蛋白质-RNA结合位点。该方法综合考虑了RNA序列及其二级结构,以及相应RNA结合蛋白(RBP)的三级结构。我们是
Lactiplantibacillus pentosus LP309的混合基因组组装与全面基因组分析揭示了其作为益生菌的潜力及其在技术应用方面的价值
摘要背景本研究对从食用橄榄发酵过程中分离出的Lactiplantibacillus pentosus LP309菌株进行了深入的基因组和功能特性分析。该微生物使用三种下一代测序平台(Illumina、PacBio和Oxford Nanopore Technologies (ONT
在评估面包小麦基因型的遗传多样性时,整合并利用GBS(Genome Sequencing by Bisulfite Excision)和DArTseq(Digital Agriculture Related Technologies Sequencing)技术生成的SNP(单核苷酸多态性)标记
摘要背景小麦(Triticum aestivum L.)是全球最重要的农作物之一。伊朗的地方品种为丰富全球的小麦基因库提供了重要资源,解析其基因型的多样性对育种者来说至关重要。基因分型测序(GBS)和多样性阵列技术(DArT)是生成单核苷酸多态性(SNP)标记的两个重要平台。整合
利用计算机模拟方法鉴定原核生物中的潜在PETase酶
摘要 背景 塑料对全球动植物的栖息地和生存构成了最严重的威胁之一。全球范围内不断有报告指出塑料废物量正在急剧增加,但出于多种工业和家庭用途的需求及经济效益考量,塑料材料的生产仍在持续。因此,寻找塑料自然降解途径一直是一个重要课题。能够降解塑料的微生物的发现一直是微生物学研究的
来源:BMC Biology
hStouffer:一种用于大规模RNA-seq数据综合分析的增强型元分析方法
摘要 背景 随着公共RNA-seq数据集的指数级增长,元分析已成为整合研究以提高统计功效和识别一致生物模式的关键工具。然而,传统的p值组合方法并未针对大规模集成进行设计,存在一个关键缺陷:随着更多数据集的加入,假阳性的比率急剧增加。这一问题源于少数个别
来源:BMC Bioinformatics
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