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新一代测序新面临的六大挑战
当年,Solexa品牌还在的时候,MassGenomics的Dan Koboldt就提出了新一代测序(NGS)面临的一些挑战,包括生物信息学算法的问题,以及读长太短,工具太贵,经验太少。如今,这些问题中的大部分都已解决。不过,别高兴得太早。Koboldt认为,我们面临更新、更难的挑战。
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福利贴 Illumina测序方法汇总[创新技巧]
在高通量测序中,Illumina的测序仪一直是重要的工具。然而,人们渐渐发现,标准的操作步骤已不能满足他们的特定需求。于是,研究人员不断开发出新的NGS样品制备方法,以解决新的挑战。为此,Illumina编辑了一份小册子,收录了近年来发表的各种Illumina测序应用。
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QIAGEN推出3款NGS样品制备新产品[新品推荐]
自QIAGEN宣布要推出新一代测序仪以来,大家都在翘首盼望这台新仪器的上市。年初,QIAGEN表示将在今年推出GeneReader测序仪,不过,5月份他们又改口了,说要延迟到2015年推出。唉,我们等到花儿也谢了。但是,GeneReader虽没来,NGS样品制备方面的新产品却在不断上市。
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如何确定新突变是否是体细胞突变[创新技巧]
在研究DNA样品中的突变时,确定新的序列变化到底是体细胞突变,还是生殖细胞系的多态性,这似乎是件挺困难的事。最近,西班牙纳瓦拉大学(University of Navarra)的研究人员介绍了一种非常简单的方法,可在没有配对组织样品时鉴定DNA样品中的体细胞突变。
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利用NimbleGen序列捕获技术实现定向RNA-Seq[创新技巧]
最近在Nature Protocols杂志上在线发表的一篇文章介绍了利用NimbleGen序列捕获技术进行转录组定向测序,用于RNA研究中基因发现和表达定量。
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对付无法培养的微生物 宏基因组学研究策略[创新技巧]
与大肠杆菌不同,绝大多数微生物不能在琼脂板或液体培养基中培养,这使得科学家无法研究它们的生物学、生物化学以及对生态、健康和疾病的贡献。Schloss和Handelsman将无法培养微生物的问题比喻成希腊神话中的戈尔迪之结,并提出了两个基本的解决方案。一是要弄清楚如何培养这些无法培养的东西。二是用利剑斩断这个结,这种策略被称为宏基因组学。
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强大的NGS分析软件CLC Genomics Workbench[新品推荐]
随着新一代测序(NGS)技术的发展,测序仪的通量不断提高,使得测序成本持续下降。这当然是大家喜闻乐见的。然而,海量数据的产生,也为数据分析带来了不小的挑战。好在强大的NGS分析软件不断出现,能帮助研究人员应对这一挑战。今天,我们就给大家介绍一款深受欢迎的软件CLC Genomics Workbench。
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Illumina推出HiSeq v4试剂,产量高达1 Tb[新品推荐]
生物通报道 Illumina公司近日发布了新的HiSeq v4试剂,能够比现有的v3试剂带来更高的产量,同时显著减少运行时间。有了v4试剂,HiSeq 2500每次运行能产生40亿个reads和1 Tb的数据总输出量。这种新的能力让研究人员以无与伦比的规模开展基因组、外显子组和转录组分析。
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NGS数据分析的捷径:云计算[新品推荐]
测序完成了?这真是个好消息。不过别高兴地太早,更艰巨的工作在等着你呢。数据分析,也不是一项轻松的任务。对于这个问题,传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群,但这是许多研究人员无法企及的。如今,越来越多的研究人员选择了另一条道路。他们利用Dropbox和Gmail的服务,将他们的工作移至云端。
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Illumina发布癌症研究的新产品[新品推荐]
Illumina继年初推出NextSeq 500和HiSeq X Ten测序系统之后,日前再次推出新产品,能从与癌症相关的血液和组织中发现基因组变异。这些新产品将充分利用该公司的新一代测序和芯片扫描系统,为基础和临床癌症研究带来完整的解决方案。