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解读T细胞受体与抗原配对中的微小序列差异
摘要T细胞通过T细胞受体(TCR)介导的活性在发育和疾病过程中发挥着重要作用。目前已有多种工具可用于预测TCR与抗原之间的结合情况。然而,目前仍存在一个不确定因素,即这些工具是否能够揭示TCR或抗原肽的细微变化如何影响二者之间的结合。我们开发了一种深度学习模型pMTnet-omn
来源:Nature Communications
时间:2026-06-14
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抗癌疗法对转移性结直肠癌的克隆进化及突变轨迹的影响
摘要在治疗压力下,癌症基因组在单细胞层面的进化动态至今仍不明确。因此,我们对6名转移性结直肠癌患者的58个单细胞衍生的肿瘤球以及18个对应的整体肿瘤进行了全基因组测序。高分辨率的系统发育树揭示了癌症的克隆进化过程,并在单细胞层面对与治疗相关的突变进行了定量和定性分析。我们发现,在
来源:Nature Communications
时间:2026-06-14
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利用脂质体纳米药物对CAR-肺泡巨噬细胞进行原位重编程,用于肺癌免疫治疗
摘要免疫疗法已经彻底改变了肺癌的治疗方式,但其疗效仍不尽如人意。肿瘤微环境中的肺泡巨噬细胞会通过代谢耗竭抑制T细胞功能,同时以促肿瘤的M2样表型推动肿瘤进展,从而加剧对免疫疗法的抵抗。在此,我们介绍了一种经过精准设计的级联靶向脂质体纳米药物(pCAR-P3/LNP),该药物通过多
来源:Nature Communications
时间:2026-06-14
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内在的DNA编码决定了核小体与转录因子相互作用的多种模式
摘要转录因子与核小体之间的相互作用是基因调控的核心,但大多数研究都采用以蛋白质为中心的观点,很大程度上忽视了DNA序列的作用。在此,我们发现了四种不同的核小体DNA模式,包括典型的WW/SS模式(W = A/T,S = G/C)。这四种核小体类型在人体基因组中无论是体内还是体外都
来源:Nature Communications
时间:2026-06-14
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单原子取代使KatG的活性从辅因子生物合成转向立体选择性的亚砜化反应
摘要蛋白质衍生的辅因子依赖精确定位的杂原子来引导氧化还原反应,但确定它们各自的贡献仍颇具挑战。色氨酸的吲哚N–H在过氧化氢酶-催化酶(KatG)中的Met–Tyr–Trp(MYW)辅因子的生成与功能中起着关键却又难以捉摸的作用。在此研究中,我们利用遗传密码扩展技术,用硫色氨酸(S
来源:Nature Communications
时间:2026-06-14
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细菌鞭毛分子结构中的异质性及多尺度动态特性
摘要细菌鞭毛是一种基于蛋白质的旋转装置,负责驱动细菌的运动。它由细菌鞭毛马达(BFM)构成,该马达包括固定在细胞壁上的定子,以及位于细胞质膜中的转子,转子通过鞭毛杆与细胞外的钩状结构和丝状结构相连。我们利用附着在钩状结构上的单个金纳米棒的极化显微镜技术,在250kHz的采样频率下
来源:Nature Communications
时间:2026-06-14
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人类CD24+牙乳头细胞可通过BMP2/SIRT1轴作为有效的种子细胞用于牙本质-牙髓再生
摘要牙本质-牙髓复合体的再生对于维持牙齿的完整性与功能至关重要。然而,细胞本身的异质性限制了我们对那些对高效牙发生及再生过程至关重要的特定细胞亚群的理解。在本研究中,我们发现CD24+人类牙乳头细胞具有强大的牙发生分化能力,在异位小鼠模型以及临床前原位迷你猪模型中,它们能够驱动血
来源:Nature Communications
时间:2026-06-14
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胚胎游戏揭示了细胞隐藏的行为模式
摘要尽管细胞会努力维持自身的生存,但它们必须相互协作以确保胚胎的存活。为探究细胞行为如何影响人类发育,我们将进化博弈论与体外胚胎建模相结合。我们重点研究细胞竞争这一普遍存在的细胞间杀伤现象,它被认为有助于胚胎纠正错误,但目前很少有研究将其与胚胎的存活率直接联系起来。我们的集体风险
来源:Nature Communications
时间:2026-06-14
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作物田( Crop Fields )对欧洲不同景观中永久性草地( Permanent Grasslands )生物多样性的互补贡献
温带农业景观正经历前所未有的生物多样性下降。景观简化( Landscape Simplification )通常被认定是跨分类群物种丧失的驱动因子,但作物生境与非作物生境对农田生物多样性保护的贡献却鲜为人知。研究人员利用分布于5个欧洲国家的86组配对的永久性草
来源:Nature Communications
时间:2026-06-14
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基于距离几何的生成流模型用于预测化学反应的过渡态
摘要本文探讨了预测过渡态的难题,过渡态对于理解反应机制至关重要,但通过实验或传统计算方法很难获得。我们将过渡态预测问题转化为在分子距离几何空间而非笛卡尔坐标系中的条件概率流学习问题。该生成流模型基于原子间距离进行运算,采用具有化学约束的表示方式来捕捉键的重排过程。受最优传输理论启
来源:Nature Communications
时间:2026-06-14