千年基因首推MiSeq平台300PE测序

作为国内MiSeq测序领域的领跑者，千年基因MiSeq平台再次升级，将在国内率先提供300PE测序。这一读长既是MiSeq平台，同时也是Illumina所有测序平台目前可实现的最高读长。与此同时，数据产出亦得到大幅提升，从之前每个run产出约30M条reads提升至最高50M条reads，总数据量高达15Gb。

作为目前唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序及数据分析的测序仪器，MiSeq以其高效、灵活的优势广泛应用于小基因组（细菌、线粒体或叶绿体基因组）de novo测序及重测序、PCR扩增产物Barcoded Sequencing、转录组测序、Small RNA测序、ChIP-Seq等。此次测序读长及数据通量的升级将显著提升MiSeq平台在这些研究领域的应用优势及应用范围。

对于小基因组de novo测序，300PE的读长能够有效跨越基因组的重复区域，从而拼接得到更长的Scaffold并获得更完整的基因组信息；如此高的数据产出可大幅提高测序数据对基因组序列的总体覆盖度，从而显著提高基因组组装结果的准确性。以基因组大小为10Mb的细菌为例，应用MiSeq平台300PE测序，既提供了远高于HiSeq 2000（100PE）及HiSeq 2500(150PE)的读长，总测序深度也可高达1500×，因此可获得较好的基因组组装结果。

应用PCR扩增产物Barcoded Sequencing研究微生物群落多样性组成时，一般对原核生物16S rDNA的可变区（V1-V9）进行扩增，对真核生物18S rDNA的可变区（V1-V9）或ITS1/ITS2区域进行扩增。300PE的读长能够更完整地覆盖特定的可变区域，从而获得更准确的微生物群落多样性组成信息，并将更好地研究微生物群落组成较为复杂的生境样本。以研究氨氧化古菌的多样性组成为例，利用通用引物amoA-1F和amoA-2R对amoA基因PCR扩增后可得到长度约491bp的扩增产物。考虑到双端序列进行merge时必须存在overlap区域（至少为10-20bp），相对于MiSeq平台250PE测序，应用300PE测序则可在测序完成后更好地对双端的序列进行merge并获得完整的扩增区域信息。

对于转录组测序，300PE测序不仅利于发现更多可变剪切并预测得到更多新转录本，也有利于挖掘低丰度的转录本信息。同时，数据量的提升也能相对降低转录组测序、Small RNA测序、ChIP-Seq等的测序成本，提高测序性价比。

此次MiSeq平台的升级，将有助于千年基因为研究人员提供更高效、更专业的测序技术服务，欢迎大家前来咨询体验！