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尽管，近来人们对Y. pestis在正常生长条件下表达的sRNAs已有一些研究，然而，对其在感染宿主过程中是如何调控sRNAs表达的却知之甚少。为此，军事医学科学院微生物流行病研究所杨瑞馥教授和韩延平教授领衔的团队，采用RNA-Seq技术对Y. pestis感染宿主后的sRNAs进行了全面分析，成果发表在近期的PLoS ONE上。
鼠疫杆菌（Yersinia pestis）是一种致命暴发性疾病鼠疫的病原体。Y. pestis主要在跳蚤和哺乳动物间传播。当人类被感染的跳蚤叮咬或是与感染的动物接触时会被传染。非编码小RNA（sRNA）是基因表达的调节子，主要在转录后水平通过sRNA-mRNA相互作用来发挥功能。细菌sRNA可以影响各种各样的生物过程，包括适应性反应或致病力。Hfq是一种RNA结合蛋白，许多sRNA需要与其结合才能发挥作用，该蛋白是Y. pestis致病所必需的。尽管，近来人们对Y. pestis在正常生长条件下表达的sRNAs已有一些研究，然而，对其在感染宿主过程中是如何调控sRNAs表达的却知之甚少。为此，军事医学科学院微生物流行病研究所杨瑞馥教授和韩延平教授领衔的团队，采用RNA-Seq技术对Y. pestis感染宿主后的sRNAs进行了全面分析*，成果发表在近期的PLoS ONE上。
研究人员采用RNA-Seq技术对体外培养和被感染的小鼠肺中的Y. pestis编码的sRNA展开分析（RNA-Seq项目由联川生物承担完成）。通过搜索比对Rfam数据库，共发现104个sRNAs，其中26个是已被注释的sRNAs，78个为新的候选sRNAs。大约89%（93／104）来自Y. pestis的sRNAs是与其祖先假结合性杆菌（Y. pseudotuberculosis）共享的。97%的sRNAs（101/104）是与135株Y. pestis中超过80个已测序的基因组共享的。78个新sRNAs包括62个基因间区sRNAs和16个反义sRNAs。其中14个sRNAs已被Northern blot所验证。实验结果表明，9个sRNA转录本是Hfq依赖型的。有趣的是，3个新的sRNAs被鉴定为转录因子CRP调节子的新成员。半定量分析表明，来自感染肺的Y. pestis可以诱使6个sRNAs包括RyhB1，RyhB2，CyaR/RyeE，6S RNA，RybB和sR039的表达，并抑制4个sRNAs包括CsrB，CsrC，4.5S RNA，和sR027的表达。
本研究首次尝试直接用高通量测序分析来自Y. pestis感染样品中的RNA。通过测序鉴定出许多新的sRNAs，也揭示出Y. pestis编码的sRNA在体外生长和体内感染情况下的表达模式。上述结果表明了这些sRNA可能在Y. pestis生理或致病中发挥重要功能。
*Yan Y, Su S, Meng X, Ji X, Qu Y, et al. (2013) Determination of sRNA Expressions by RNA-seq in Yersinia pestis Grown In Vitro and during Infection. PLoS ONE 8(9), e74495.
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