鉴定并表征一种用于革兰氏阳性细菌中5-羟基吡咯酸降解的新单加氧酶

时间:2026年1月13日
来源:International Biodeterioration & Biodegradation

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5-HPA降解酶HppM的催化机制与基因簇分布研究揭示革兰氏阳性菌中新型单加氧酶及生物降解多样性。

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徐启淼|宋福玉|江银虎|宋叶|赵琦|何健|赵玲玲|邱继国
南京农业大学生命科学学院,中国江苏省南京市210095

摘要

5-羟基吡啶酸(5-HPA)是一种天然存在的吡啶衍生物,具有显著的抗菌活性和重要的药用价值。尽管其重要性显而易见,但5-HPA的微生物代谢机制尚未完全阐明,尤其是在革兰氏阳性细菌中。在本研究中,我们鉴定并表征了一种来自Rhodococcus rhodochrous的新NADH/FAD依赖性单加氧酶HppM,该酶能够将5-HPA转化为2,5-二羟基吡啶(2,5-DHP)。HppM与来自Alcaligenes faecalis的另一种5-HPA单加氧酶具有约38%的序列同源性。HppM对5-HPA表现出严格的底物特异性,其Km值为121.7 μM,并且对几种结构类似物没有检测到活性。AutoDock建模显示Gln43和His220在催化过程中起作用,这一预测通过定点突变得到了验证:在这两个位置进行Ala替换后,酶活性完全丧失。生物信息学分析表明,位于hpp基因簇中的hppM在多种革兰氏阳性菌属中广泛存在,包括Dietzia、Janibacter、Mycobacterium和Nesterenkonia。这些发现扩展了我们对微生物5-HPA代谢多样性的理解,并为开发用于5-HPA降解的革兰氏阳性生物催化剂奠定了基础。

引言

吡啶衍生物是一大类N-杂环化合物,被广泛用作工业溶剂、染料、药品、除草剂和杀虫剂(Guan等人,2016;Kaiser等人,1996;Qiu等人,2018;Zheng等人,2025)。然而,这些化合物中的许多具有相当的毒性和致癌性,对环境和公共健康构成严重威胁(Časaitė等人,2020;Jori等人,1983)。因此,了解负责其生物降解的微生物机制对于减轻其环境影响至关重要(Kaiser等人,1996)。羟基化或羧基化的吡啶衍生物是复杂吡啶衍生物的常见代谢中间体。一个典型的例子是6-羟基尼古丁酸(6-HNA),它是尼古丁酸和6-氯尼古丁酸代谢过程中的中间产物(Qiu等人,2018;Shettigar等人,2012)。值得注意的是,吡啶衍生物的降解方式具有生物多样性:例如,尼古丁酸可以通过厌氧革兰氏阳性菌Eubacterium barkeri中的四组分尼古丁酸羟化酶或好氧革兰氏阴性菌Pseudomonas putida中的两组分尼古丁酸脱氢酶被羟基化(Alhapel等人,2006;Jiménez等人,2008, 2011;Wagenera等人,2009;Xu等人,2025)。关于微生物生物多样性的研究极大地扩展了我们对微生物降解吡啶衍生物自然途径的理解。
5-羟基吡啶酸(5-HPA)是一种由海洋细菌和微藻在其代谢过程中合成的天然吡啶衍生物(Qiu等人,2018;Xu等人,2022)。从化学结构上看,5-HPA在meta位置含有一个羟基,在ortho位置含有一个羧基(PubChem CID: 268740)。这种独特的结构影响了其化学反应性和酶促相互作用,使其成为一种相对难以生物降解的化合物。迄今为止,只有少数几种能够降解5-HPA的细菌菌株被鉴定出来,包括Alcaligenes faecalis JQ135和Pusillimonas sp.菌株5-HPA(Karvelis等人,2014;Qiu等人,2018)。最初在5-HP菌株中研究了5-HPA的粗酶活性,随后在JQ135菌株中进行了详细表征(Qiu等人,2018)。在该菌株中,hpa操纵子编码了一个完整的5-HPA降解途径,其中FAD依赖性单加氧酶HpaM催化ortho-脱羧羟基化反应生成2,5-二羟基吡啶(2,5-DHP)(Qiu等人,2018)。hpa操纵子还包含编码后续2,5-DHP通过马来酸途径降解所需酶的基因:2,5-二羟基吡啶双加氧酶(hpaX)、N-甲酰马来酸脱甲酰酶(hpaD)和马来酸酰胺水解酶(hpaF),这些酶依次将2,5-DHP转化为马来酸。此外,hpa操纵子的转录受到TetR家族调节因子HpaR的负调控,5-HPA作为HpaR的诱导配体(Xu等人,2022)。尽管进行了这些分子研究,但生物信息学研究主要集中在Arenibaculum、Bordetella、Chitinasiproducens、Erwinia、Pseudomonas、Variovorax和Xenophilus等细菌中的hpa基因簇分布上(Xu等人,2022)。值得注意的是,这些菌株均为革兰氏阴性菌,它们的hpa基因簇具有高度的序列保守性。然而,尚未预测到任何革兰氏阳性菌含有此类基因簇,参与5-HPA降解的关键酶的生化特性也尚未被探索。
在本研究中,我们从革兰氏阳性菌Rhodococcus中鉴定并表征了一种新的5-HPA单加氧酶。随后在该菌中发现了hpp基因簇,这种5-HPA单加氧酶(HppM)与之前报道的来自Alcaligenes faecalis JQ135的HpaM仅有38%的氨基酸相似性。系统地确定了HppM的生化特性,使用AutoDock预测了其蛋白质结构,并通过定向定点突变鉴定了功能重要的残基。本研究从生化角度展示了来自革兰氏阳性菌的5-HPA单加氧酶的功能,为了解微生物降解5-HPA的生物多样性提供了新的见解。

部分内容摘要

化学品

5-HPA(99%)及其结构类似物由J&K Scientific Ltd.(中国上海)提供。2,5-DHP(98%)购自SynChem OHG(德国阿尔滕堡)。FAD、FMN和NADH由Sigma-Aldrich提供。本研究中使用的所有其他化学品和溶剂均为分析级,购自中国国家医药集团 Corporation(北京)。所有细菌菌株均在37°C下于Luria-Bertani(LB)培养基中 aerobic 条件下培养,培养基配方为10 g/L

分析来自Rhodococcus rhodochrous PY11的假定5-HPA 2-单加氧酶

在我们的初步研究中,鉴定出一个负责将5-HPA降解为TCA循环的基因簇hpa(Qiu等人,2018)。生物信息学分析表明hpa基因簇在革兰氏阴性菌中广泛存在;然而,尚未有报道含有此类基因簇的革兰氏阳性菌株。在本研究中,我们关注了一个新鉴定的候选基因簇,暂时命名为hpp,该基因簇负责革兰氏阳性菌中的5-HPA降解

结论

在本研究中,我们从革兰氏阳性菌Rhodococcus

CRediT作者贡献声明

徐启淼:撰写——初稿。宋福玉:数据管理、概念构思。江银虎:资金获取、正式分析。宋叶:软件、资源。赵琦:方法学、实验研究。何健:资金获取。赵玲玲:数据管理。邱继国:撰写——审稿与编辑、初稿撰写。

利益冲突声明

作者声明他们没有已知的可能会影响本文研究的财务利益或个人关系。

致谢

本工作得到了国家自然科学基金(32570117、32370128)和江苏省研究生研究与实践创新计划(KYCX25_1041)的支持。

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