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利用454测序技术进行HIV耐药检测可提高灵敏度[创新技巧]
由于HIV繁殖存在错误率高的逆转录这一独特的复制过程,因此在药物治疗中也最易出现耐药性。当前,HIV耐药株已成为医学界面临的一个新挑战。利用454深度测序技术可以达到传统检测方法无法检测的灵敏度,除了可以进行定量检测耐药位点突变情况外,还可检测低至1%的突变情况,从而为HIV治疗提供了更加准确的信息。
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2013新一代测序仪将走向何方
尽管今年的摩根大通保健大会没有出现去年的新品频发的盛况,但新一代测序仪仍在不断进步。读长、准确性、通量、软件,无一不在变化,让测序更高、更快、更强。各大公司推出或即将推出哪些新产品?请看本文。
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NEB NGS文库制备产品之使用体会[心得点评]
New England BioLabs(NEB)公司推出了30多款样品制备方面的产品(NEBNext系列),适合Illumina、454、Ion Torrent等多个平台。NEBNext DNA Sample Prep Master Mix Set for Illumina 是一款文库制备产品,适用于后续的定向富集或在Illumina的HiSeq或MiSeq平台上直接测序。这款试剂盒的效果如何?且看本文。
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Illumina宣布测序技术大创新
Illumina公司近日宣布了一系列产品和技术上的创新,从样品制备到系统改进再到数据分析,这有望带来基因组研究上的新突破。随着平台的不断改进,测序速度、准确性、产量和流程都有望改善。
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酸性矿山废水中微生物分布影响因素
国内科学家对中国东南部14个地区的59个AMD样本进行了微生物群落分布的研究。通过对AMD样本中的微生物16SrRNA基因进行454测序,对测序结果进行了物种分布和聚类的分析,最终发现,影响微生物群落的主要因素并不是地域,而是环境的变化,如铁离子、硫酸根离子、有机物含量等等,相关学术论文发表在《自然》子刊ISME(International Society for Microbial Ecology)上。
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454测序参与棉花基因组进化研究工作
近日,来自8个国家的70多名科学家共同参与的国际合作项目----棉花基因组测序完成。该研究的学术文章《棉花基因组的多倍化及纤维的发育》发表在《自然》杂志上。研究中,科学家们结合传统的Sanger测序与新一代454测序技术对雷蒙德氏棉基因组进行了组装工作,获得了其87.7%的全基因组序列。
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PacBio助力100K基因组计划 从头解密10万种食源性致病菌
Pacific Biosciences公司宣布加州大学Davis分校的研究人员将使用PacBio RS测序仪来进行100K基因组计划,该计划是去年由加州大学Davis分校、安捷伦公司和FDA共同发起的,旨在测序100,000种食源性致病菌的基因组。
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PacBio RS第三代单分子测序系统全球访谈纪要(三)[心得点评]
生物通就几个广受关注的主题征询收集了众多声名赫赫的PacBio用户的心得意见,以用户现身说法的方式,“原汁原味”为您呈上这一第三代单分子测序系统全球访谈纪要系列报道。实现对碱基修饰进行直接测序的意义所在?本文介绍了碱基修饰直接测序法的经典案例,以及一些先行者的看法,包括NEB公司CSO Richard Roberts。
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PacBio RS第三代单分子测序系统全球访谈纪要(二)[心得点评]
第三代单分子测序技术还值得继续关注吗?当然!PacBio最新升级的商品化试剂使得用户平均测序读长达到了前所未有的5000bp!PacBio单分子实时测序到底怎么样?生物通就几个广受关注的主题征询收集了众多声名赫赫的PacBio用户的心得意见,以用户现身说法的方式,“原汁原味”为您呈上这一第三代单分子测序系统全球访谈纪要系列报道。
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Ion PGM测序仪读长达到400 bp[新品推荐]
Life Technologies公司近日宣布,适用于Ion PGM™测序仪的400 bp测序试剂盒已上市。读长的改善使产量增加,也带来了更完整的细菌de novo组装。目前Ion 318™芯片上的400 bp运行的产量可达1-2 Gb。