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基因组分析发现，SARS-CoV-2和蝙蝠冠状病毒在几年前有一个共同的祖先，但广泛的重组使情况变得混乱。
导致COVID-19的病毒可能与蝙蝠冠状病毒共同祖先的时间比科学家们想象的要晚。但研究人员说，找到SARS-CoV-2的直接祖先是非常不可能的。
SARS-CoV-2和几种密切相关的蝙蝠冠状病毒的完整基因组表明，它们在几十年前拥有共同的祖先。但已知病毒之间会交换RNA片段，这个过程被称为重组，所以每一部分都有自己的进化历史。在11月8日于新加坡举行的第七届世界统一卫生大会上发表的最新分析中，科学家们比较了冠状病毒基因组片段。分析表明，就在2016年，蝙蝠冠状病毒的某些部分和SARS-CoV-2有一个共同的祖先——仅仅3年之后，该病毒于2019年底出现在人类中。这项研究还没有经过同行评审。
研究人员说，这一发现缩小了起源于蝙蝠的SARS-CoV-2的祖先和病毒传染给人类之间的时间间隔。然而，它无法解释SARS-CoV-2最接近的祖先是如何实现这一跨越的——这是大流行的一个持久的谜团，许多科学家认为这可能涉及一种中间动物。
这项研究强调，考虑到冠状病毒重组的频率和已经过去的时间，在蝙蝠中找到SARS-CoV-2的直接祖先将是多么困难。澳大利亚悉尼大学的进化病毒学家Edward Holmes说，找到直系祖先的机会“几乎为零”。
加州大学圣地亚哥分校的分子流行病学家Joel Wertheim表示，SARS-CoV-2的直接祖先可能是由几种病毒形成的，自那以后一直在蝙蝠中重组和变异。韦特海姆对最新的分析做出了贡献。他说，对蝙蝠进行冠状病毒采样可能会识别出比迄今为止在已知冠状病毒中发现的病毒片段更密切的病毒片段，但可能不会揭示出一个直接的祖先。
自大流行开始以来，许多研究人员，特别是东南亚的研究人员，一直在对蝙蝠和其他哺乳动物中发现的冠状病毒进行测序。他们还对储存在冰柜中的较老组织样本中的冠状病毒进行了测序，希望能找到这种大流行病毒的起源。但科学家们一直难以找到SARS-CoV-2的前体病毒，这导致人们猜测，这场大流行是由一种病毒意外从武汉病毒学研究所泄漏出来引发的，该研究所位于大流行开始的城市。该实验室一直在研究相关的冠状病毒。
到目前为止，已经从蝙蝠和穿山甲中分离出十多种与SARS-CoV-2密切相关的病毒。为了确定它们与SARS-CoV-2的关系，研究人员经常比较它们的整个基因组，大约有3万个核苷酸长。通过这种方法，他们发现SARS-CoV-2的已知近亲是在老挝发现的蝙蝠病毒BANAL-52，其基因组与SARS-CoV-2的基因组有96.8%的相同，以及在中国南部云南发现的一种名为RaTG13的病毒，其基因组与SARS-CoV-2的基因组有96.1%的相同。它们的基因组与SARS-CoV-2的基因组之间有3-4%的差异，这表明这些病毒拥有共同的祖先以来，已有大约进化了40-70年。
但研究人员表示，比较全基因组序列忽略了重组在病毒进化中的作用。一些RNA片段可能与SARS-CoV-2非常不同，这表明它们的关系更遥远，而其他相似得多的片段意味着它们的关系更密切。
为了解释重组的原因，研究人员比较了18种与SARS-CoV-2密切相关的蝙蝠和穿山甲病毒，并将它们拼接成27段。英国格拉斯哥大学的进化病毒学家Spyros Lytras在新加坡介绍了这项研究，他说，每个片段——几百到几千个核苷酸序列——都有不同的进化历史。对于每个片段，研究人员使用了167个相关病毒的更大子集，以估计SARS-CoV-2与蝙蝠或动物病毒共享共同祖先的时间。这项研究上个月在virological.org讨论论坛上的一篇文章中进行了描述，共同作者计划在明年年初将其提交给一家杂志。
分析显示，就在几年前，一些片段与SARS-CoV-2有共同的祖先。大多数片段在2007年前后共享一个共同的祖先，但一个约250个核苷酸长的小片段可能在2016年共享一个共同的祖先，另一个550个核苷酸长的片段可能在2015年共享一个共同的祖先——仅在SARS-CoV-2在人类中出现3-4年之前。最年轻的碎片来自云南和老挝的蝙蝠样本。Lytras说，考虑到这些病毒可以与蝙蝠宿主移动的距离，分析表明中国南部和东南亚是SARS-CoV-2祖先的热点地区。
“这是一个聪明的方法，”Holmes说。“它给了你进化时间最纯粹的信号。”然而，他指出，有些片段相当短，这使得这些估计不太可靠，因为可供比较的RNA核苷酸数量有限。
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