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为解决粪菌移植(FMT)在恢复小肠菌群时因区域环境差异导致的代谢和免疫偏离问题，研究人员通过人体试验和小鼠模型发现：经口FMT会导致宿主-微生物错配，持久改变小肠菌群组成和宿主转录组（如Gata4、Gata6通路），证实需开发区域特异性菌群疗法以维持肠道稳态。
这项研究揭示了粪菌移植(FMT)的潜在局限性——当富含厌氧菌的粪便微生物被移植到以需氧环境为主的小肠时，会产生持久的"水土不服"现象。在人体试验中，研究者通过胃镜将FMT送入十二指肠，4周后竟检测到本不该在此存活的厌氧菌定植。为验证这一现象，团队设计精巧的小鼠实验：给抗生素处理的SPF小鼠分别接种空肠(JMT)、盲肠(CMT)或粪便(FMT)菌群。结果令人惊讶，FMT和JMT都像"外来移民"般重塑了当地微生物社会结构，但带来不同影响——JMT更倾向调节宿主代谢通路，而FMT则偏爱折腾免疫系统。
更深入的研究发现，这些"错配"的微生物会改写肠道细胞的"身份密码"（如转录因子Gata4和Gata6），就像给细胞重新编程。当研究者用人类肠类器官和十二指肠活检组织验证时，同样观察到类似小鼠的基因表达变化。这些发现暗示，当前"一刀切"的FMT策略可能需要升级为"精准导航"的版本，就像为不同肠道区域定制专属的微生物"钥匙"，才能真正打开健康之门。
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