编辑推荐:
来自中科院动物研究所,都柏林大学,悉尼大学等处的研究人员为了帮助其他研究人员解决选择统计标准和进化模型的问题,共计模拟了33600个数据,解答了具体该采用哪种方式,这一研究成果公布在BMC Evolutionay Biology(SCI影响因子4.29)上。
生物通报道:来自中科院动物研究所,都柏林大学,悉尼大学等处的研究人员为了帮助其他研究人员解决选择统计标准和进化模型的问题,共计模拟了33600个数据,解答了具体该采用哪种方式,这一研究成果公布在BMC Evolutionay Biology(SCI影响因子4.29)上。
文章的通讯作者是中国科学院动物研究所朱朝东博士,其早年毕业于南京师范大学生物系,1996年起,在中国科学院动物研究所学习与工作期间,对中国农林重大害虫及其寄生蜂,进行了长期的分类学、生态学和生物学研究。这篇文章自发表以来,已经成为该杂志高度受关注论文之一。目前第一作者罗阿蓉已经得到国家留学基金委资助,前往澳大利亚联邦科工委组织进一步开展博士论文工作,加强在该领域的合作研究。
在现代分子系统学研究中,最大似然法和贝叶斯分析是两种文献中最为主要的构建系统发育树的两种方法。在构建系统发育树之前,研究人员一般都需要对比对后的多条基因序列进行最优进化模型选择。目前,通常使用的模型选择软件,如ModelTest等,其实包含似然比检验(LRT)、赤池信息标准(AIC)和贝叶斯信息标准(BIC)等多种选择模型的统计标准。对于研究者来说,具体采用哪种统计标准最后选出进化模型往往是一个让人困惑的问题。
为了更好地理解不同选择标准的行为特点,从而方便众多研究者的应用,研究人员针对广义时间可逆模型(GTR)中24个基本的模式,共计模拟了33600个数据。就分层似然比检验(hLRT)、赤池信息标准(AIC)、贝斯信息标准(BIC)和决定理论(DT)等四种现有的主要标准,分别对这些数据进行模型选择,并继而分析了不同标准的准确性、精确性、差异度和选择偏向性。结果表明,BIC和DT具有较高的准确性和精确性,因此判断它们是目前最佳模型选择标准。
另外,结果显示,对于同样的数据不同的选择标准经常选择出不同的最优模型;其中hLRT和AIC的差异度最高,而BIC和DT之间的差异度则最小。选择偏向性结果表明:当真实模型含不变异位点这一参数时,hLRT的选择准确性较差;而BIC和DT则总是呈现相似的选择偏向性。总之,研究表明,在做模型选择分析时,BIC和DT应该作为首选的统计标准。结合模型适度检验,依据BIC和DT的选择模型理应能促进分子系统及相关研究的可信性。
(生物通:万纹)
原文摘要:
Arong Luo, Huijie Qiao, Yanzhou Zhang, Weifeng Shi, Simon YW Ho, Weijun Xu, Aibing Zhang, Chaodong Zhu. 2010. Performance of criteria for selecting evolutionary models in phylogenetics: a comprehensive study based on simulated datasets. BMC Evolutionary Biology. 10: 242.
作者简介:
朱朝东,博士,副研究员。
1993年开始从事分类学研究,1996年进中国科学院动物研究所。1996年起,已经在中国科学院动物研究所学习与工作期间,对中国农林重大害虫及其寄生蜂,进行了长期的分类学、生态学和生物学研究。参与或主持国家自然科学基金、中国科学院、科技部、英国皇家学会、英国自然环境研究基金会等多项项目,发表国内外论文多篇。
1989.9 — 1993.6 南京师范大学生物系生物教育专业、学士
1993.9 — 1996.6 南京师范大学生物系动物学专业、硕士
1996.9 — 1999.6 中国科学院动物研究所动物学专业、博士
1999.7 — 2002.1 中国科学院动物研究所、助研
2002.1 — 中国科学院动物研究所、副研究员
2001.5 (近一个月) 匈牙利农业试验所短期访问研究 (东欧姬小蜂科模式标本研究)
2003.2 — 2003.10 加拿大安大略省皇家博物馆合作研究(东南亚长距姬小蜂属研究)
2004.2 — 2006.1 英国自然历史博物馆昆虫系合作研究(亚洲长距姬小蜂属研究、哥斯达黎加寄生蜂DNA分类学研究)
生物通 版权所有