基于核磁共振（NMR）和表面等离子共振（SPR）的片段筛选方法能够发现针对结构化RNA的新高效小分子抑制剂

非编码RNA占比高达人类转录组的98%，其通过小分子靶向调控发挥关键细胞功能作用，但现有RNA-小分子结构解析不足。本研究采用片段筛选与生物物理检测相结合的方法，系统解析茶碱结合RNA aptamer的分子互作机制，成功获得高亲和力片段并构建复合物三维模型，揭示了核苷酸侧链、碱基堆积等结构特征对结合亲和力的影响规律。

非编码RNA占人类转录组的98%以上。越来越多的证据表明，非编码RNA在许多重要的细胞功能中发挥着多样且关键的作用。尽管使用小分子调控非编码RNA是一种有前景的治疗策略，但目前被充分研究的RNA-配体结构仍然相对较少。因此，针对RNA的小分子的构象-相互作用关系尚未得到充分探索。在这里，我们采用基于片段的筛选方法，结合生物物理学检测技术，识别并评估能够与茶碱结合的RNA适配体结合的片段（我们将其作为模型系统）。通过生物物理学数据和计算对接技术的结合，我们成功找到了高亲和力的候选片段，并构建了RNA-配体复合物的模型。这些发现为我们理解RNA与片段之间的相互作用提供了重要见解。这种方法证明了在结构信息有限的情况下，仍可以识别出高亲和力的RNA靶向小分子。