血浆游离 DNA 分析在转移性胃癌二线姑息治疗中的关键价值：探索突变奥秘与生存关联

时间：2025年3月28日

来源：Gastric Cancer

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在转移性胃癌（mGC）治疗中，明确耐药机制和寻找有效预测生物标志物至关重要。研究人员对比肿瘤组织 DNA（ttDNA）和血浆游离 DNA（cfDNA），发现 cfDNA 能检测到额外突变，且基线 ctDNA 浓度及 VAF 值与无进展生存期（PFS）相关，为临床治疗提供新思路。

在全球范围内，胃癌（Gastric Cancer，GC）的身影十分 “活跃”，它是全球第六大常见癌症，也是癌症相关死亡的第三大 “元凶” 。在韩国，胃癌同样是 “常客”，位列常见癌症和癌症致死原因的第四位。很多胃癌患者确诊时已处于远处转移阶段，即便有姑息抗癌疗法，预后情况依旧不容乐观。癌细胞的克隆进化（clonal evolution）是导致这一困境的重要因素，它让癌细胞对全身治疗药物产生获得性耐药。因此，对癌症样本进行纵向基因组分析，了解癌细胞在基线和疾病进展（Progressive Disease，PD）阶段的变化，成为破解耐药机制的关键。

在众多治疗方案中，抗 VEGFR2 单克隆抗体雷莫西尤单抗（ramucirumab）与紫杉醇（paclitaxel）联合使用，虽能延长一线姑息治疗失败的转移性胃癌（mGC）患者的总生存期（Overall Survival，OS），但其中位无进展生存期（Progression-Free Survival，PFS）仅 4.4 个月，多数患者最终还是会面临疾病进展。这就迫切需要阐明耐药机制，找到能预测抗血管生成药物疗效的生物标志物。

在这样的背景下，来自首尔国立大学盆唐医院（Seoul National University Bundang Hospital）等机构的研究人员开展了一项研究，相关成果发表在《Gastric Cancer》上。他们旨在探究 cfDNA 测序揭示的基因图谱与 ttDNA 测序结果的契合度，挖掘 cfDNA 在临床应用中的价值，进而更深入地理解抗癌治疗过程中的克隆进化。

研究人员采用了多个关键技术方法。样本队列来自韩国首尔国立大学盆唐医院的患者，收集了肿瘤组织的 ttDNA、血液单核细胞的基因组 DNA（gDNA）、基线时的 cfDNA（baseline-cfDNA）以及疾病进展时的 cfDNA（PD-cfDNA）。通过靶向测序对 106 个基因进行检测，利用特定试剂盒构建 DNA NGS 文库，采用 AlphaLiquid®100（AL100）靶捕获面板进行基于溶液的靶富集，在 Illumina NextSeq 550 平台测序。还运用多种方法对体细胞突变进行识别，计算循环肿瘤 DNA（ctDNA）分数浓度，并进行统计分析评估临床数据。

研究结果如下：

患者特征与临床结局：研究共纳入 76 例接受紫杉醇和雷莫西尤单抗二线姑息治疗的 mGC 患者，其中 46 例患者因具备 ttDNA、baseline-cfDNA 和 PD-cfDNA 样本及肿瘤 NGS 结果而被分析。这些患者的中位年龄为 57.5 岁，男女比例为 27:19 。治疗客观缓解率为 23.5%，中位随访时间 41.2 个月，中位 PFS 和 OS 分别为 4.1 个月和 8.6 个月。
体细胞突变汇总：使用 AL100 分析 baseline-cfDNA 和 PD-cfDNA，ttDNA 分析则采用四个临床 NGS 面板。最终在 52 个基因中鉴定出 179 个突变，cfDNA 在检测突变方面表现更优。
cfDNA 与 ttDNA 突变景观比较：联合分析 ttDNA 和 baseline-cfDNA 发现，TP53（58.7%）是突变频率最高的基因，随后依次是 CDH1（26.1%）、KRAS（21.7%）和 APC（13.0%）。与 ttDNA 相比，baseline-cfDNA 检测这四个基因的敏感性为 71.8%，阳性预测值为 51.9% 。PD-cfDNA 分析还发现了新的突变，cfDNA 检测能发现更多 ttDNA 未检测到的突变。
癌症进化动态的个体差异：聚焦 PD-cfDNA 样本中新出现的体细胞突变，10 名患者出现了 14 个致病性突变，涉及多个基因。这些突变有的导致功能丧失，有的则使功能获得，还有些癌基因的拷贝数（CN）显著增加。
DNA 浓度和 VAF 与生存结局的关系：基线 cfDNA 样本中，高 cfDNA 浓度和高 ctDNA 浓度的患者 PFS 更短。在携带基线 cfDNA 突变的患者中，高最大变异等位基因频率（VAF）、高 VAF 总和以及高 TP53 VAF 值的患者 PFS 也较差。多变量分析显示，110 - 160bp 范围内高 ctDNA 浓度（>4.38 ng/µL）与 PFS 显著相关。

研究结论和讨论部分指出，该研究的 cfDNA 平台在检测体细胞突变方面比传统基于 ttDNA 的癌症面板表现更出色，能检测到 ttDNA 单独检测可能遗漏的额外突变。PD-cfDNA 分析揭示了治疗过程中出现的新致病性突变，暗示了癌症的克隆进化或获得性耐药。110 - 160bp 的 ctDNA 分数浓度和基线 cfDNA 的 VAF 值与接受紫杉醇和雷莫西尤单抗治疗患者的 PFS 相关。不过，研究也存在局限性，如 ttDNA 数据集来自四个不同的癌症面板，部分基因覆盖不完全；无法分析 PD-cfDNA 数据中耐药克隆对患者生存的影响。但总体而言，该研究为转移性胃癌的治疗和生物标志物研究提供了重要参考，有助于推动临床治疗的发展。