namiRa：一个全面的人工策划的数据库，涵盖了癌症中微小RNA（microRNA）的表达、功能及其失调情况

Saeed Mohebbi|Alireza Dostmohammadi|Sara Amjadian|Zahra Abdi|Hanieh Torkian|Mojtaba Ghavidel|Mohadese Rahbar|Afsaneh Yazdani Movahed|Niloofar Rastidoust|Forouzan Mahdizad|Azam Akbari|Shamimeh Mosanan Farsi|Fatemeh Azadedel|Leila Abdollahi|Raha Farhadnejad|Nafiseh Salmanzadeh|Hanieh Sadeghi|Sharif Moradi

伊朗德黑兰ACECR罗扬干细胞生物学与技术研究所细胞科学研究中心干细胞与发育生物学系

摘要

微小RNA（miRNAs）具有作为致癌基因或肿瘤抑制因子的潜力，在人类癌症的发病机制中起着重要作用。尽管人们对miRNA的重要性的认识日益增加，但相关信息在文献中仍然分散。这种碎片化状况凸显了建立一个集中且全面的数据库的必要性，该数据库能够整合不同类型癌症中的miRNA表达模式、功能作用及其调控相互作用。迄今为止，已经开发了多个miRNA数据库，但它们都无法进行深入的功能分析或miRNA数据的比较可视化。在这里，我们介绍了namiRa，这是一个经过人工整理的数据库，旨在提供关于各种类型癌症中miRNA表达和功能意义的全面资源，其内容基于对文献的彻底回顾。namiRa提供了大量的miRNA表达谱、检测方法、体外和体内的miRNA功能分析，以及不同癌症类型的可视化调控网络。当前版本的namiRa记录了1095个人类miRNA与33种人类癌症之间的关系，这些数据来自9983篇已发表的论文。namiRa的访问地址为：https://www.namira-db.com。

引言

微小RNA（miRNAs）是长度约为22个核苷酸的调控非编码RNA，通过结合目标mRNA的3′非翻译区（UTR）在转录后水平上沉默基因表达[1,2]。miRNAs几乎在所有细胞中都有表达，并在调节细胞存活、增殖、分化和凋亡等生物过程中发挥关键作用[[3], [4], [5], [6]]。因此，miRNA表达和功能的变化与异常生理状态及许多人类疾病（尤其是癌症）有关[[7], [8], [9], [10]]。此外，全基因组关联研究表明，大量人类miRNA基因经常位于与癌症相关的基因组区域[11,12]。miRNAs的失调已被证明可以促进或抑制癌症表型。然而，该领域仍缺乏一个综合性的存储库，能够整合不同类型癌症中的miRNA表达数据及其相应的功能注释和调控网络相互作用。

近年来，随着鉴定出的miRNAs数量不断增加，关于miRNA与癌症关联的详细信息在文献中仍然分散[13]。研究人员在整合来自多个来源的数据以获得癌症中miRNA失调的全面视图时经常面临挑战。因此，已经开发了数十个在线miRNA相关资源来促进miRNA功能和调控机制的研究。miRBase是主要的miRNA序列存储库，提供了来自不同物种的已知miRNAs的序列、注释和命名[14]。miRTarBase [15]和miRecords [16]以其丰富的实验验证的miRNA-靶标相互作用集合而著称。miRWalk [17]、miRDB [18]和TargetScan [19]提供了计算预测的miRNA-靶标关系，有助于了解潜在的调控网络。MSDD收集并整合了实验支持的疾病相关miRNA单核苷酸多态性[20]。miRCancer采用文本挖掘方法来编译癌细胞中的miRNA表达状态[13]；然而，它没有提供关于各种miRNA在癌症中的功能和机制意义的信息。同样，HMDD [21]、RNADisease [22]、OncomiR [23]和OMCD [24]数据库仅定性地或定量地探讨miRNA表达水平，而没有直接的功能证据。miR2Disease提供了一个从同行评审的研究文章中提取的miRNAs与不同疾病关联的资源[25]；然而，它提供的各种miRNA-癌症关系的数据非常有限或表面化。dbDEMC [26]和CMC [27]基于生物信息学分析提供了与癌症特征相关的miRNA的功能注释。虽然OncomiRDB [28]中注释了具有功能模式的实验验证miRNAs，但包含的miRNA数量（300个）相对较少。因此，一个整合不同类型癌症中miRNA表达模式、其实验验证的功能作用和调控相互作用的综合资源在该领域仍然是一个重要空白。为了填补这一空白，我们开发了一个名为namiRa的手动整理数据库，它为癌症中的miRNA调控和失调提供了丰富的资源。

namiRa（在波斯语中意为“不朽”，反映了癌细胞的永生化特性）是专门用于编目各种人类癌症中miRNAs的最全面数据库。namiRa最重要的独特特性包括：(i) 一个全面的资源，用于表示不同人类肿瘤和癌症中的miRNA表达模式和检测方法；(ii) 一个存储库，用于存储癌症中miRNA失调的功能注释和实验验证结果；(iii) 通过超链接将miRNA表达数据与靶基因数据库连接起来；(iv) 展示了9983篇关于miRNA-癌症关系的已发表论文的详细结果；以及重要的是(v) 为每种癌症类型中的每种miRNA物种提供了独特的miRNA-基因相互作用示意图。这种miRNA调控过程的可视化提供了关于miRNA、其靶基因和受影响细胞过程的最重要、经过实验验证的相互作用的宝贵且易于获取的信息。namiRa将帮助研究人员在不同癌症中比较不同miRNAs，进行实验设计和验证，理解癌症中的相关机制，并进行临床研究。

章节片段

数据收集和数据库内容

namiRa旨在提供一个基于网络的数据资源，用于搜索和分析实验验证的miRNA-癌症关联。为了确保namiRa数据库的全面性和可重复性，我们在NCBI PubMed数据库中系统地搜索了2000年1月1日至2025年12月31日期间发表的所有研究。搜索策略旨在通过针对标题、摘要和MeSH术语来识别实验验证的miRNA-癌症关联。

数据库使用：搜索页面

namiRa提供了一个搜索引擎，用于查询数据库中记录的详细miRNA-癌症关联。用户可以使用miRNA ID、癌症类型或两者进行搜索，支持独立或组合（AND操作）查询（图3）。搜索引擎具有实时搜索功能，用户在开始输入时可以获得动态建议。例如，输入miRNA ID或癌症类型的几个字母会生成匹配条目列表，使用户更容易找到相关术语。

讨论

在这项研究中，我们开发了namiRa，这是一个提供关于miRNAs在各种癌症中的致癌或肿瘤抑制作用的详细信息的广泛数据库。它作为一个集中工具，用于研究大量miRNAs的表达、功能和相互作用，使癌症研究人员能够更全面地检索和分析数据。namiRa是一个未经额外计算处理的实验验证miRNA数据存储库，允许用户执行

结论和未来方向

namiRa是一个全面的、手动整理的数据库，专门用于编目miRNA-癌症关联。通过系统地回顾9983篇出版物，我们汇编了33种特定癌症中1095个miRNAs的详细信息。这包括miRNA表达模式、功能作用、实验验证的靶标和调控网络的数据，所有这些都可以通过用户友好的图形和文本界面访问。

该数据库可通过网络界面免费访问

伦理声明

作者声明，题为“namiRa：一个全面的、手动整理的关于癌症中微小RNA表达、功能和失调的数据库”的工作尚未在其他地方发表，也没有被考虑在其他地方发表。文章的发表得到了所有作者的批准。如果被接受，文章将不会以相同的形式、英文或其他语言（包括电子形式）在其他地方发表，未经

资助

这项工作没有接受外部资助。

CRediT作者贡献声明

Saeed Mohebbi： 数据整理、调查、验证、撰写——初稿。Alireza Dostmohammadi： 方法学、软件、可视化、撰写——审阅与编辑。Sara Amjadian： 数据整理、调查、验证、撰写——初稿。Zahra Abdi： 数据整理、调查、撰写——审阅与编辑。Hanieh Torkian： 数据整理、调查、撰写——审阅与编辑。Mojtaba Ghavidel： 数据整理、调查、撰写——审阅与编辑。Mohadese Rahbar： 数据

利益冲突声明

作者声明以下可能被视为潜在利益冲突的财务利益/个人关系：Sharif Moradi报告与miRas Biotech有关联，包括董事会成员身份。如果有其他作者，他们声明没有已知的可能会影响本文所述工作的财务利益或个人关系。

致谢

作者感谢Moradi实验室的成员，特别是Parisa Torabi在数据获取方面的讨论和协助。这项工作没有接受外部资助。