TCPGdb：一个全面的T细胞扰动基因组学数据库，用于识别关键的T细胞调控因子 可供购买

通过整合35项T细胞遗传筛选数据，建立基因组学数据库TCPGdb，量化基因扰动对T细胞功能的影响，并利用患者和自身免疫病队列的转录组数据优化治疗策略。

摘要

大规模的并行遗传学筛选已被用于识别能够增强T细胞在肿瘤微环境中抗肿瘤能力和持久性的靶点和调控因子。我们假设，通过整合多个独立遗传学筛选的汇总数据，可以系统、全面且稳健地分析基因扰动对基于T细胞的免疫疗法的影响。我们从之前发表的T细胞筛选研究中收集数据（包括基于CRISPR和ORF的筛选），这些数据通过Gene Expression Omnibus (GEO)平台获取。我们对基因敲除的结果进行了重新处理，并进行了通路富集分析。我们采用了一种称为“T细胞筛选扰动得分”（TPS）的指标来量化基因扰动对T细胞功能的影响。此外，我们还结合了自身免疫疾病患者和T细胞源性癌症患者的基因表达数据（包括批量RNA水平和单细胞RNA水平），以进一步了解可能促进T细胞增殖的基因扰动。我们将所有来自35项T细胞筛选的研究数据和分析结果整合到了我们先进的T细胞扰动基因组学数据库（TCPGdb）中，该数据库可通过我们的网站（http://tcpgdb.sidichenlab.org/）访问，用户可以交互式地探索查询基因对T细胞功能的影响。