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为探究细菌基因家族位置偏好情况，研究人员分析 910 种细菌物种及大肠杆菌（Escherichia coli）和枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）的蛋白质组数据。结果发现约三分之二细菌基因家族存在位置偏好，受自然选择驱动，这揭示了细菌协调基因表达与生长速率的机制，有助于理解细菌基因组架构。
在细菌的环形染色体中，DNA 复制从一个位点（oriC）双向起始，并在另一个位点（ter）结束。在复制过程中基因仍会表达，因此靠近 oriC 的基因更有可能存在多个拷贝，且在生长过程中表达水平更高。Hu 等人分析了 910 种细菌物种中所有基因的染色体位置。与先前研究一致，他们发现许多转录和翻译相关基因偏向于 oriC。然而，65.8% 的基因家族显示出对特定位置的偏好，并且生长速率越高，这种偏好越强。这项研究表明，细菌中受位置限制的基因比之前认为的要多得多，这可能有助于深入了解未被表征基因的功能。——Corinne Simonti
摘要：细菌染色体上基因的排列方式，会通过 DNA 复制过程中依赖生长速率的基因拷贝数变化，影响基因的表达。尽管与翻译和转录相关的基因常常聚集在复制起点附近，但基因家族的位置偏好程度仍不明确。研究人员假设，自然选择普遍倾向于特定的染色体位置，以优化依赖生长速率的基因表达。通过分析 910 种细菌物种，以及大肠杆菌（Escherichia coli）和枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）的蛋白质组数据，研究人员发现约三分之二的细菌基因家族存在位置偏好。自然选择主要驱使基因向复制起点或终点分布，在快速生长的物种中选择作用最强。研究结果揭示了染色体定位，是协调基因表达与生长速率的基本机制，凸显了细菌基因组架构所受到的进化限制。
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