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circRNA与肿瘤发生的关系及检测方法优化。通过整合长短读RNA测序，开发了CHRIS工作流，成功检测到6,445个非经典circRNA异构体，并发现69个在癌症转移中显著变化的circRNA。质谱分析鉴定出6,848个circRNA编码肽段，其中994个仅通过长读整合可检测，914个为潜在新抗原。该研究显著提升了circRNA检测能力并为肿瘤生物学研究提供新资源。
环状RNA（circRNA）与肿瘤发生的关键特征相关。某些circRNA包含环状开放阅读框（cORF），并通过编码的小肽影响肿瘤发生。然而，目前的circRNA检测方法倾向于使用短读长RNA测序（RNA-seq）来检测circRNA的剪接连接处，而无法可靠地重建完整的circRNA序列，从而阻碍了cORF的准确预测。为了解决这些问题，我们进行了长读长测序，以富集全长circRNA，这些circRNA可以作为短读长比对的参考。这种方法“拯救”了那些被现有circRNA检测工具忽略的circRNA，并使得开发了一个开源的生物信息学工作流程成为可能，该流程通过整合短读长和长读长RNA-seq来表征和拯救circRNA：通过整合测序表征circRNA（CHRIS）。将该方法应用于结直肠癌细胞系和患者样本后，发现了6,445种非典型的已知circRNA isoform，其中69种在癌症转移过程中发生了变化。在结直肠癌细胞系中的验证实验确认了CHRIS拯救的11种高置信度circRNA的内源性表达。接下来，利用CHRIS检测到的67,326种circRNA和来自临床蛋白质组肿瘤分析联盟的261名结直肠癌患者的质谱数据，鉴定了6,848种由circRNA编码的肽，其中包括994种仅能通过长读长整合检测到的肽以及914种潜在的新抗原。总体而言，这项研究开发了一种方法，可以促进circRNA的检测，并为未来的circRNA肿瘤生物学研究提供有价值的资源。
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