纯合型RFC1 AAGGG重复序列扩展在特发性周围神经病变中较为常见

RFC1基因双等位AAGGG重复扩张与周围神经病变相关，研究通过全基因组测序结合新开发整合分析流程，在788例iPN患者中发现2.3%存在RFC1双杂合扩张，显著高于对照组（p=7×10^−5），提示RFC1扩张是iPN的重要遗传因素，且与神经病变亚型分布相关。

摘要

目的

RFC1基因中的双等位基因内含子AAGGG重复序列扩展会导致小脑性共济失调、神经病变和前庭反射障碍综合征，也可能导致孤立性感觉神经病变。在更多样化的患者群体中，无论是杂合子还是纯合子（双等位基因）RFC1扩展的临床意义仍不明确——部分原因是缺乏专门为串联重复序列分析设计的准确且用户友好的计算工具。

方法

为了探讨RFC1扩展与特发性周围神经病变（iPN）之间的关系，我们对一个由788名iPN患者（其中369例为纯小纤维神经病变（SFN），266例为感觉运动神经病变，144例为纯感觉神经病变，9例为纯运动神经病变）组成的大型、特征明确的患者队列进行了全基因组测序（WGS），随后通过聚合酶链反应（PCR）进行了验证。我们开发了一种集成方法，结合了ExpansionHunter Denovo和Expansion Hunter以及无监督聚类技术，能够从短读长WGS数据中可靠地检测和鉴定RFC1扩展，其结果与基于重复序列引物的PCR验证方法的符合率达到97.2%。

结果

在778名对照组中，仅有1人携带双等位基因RFC1扩展，而在788名iPN患者中则有18人携带（占比2.3%）（Fisher精确p值=7×10^-5），其中纯感觉神经病变患者中占6.9%（10/144），纯小纤维神经病变患者中占1.1%（4/369），感觉运动神经病变患者中占1.5%（4/266）。这些数据表明，即使存在运动神经受累的情况，也不应排除患者进行RFC1重复序列筛查。在iPN患者中，单等位基因扩展的频率略高于对照组（9.1% vs 7.2%），但这一差异未达到统计学显著性（Fisher精确p值=0.17）。我们也没有在单等位基因携带者中发现其他等位基因上的突变或扩展。

解释

我们的方法提供了一种从WGS数据中检测RFC1扩展的可靠且经济有效的方式。研究结果表明，RFC1基因中的纯合子（双等位基因）AAGGG重复序列扩展会促进iPN的发生。杂合子扩展也可能增加疾病风险，但需要进一步的研究来验证这一观察结果，并探讨双等位基因病例与纯合子病例之间的表型差异。

潜在的利益冲突

P.K.T.曾担任Denali Therapeutics的顾问，并与Ionis Pharmaceuticals共同拥有一项针对ASO的专利。这些关系与本手稿无直接关联。A.H.曾担任Pfizer、Sangamo和Sanofi的顾问。这些关系也与本手稿无直接关联。J.M.是Eli Lilly旗下Disarm Therapeutics的联合创始人，同时也是Asha Therapeutics的SAB成员。这些关系同样与本手稿无直接关联。

数据可用性

支持本研究结果的所有原始基因组数据已存入基因型和表型数据库（dbGaP），访问号为phs003788.v1.p1。用于患者分类和统计分析的自动化STR分析工具及相关代码可在GitHub上找到：https://github.com/ztang99/STR-detection-genotyping。