Nat Commun：滚环扩增拓展芯片合成寡核苷酸文库的应用

时间：2016年1月29日

来源：联川生物

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在最新的一项研究中，来自美国Dana-Farber癌症研究所，哈佛医学院，德国德累斯顿工业大学的研究人员提出了一个选择性的核酸扩增方法，基于三轮滚环扩增（Rolling-Circle Amplification，RCA），可以每毫升反应产生纳摩尔单链寡核苷酸。

合成寡核苷酸是纳米技术、遗传学和合成生物学研究的主要成本因素，所有这些都需要成千上万的高质量的寡核苷酸。芯片合成的便宜的寡核苷酸库可以包含成千上万不同的序列，然而每条序列的数量只有亚飞摩尔量。

在最新的一项研究中，来自美国Dana-Farber癌症研究所，哈佛医学院，德国德累斯顿工业大学的研究人员提出了一个选择性的核酸扩增方法，基于三轮滚环扩增（Rolling-Circle Amplification，RCA），可以每毫升反应产生纳摩尔单链寡核苷酸（Fig.1）。在一个多步骤的一锅法流程中，成百或上千不同长度的单链DNA可以选择性地一起扩增和纯化。这些寡核苷酸被用于折叠成多个DNA纳米结构，并作为原位杂交探针主要的荧光捕获器（Fig.2）。这个扩增成本低于其他报道的方法（通常约为20美元/纳摩尔总产生的寡核苷酸），主要是由所使用的商业化酶的成本决定。本研究中的Fish文库采用联川生物Oligomix®定制化寡核苷酸文库产品。

Fig.1 Oligonucleotide amplification by circle-to-circle amplification

Fig.2 Highly efficient Oligopaint FISH with probe sets made by barcoded c2ca

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参考文献
Schmidt TL, Beliveau BJ, Uca YO, Theilmann M, Da Cruz F, Wu CT, Shih WM. (2015) Scalable amplification of strand subsets from chip-synthesized oligonucleotide libraries. Nat Commun 6:8634.

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