诊断SIBO主要依赖小肠抽吸物培养和呼气试验。十二指肠抽吸培养被视为金标准,但存在明显局限:传统单腔导管取样易被污染(污染率高达20%),而新型双腔导管可降低污染风险。培养技术的另一问题是仅以>105 CFU/ml为判读标准,忽略了北美共识推荐的>103 CFU/ml阈值。此外,取样位置(十二指肠与空肠差异)及未来NGS技术替代培养的可能性也是当前焦点。呼气试验则因无创、简便、经济而被广泛采用。关于底物选择(葡萄糖 vs. 乳果糖)的争议持续存在:葡萄糖因不达结肠而特异性高但敏感性低;乳果糖因覆盖全小肠而敏感性高但特异性较低。最新NGS研究证实呼气试验结果与小肠微生物组成高度一致:氢阳性与变形菌门增多相关,硫化氢和甲烷水平分别与产硫化氢细菌和产甲烷菌数量相关。