在艾滋病防治取得显著成效的今天，中国抗病毒治疗覆盖率已超80%，病毒抑制率超过90%。然而一个令人困惑的现象依然存在：HIV-1重组毒株在疫情得到较好控制的地区持续涌现。这种遗传多样性背后的驱动机制是什么？重组毒株的传播对现有防治策略会产生怎样的影响？这些问题成为摆在研究人员面前的重要科学命题。
发表于《Infection, Genetics and Evolution》的最新研究给出了重要线索。由中国科学院大学医学院团队开展的研究表明，尽管抗病毒治疗取得显著成效，但未经诊断或未治疗的感染者仍在维持病毒传播链，为重组事件提供了温床。特别是在男男性行为人群(MSM)中，高强度的人口流动和复杂的性网络为不同亚型毒株的共同感染创造了条件，进而加速重组毒株的生成。
研究人员采用多工具基因分型策略，对北京地坛医院2022-2023年收集的1006份血浆样本进行系统分析。通过近全长基因组测序和系统发育分析，团队深入解析了HIV-1重组规律。技术方法主要包括：基于pol基因区域的七种基因分型工具并行分析、近全长基因组扩增与测序、Bootscan重组断点分析、贝叶斯系统发育推断以及单基因组扩增技术。样本来源于993例HIV-1感染者的临床残留标本，涵盖治疗初治和经治人群。
3.1. 临床特征和药物耐药谱
研究队列中男性占93.86%，MSM传播途径占57.40%。耐药分析显示，非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)耐药突变检出率最高(11.63%)，整合酶链转移抑制剂(INSTI)耐药率最低(0.99%)。治疗初治人群中存在一定比例的传播性耐药，凸显基线耐药检测的重要性。
3.2. 基于pol区域的基因分型
CRF01_AE(23.76%)和CRF07_BC(11.03%)为优势基因型。值得注意的是，58.95%的序列因分型工具结果不一致被归类为"未知"，反映出现有分型工具对新型重组毒株识别能力的局限性。
3.3. 系统发育聚类识别候选重组样本
对593例分型不一致序列进行系统发育分析，筛选出7个候选样本进行近全长基因组测序。这些样本在系统发育树上形成两个明显聚类(URF1和URF2)，提示可能存在新的重组事件。
3.4. 近全长基因组分析揭示已知CRF和新型URF
成功获得7条近全长基因组序列。系统发育分析显示，4个样本(HIVDR889、HIVDR1026、HIVDR1172、HIVDR1267)形成独立分支，Bootscan分析证实其为CRF01_AE和CRF07_BC组成的第二代独特重组形式，在vif、vpr、vpu和nef-3'LTR区域存在复杂重组模式。另外3个样本(HIVDR989、HIVDR1517、HIVDR1894)被确认为CRF121_0107，其重组断点位于HXB2坐标6179和8302位置。
3.5. 贝叶斯系统发育推断支持已知CRF的流行历史
对CRF121_0107三个基因组片段进行贝叶斯合并分析，估计该重组毒株的最晚共同祖先可追溯至2006年左右，表明该谱系可能已在人群中低水平传播较长时间。
3.6. 单基因组测序未解析新型URF的直接亲本来源
对4个URF样本进行pol区单基因组扩增和测序，未发现密切相关的亲本病毒谱系，表明这些URF可能来源于未被采样的祖先谱系，而非近期宿主内重组事件。
研究结论表明，尽管中国艾滋病防治取得显著进展，但HIV-1重组仍在持续发生。MSM人群中的活跃传播网络为重组毒株的产生和传播提供了有利条件。本研究发现的新型URF和CRF121_0107毒株，其重组率被低估(0.4%)，实际可能更高。这些发现强调需要加强分子监测，特别是对近全长基因组的分析，以更好地追踪重组毒株的传播动态。
讨论部分指出，重组热点多集中在基因连接区，而pol区特别是耐药突变相关位点重组倾向较低。然而，重组仍可能促进耐药突变在不同基因组区域的重新组合或聚集，增加多重耐药变异产生的可能性。研究局限性包括缺乏流行病学联系数据，以及单基因组测序仅限于pol区域。未来研究应结合全基因组克隆测序和接触网络数据，以更全面表征重组起源和传播动力学。
这项研究的意义在于揭示了在当前艾滋病流行形势下，HIV-1重组仍在持续活跃进行，特别是在MSM人群中。研究结果为完善HIV-1分子监测策略提供了重要科学依据，对优化诊断方法、指导治疗策略和疫苗设计具有重要启示。随着重组毒株的不断涌现，持续开展基因组监测和功能研究，对于有效应对艾滋病疫情演进具有重要意义。
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