关于Priestia megaterium H403的基因组研究:这种海藻内生菌具有促进微生物辅助水产养殖生长的潜力

时间:2026年1月27日
来源:Aquaculture

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本研究分离紫菜内生菌Priestia megaterium H403,证实其显著促进幼苗生长(长度增加3.6倍),基因组分析揭示固氮、解磷、铁载体及吲哚乙酸合成相关基因,为微生物辅助育苗提供新策略。

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杨晓坤|张晓文|席天乐|王一涛|焦敏|牛宁|徐华|梁成伟|叶乃豪
中国青岛市科技大学生物工程学院

摘要

海带(Saccharina japonica)是一种具有商业价值的海藻,但其室内育苗过程仍然耗时且成本高昂。在本研究中,我们从健康的S.japonica组织中分离出一种内生细菌Priestia megaterium H403菌株。共培养实验表明,H403显著促进了S. japonica幼苗的生长。用H403(浓度为1.4×107 cfu)处理的幼苗长度比对照组增加了3.6倍。P. megaterium H403的全基因组测序发现了5458个蛋白质编码基因,其中一些基因与促进植物生长的特性相关,如固氮、磷酸盐溶解、铁载体产生和吲哚-3-乙酸生物合成。此外,H403菌株对海带幼苗的生长条件具有很强的适应性,并且缺乏藻酸盐裂解酶活性,这表明它有可能在不损害宿主组织的情况下定殖于海带幼苗上。据我们所知,这是首次揭示P. megaterium促进海带生长分子机制的报告,突显了其在微生物辅助育苗技术中支持海藻养殖的潜力。

引言

全球海藻养殖作为水产养殖的重要组成部分,在维护海洋生态系统健康和促进蓝色经济发展方面发挥着重要作用(Jones等人,2022年;Zhang等人,2017年)。根据最新统计,2022年全球海藻产量达到3650万吨,其中人工养殖的海藻占总产量的97%(FAO,2024年)。作为全球最大的海藻生产国,中国贡献了超过50%的全球海藻产量。在中国的主要海藻品种中,Saccharina japonica尤为突出,年产量为186万吨(中国渔业统计年鉴,2024年)。中国的海带养殖已实现工业化生产,覆盖面积约为13万公顷,年产值超过100亿元人民币(Liu等人,2024年;Su等人,2017年)。从生态学角度来看,海带养殖场为众多海洋生物提供了庇护所和食物,从而有助于渔业资源的恢复,并带来显著的经济效益(Bekkby等人,2023年)。在海藻的应用方面,它不仅作为食物来源,还是藻酸盐和生物活性化合物的原料(Peteiro,2017年;Sæther等人,2024年)。因此,海藻养殖对人类福祉和可持续发展做出了重要贡献。
自20世纪50年代以来,循环冷却水系统已被开发和完善,用于“夏孢子”的培养,最终成为海藻养殖的标准技术(Li等人,2025年;Su等人,2017年)。虽然这种方法有效缓解了高温夏季条件下育苗生产的挑战,但运营成本较高。维持水温在约12°C需要精确的环境控制,并且需要技术娴熟的人员进行日常监测和幼苗管理(Su等人,2017年)。整个育苗过程通常持续三个月,导致生产成本显著增加。这些成本主要来自两个方面:首先是高能耗——高峰期的电力消耗比非高峰期高出80倍;其次是劳动力成本,占育苗总成本的12.8%(Coleman等人,2022年;Li等人,2023a,Li等人,2023b)。因此,缩短育苗周期可以大幅降低生产成本并提高整体盈利能力。
在陆地植物中,已经证明微生物共生体通过互利相互作用显著增强了宿主的生长和抗逆性。这些发现为改进大型海藻(如海带)的育苗技术提供了宝贵的见解(Negi等人,2023年;Santoyo等人,2016年)。内生微生物能够在不引起疾病的情况下定殖于宿主内部组织,主要包括真菌、细菌和放线菌(Mushtaq等人,2023年;Schoenrock等人,2015年)。这些微生物通过多种途径进入宿主组织——通常是通过自然伤口或分泌特定的降解酶(如纤维素酶和藻酸盐裂解酶)来突破宿主的表面防御机制(Singh等人,2018年)。一旦建立了稳定的共生关系,内生菌通过固氮、磷酸盐溶解和铁载体产生等方式为宿主提供营养。它们还通过诱导系统性抗性、竞争生态位和合成抗菌化合物来增强宿主对生物和非生物胁迫的抵抗力(Bertalan等人,2009年;Eida等人,2020年;Singh等人,2018年;Weilharter等人,2011年)。作为回报,宿主提供碳水化合物、氨基酸和稳定的微环境以支持内生菌的繁殖,形成了一个紧密调控的互利系统。这种复杂的共生关系不仅涉及代谢交换,还包括复杂的分子识别和信号传导过程,反映了宿主和微生物之间的共同进化适应性伙伴关系。
近年来,微生物调控技术因其在海藻养殖中的潜在应用而受到越来越多的关注(Kouzuma和Watanabe,2015年;Park等人,2025年)。然而,这些技术尚未在大规模海带育苗中得到应用。初步实验表明,Bacillus subtilis可以通过破坏细胞壁重新引入Ulva物种中,从而显著改变藻类微生物组的多样性和组成(Deutsch等人,2023年)。这些结果为开发微生物辅助育苗策略提供了宝贵见解。理论上,特定的微生物菌株可以通过分泌植物激素类似物或激活藻类抗氧化系统来促进海藻生长(Li等人,2023a,Li等人,2023b;Nair等人,2024年)。大型海藻在早期发育阶段特别容易受到微生物的定殖,有证据表明某些物种可以将有益微生物传递给后代。
本研究探讨了从健康S. japonica组织中分离出的内生细菌Priestia megaterium H403菌株在优化海带幼苗发育方面的潜力。通过控制共培养实验评估其对孢子萌发和幼苗生长的影响,同时通过全基因组测序确定与促进植物生长(PGP)特性相关的遗传决定因素,如植物激素合成和养分吸收。目的是确定H403菌株是否能够减少传统育苗所需的时间和成本,为海藻养殖中的微生物辅助策略奠定基础。本研究旨在通过将内生菌-大型海藻共生关系与实际养殖需求相结合,提高大规模海藻生产的效率。这项工作为未来微生物辅助海藻养殖的研究和应用奠定了基础。

实验部分

P. Megaterium H403菌株的分离与鉴定

海藻样本采集自中国福建省宁德市霞浦县的一个养殖场。内生细菌的分离遵循先前描述的方法,并进行了少量修改(Noor等人,2024年)。具体步骤如下:将海带叶片片段(5厘米×5厘米)用无菌水彻底冲洗后转移到层流柜中,首先用75%乙醇处理1分钟,然后用3%次氯酸钠处理2分钟,进行表面消毒。

海带内生菌株H403的特性

形态学观察显示,H403在LB琼脂上形成乳白色、不透明的圆形菌落,菌落表面光滑湿润,边缘清晰且略带半透明(图1A)。显微镜观察表明,细胞呈杆状,并具有典型的革兰氏阳性特征(图1B)。为了进行分子鉴定,扩增了H403菌株的部分16S rRNA基因序列,并与NCBI数据库中的序列进行了比对。

讨论

随着微生物-宿主相互作用研究的进展,越来越多的证据表明,内生细菌可以与藻类形成互利共生关系,通过多种机制显著促进宿主的生长、发育和抗逆性(Comba González等人,2018年;Goecke等人,2013年)。根据陆地植物研究的成熟范式,内生菌通过固氮、植物激素合成(例如IAA)和生物控制等方式促进宿主生长。

结论

我们成功从商业海带(S.japonica)中分离并鉴定了内生细菌P.megaterium H403菌株,证实了其在优化室内育苗方面的潜力。控制共培养实验显示,H403显著促进了海带孢子的萌发和幼苗生长,同时有效缩短了育苗周期,并解决了传统育苗方法的时间和成本问题。全基因组测序确定了与促进植物生长相关的关键基因簇。

通讯作者的责任

通讯作者确认所有作者均已阅读并批准了最终稿件,并负责确保工作的所有方面,确保与工作准确性或完整性相关的问题得到适当调查和解决。

作者贡献声明

杨晓坤:撰写——审稿与编辑、初稿撰写、可视化、验证、监督、软件使用、项目管理、方法学研究、数据分析、概念化。张晓文:撰写——审稿与编辑、监督、方法学研究、数据分析、概念化。席天乐:可视化、监督、软件使用。王一涛:验证、软件使用、方法学研究。焦敏:可视化、监督。

资助

本工作得到了国家重点研发计划(2022YFD2400105)、山东省自然科学基金(ZR2021MD075)、国家自然科学基金(41676145、32000404)、中国农业研究系统(CARS-50)、泰山学者计划以及山东智能海洋牧场重点实验室开放基金(IMR202303)、中央公益性科学机构基础研究基金(YSFRI, CAFS)(NO.20603022023012)的支持。

未引用参考文献

中国国家统计局,2024年

利益冲突声明

所有作者声明没有已知的可能影响本文工作的财务利益或个人关系。

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