消费者越来越关注食品的营养价值，更倾向于选择蛋白质高、脂肪低的肉制品。鸡肉是满足这些需求的肉类之一（Mir等人，2017年）。肉鸡已成为中国第二大肉类生产和消费项目，肉鸡产业已成为中国畜牧业的重要组成部分（Chen等人，2020年）。胸肌和腿肌构成了鸡肉产量的主要组成部分。胸肌占鸡体重的11%–24%，而腿肌占12%–27%，占鸡肉总重量的很大比例，并作为屠宰性能的关键指标。
先前的研究已经确定了一些与鸡肉体重性状相关的候选基因或位点。Luo等人使用55 K单核苷酸多态性（SNP）基因分型阵列进行了全基因组关联研究（GWAS），并结合RNA-seq分析，确定了四个SNP和七个基因（DHX15、NCAPG、LDB2、KCNIP4、SEL1L3、FAM184B和LGI2IGF2BP1）已被证明与多种家畜物种的胸肌重量和体形呈正相关（Wang等人，2021年；Zhou等人，2018年；Sutter等人，2007年）。肌肉生长抑制素（MSTN）是一种广泛存在于骨骼肌中的肌肉生长负调节因子（McPherron等人，1997年），被广泛认为与鸡肉的生长性能和肌肉发育密切相关（Zhang等人，2015年；Liu等人，2016年；Dou等人，2018年）。在一项针对鸡肉屠宰性状的GWAS中，Liu等人确定了鸡4号染色体上一个连续的基因组区域，其中包含七个与胸肌重量和腿肌重量相关的显著SNP和四个候选基因（LCORL、LAP3、LDB2和TAPT1）（Liu等人，2013年）。Chen等人（Chen等人，2015年）通过RNA测序确定了FOXO3是胸肌和腿肌生长的候选基因。Tan等人通过整合基因组和转录组分析确定IGF2BP1是与胸肌重量相关的关键基因（Tan等人，2021年）。总体而言，这些研究为鸡肉胸肌重量和腿肌重量的遗传解析奠定了重要基础。尽管先前研究中记录了许多与这两个性状相关的遗传位点，但这些基因组区域和候选基因在不同群体和分析策略中往往存在差异，导致结论不一致甚至矛盾。
黔东南小香鸡是一种来自中国贵州省的小型本地品种，以其嫩肉和高适应性而闻名，深受消费者青睐。然而，它也存在生长速度慢和产肉量低等缺点。胸肌和腿肌重量等肉品生产性状是复杂的数量性状，其背后的数量性状位点（QTL）也是多基因的、复杂的。因此，阐明这种鸡品种胸肌和腿肌重量的遗传基础并识别出优良的等位基因对于鸡肉生产的遗传改良至关重要。为了填补这一研究空白，进一步探索与鸡肉胸肌和腿肌性状相关的新位点至关重要。本研究使用了181只黔东南小香鸡作为研究群体，收集了胸肌和腿肌样本并测量了它们的重量作为表型特征进行后续分析。然后我们进行了GWAS，以识别与这两种肌肉重量性状显著相关的SNP，并使用ANNOVAR软件包进一步注释了携带关键位点的候选基因。这些发现为本地鸡品种肌肉生长性状的分子育种提供了有价值的遗传标记和候选基因。
