研究人员于2018至2024年间在中国吉林省采集猫临床样本，分离获得13株猫杯状病毒（Feline calicivirus, FCV），并对其遗传及抗原特性进行系统解析。针对主要衣壳蛋白VP1的系统发育分析显示，流行毒株呈多谱系共循环特征，部分分离株归属于与强毒全身性感染（Virulent Systemic Disease, VSD）相关的分支，并有与犬源FCV聚类的情况。交叉中和实验表明，商品化三联灭活疫苗诱导的抗血清可中和多数分离株，但对两株源自免疫猫的毒株JL1907和JL2103的中和活性显著降低。值得注意的是，尽管JL2103与JL2104的VP1氨基酸序列一致性达91.9%，二者呈现显著的非对称交叉中和：抗JL2103血清无法中和JL2104，而抗JL2104血清可有效中和JL2103。序列比较发现，非同义突变集中在VP1的E区（高变区），尤其是预测的B细胞表位及邻近猫连接黏附分子A（feline junctional adhesion molecule A, fJAM‑A）结合界面的残基位置。结果表明，即便在序列差异有限的情况下，关键抗原位点的少量氨基酸置换足以破坏交叉中和，为FCV在遗传受限背景下的抗原逃逸提供了机制解释。
本研究发表于《Veterinary Research》，聚焦于FCV在免疫压力下的快速演化及其抗原逃逸机制。FCV属于杯状病毒科（Caliciviridae）水疱疹病毒属（Vesivirus），其基因组为单股正链RNA，编码的主要衣壳蛋白VP1包含N端臂（NTA）、壳区（S）和突起区（P），其中P区的P2亚域暴露于病毒表面，承载中和表位与受体结合位点。由于RNA依赖RNA聚合酶缺乏校对功能，FCV具有高遗传可塑性，导致疫苗保护效力下降，尤其在强毒全身性感染（VSD）频发背景下，解析其抗原演化规律成为防控关键。当前研究空白在于：序列相似度极高毒株间为何仍出现明显抗原差异，机制尚不明确。为此，研究人员在吉林省开展流行病学调查，分离并鉴定FCV毒株，结合遗传、抗原及结构预测分析，揭示局部氨基酸变化驱动抗原分化的现象。
研究人员采用的主要技术方法包括：在吉林省多家兽医诊所收集具有呼吸道或口腔病变猫的咽、眼、鼻拭子，经RT‑PCR筛选FCV阳性样本并排除混合感染后进行病毒分离；对分离株的完整ORF2基因进行扩增和系统发育分析；利用疫苗免疫猫血清及小鼠免疫血清开展交叉中和实验评估抗原相关性；通过AlphaFold 3预测VP1三维结构，并使用PyMOL分析关键残基的氢键与盐桥变化。
病毒分离与鉴定：从458份样本中筛选127份FCV阳性，排除混合感染后成功分离13株FCV，均经间接免疫荧光确认。三株来自已免疫猫，提示疫苗突破感染的存在。
ORF2同源性与系统发育分析：ORF2全长2007–2010 nt，编码668–669个氨基酸。与疫苗株FCV‑255相比，全基因核苷酸一致性仅74.7%–78.1%，E区更低至60.6%–67.3%。系统发育树显示分离株分属GI与GII两个基因型，部分与VSD株及犬源株聚类，且不形成地域单一分支。
E区氨基酸变异分析：E区分为5′‑HVR‑E、中央保守区（ConE）与3′‑HVR‑E，突变集中于两端高变段。已知线性表位431–435与475–479相对保守，但445–457中和表位异质性显著，多个残基与fJAM‑A结合及VSD相关。
交叉中和实验：疫苗血清对多数毒株中和效价高，但对JL1907和JL2103显著降低；JL2103与JL2104虽序列高度一致，却呈现不对称中和模式，抗JL2103血清不能中和JL2104，而抗JL2104血清可高效中和JL2103。
P2区变异互作分析：在JL2103与JL2104间共鉴定25个P2区氨基酸差异，其中8个显著重构局部氢键网络，尤其涉及残基429、448、451、454、494、497、499与547，可能通过改变表位构象实现抗原逃逸。
在讨论中，研究人员指出吉林省此前缺乏FCV分子流行病学数据，本次分离株展示了丰富的遗传多样性及跨宿主聚类现象。虽然部分毒株携带与VSD相关的氨基酸特征，但其与致病性关联尚需体内外实验验证。疫苗免疫血清对多数毒株有效，但对JL1907与JL2103中和力弱，说明区域性抗原漂移已影响疫苗保护广度。结构模型显示，少量关键残基置换即可引起氢键网络重排，进而改变抗原表位构象，解释了高度同源毒株间的抗原差异。这一发现挑战了以往认为需大量序列变化才能导致抗原逃逸的观点，强调了局部适应性进化的重要性。研究人员同时指出本研究的局限性，包括样本量有限、仅分析ORF2区域以及使用小鼠血清替代猫血清，未来需结合反向遗传学验证特定残基功能。总体而言，该研究揭示了FCV在遗传保守背景下的抗原演化机制，为广谱疫苗设计提供了靶向位点参考。
