摘要：蜱类是多种动物宿主的外寄生虫，也是多种公共卫生关注病毒的主要媒介。然而，尽管意大利多个地区已知存在蜱传病毒感染，该国蜱类病毒组的全基因组尺度特征仍属空白。为填补这一知识缺口，研究人员对采集自意大利南北梯度三个不同地点的22份蜱类转录组进行了测序。研究发现病毒丰富度、流行率和丰度在各样本间存在差异。数据集中北部种群显示出更高比例的具潜在公共卫生意义的病毒；但由于采样设计存在不平衡且分时段采集，该观察结果需谨慎解读。通过宏基因组学与系统发育基因组学相结合，研究人员回收了99条病毒重叠群（contig），组装得到89个未培养病毒基因组（Uncultivated Viral Genomes, UViGs），部分病毒因具分段基因组而由多条contig组成。这89个UViGs对应31个病毒操作分类单元（viral Operational Taxonomic Units, vOTUs），包括10个新推定种（即未分类病毒）及19个首次在意大利报道的种。研究人员展示了包含哈塞基蜱病毒（Haseki tick virus）、正黄病毒科（Orthoflaviviridae）和泛布尼亚病毒科（Phenuiviridae）成员、蜱传脑炎病毒（Tick-borne encephalitis virus, TBEV）及4种不同白蛉病毒（Phlebovirus：Brown dog tick phlebovirus 2、Norway phlebovirus 1、Leuven phlebovirus及Tick phlebovirus）在内的已知或新型潜在人畜共患病毒的更新系统发育关系。上述结果增进了学界对蜱传病毒进化的整体认知，提供了意大利蜱病毒多样性的全面概览，并为未来监测活动的实施提供了信息基础。
论文解读：意大利蜱类宏转录组病毒组学与新蜱传病毒发现研究
本研究由研究人员发表于《Discover Viruses》。蜱媒传播的病毒性疾病在全球呈上升趋势，气候变化、土地利用变化及生物多样性丧失驱动了蜱类分布扩张。目前全球已描述蜱媒病毒逾1400种，但意大利缺乏对蜱类携带RNA病毒组的全基因组尺度系统调查，仅蜱传脑炎病毒（Tick-borne encephalitis virus, TBEV；属正黄病毒属 Orthoflavivirus，黄病毒科 Flaviviridae）在意大利北部有零星监测数据，其他蜱传病毒（如白蛉病毒 Phlebovirus、正妥提病毒 Orthototivirus 等）的本地多样性不明，制约了疾病预警与"同一健康（One Health）"框架下的风险评估。为此，研究人员沿意大利北—中—南纬度梯度采集蜱类，采用宏转录组学（Metatranscriptomics）无偏向性测序手段解析蜱类病毒组构成，旨在发现新病毒、界定病毒地理分布并更新潜在人畜共患蜱媒病毒的系统发育关系。
主要关键技术方法：
研究人员采集意大利特伦蒂诺-上阿迪杰（Trentino-Alto Adige，北）、拉齐奥（Lazio，中）和西西里（Sicily，南）三地5种常见蜱——草原革蜱（Dermacentor marginatus）、嗜群血蜱（Haemaphysalis punctata）、篦子硬蜱（Ixodes ricinus）、羊璃眼蜱（Rhipicephalus bursa）及血红扇头蜱（Rhipicephalus sanguineus sensu lato）——经形态学鉴定后提取总RNA，去除核糖体RNA（Ribosomal RNA depletion）建库，Illumina NovaSeq 6000平台双端150 bp测序。生物信息流程包括接头与低质量读段过滤、硬蜱/扇头蜱近缘种基因组比对去除宿主读段、SortMeRNA去除rRNA、SPAdes与Trinity双重de novo组装、BLASTn/BLASTx比对NCBI RefSeq病毒数据库筛选病毒contig、USEARCH去冗余、基于覆盖深度/广度质控、CheckV与geNomad验证、Prokka与TransDecoder基因注释、遗传距离（全基因组≥80%或RdRp≥90%为已知种，否则为推定新种）与最大似然法（RAxML）系统发育重建、clinker共线性比较及MetaPhlAn-4非病毒微生物谱分析，并以既往PCR检测TBEV结果作独立验证，设index-hopping（标签跳变）<0.1%阈值排除交叉污染。
研究结果：
2.1 Overview of generated metatranscriptomic samples（生成的宏转录组样本概览）
研究人员自意大利用北、中、南三地采集5种蜱共22份样本（单只成虫或若虫池），涵盖不同性别与采集年份。样本经质控后获得超11亿条读段，证实数据量足以支撑后续病毒组恢复与比较。
2.2 Identification of 99 putative viral contigs（99条推定病毒重叠群的鉴定）
经过双重组装与多级过滤，从180条初筛contig中保留99条高质量推定病毒contig，组装为89个未培养病毒基因组（UViGs），归为31个病毒操作分类单元（vOTUs）。TBEV为黄病毒科（Flaviviridae）最主要组分之一，在4份特伦蒂诺篦子硬蜱及1份西西里嗜群血蜱样本检出（后者极低读段判定为index-hopping假阳性）。病毒分属至少13个已知病毒科及未分类病毒；部分科具蜱宿主特异性（如Chuviridae仅见于羊璃眼蜱，Partitiviridae主要为篦子硬蜱），部分（如未分类Cirlivirales及Orthototiviridae）宿主范围广。α多样性分析显示西西里最高、特伦蒂诺次之、拉齐奥最低（区域间差异显著），血红扇头蜱蜱种内病毒α多样性最高，但因采样异质性仅作描述性解读。
2.3 Phylogenetics and genome comparisons reveal known and new viral species（系统发育与基因组比较揭示已知及新病毒种）
依据与最近分类病毒种的遗传距离及RdRp/Rep蛋白系统发育树，31个vOTUs中17个适于建树分析，鉴定出10个推定新病毒种（pnv）与21个已知种（kv）。新种含与Bole tick virus 3近缘的假定地中海株等。部分类群（如Xinjiang tick totivirus 2）提示需划分≥3独立种。Clinker共线性图辅助确认分段基因组病毒（如Phenuiviridae之Brown dog tick phlebovirus 1/2）基因内容与排列。未分类Cirlivirales目广泛存在于12份样本，具典型复制酶（Rep）与衣壳蛋白，结构蛋白折叠比对暂无法归入Circoviridae/Vilyaviridae/Endolinaviridae任一现存科，需更多基因组界定。
2.4 Widespread presence of TBEV in northeastern Italy（TBEV在意东北部广泛存在）
对5条新拼装TBEV全基因组建最大似然树，所有序列聚入欧洲基因型（European subtype）分支，与意大利弗留利及德、芬历史株紧密聚类，证实特伦蒂诺—上阿迪杰为意现存TBEV自然疫源地；西西里样本序列极短且相似度与同期特伦蒂诺阳性样本一致，判为index-hopping污染，不支持西西里存在TBEV自然感染。
2.5 Non-viral microbial profiles reveal the presence of well-known tick symbionts（非病毒微生物谱揭示已知蜱共生菌）
MetaPhlAn分析非病毒非蜱读段检出典型蜱共生微生物：Midichloria mitochondrii 与 Delftia acidovorans 仅见于篦子硬蜱，立克次体属（Rickettsia spp.）仅见于草原革蜱，考克斯体属（Coxiella spp.）仅见于扇头蜱属，符合已知宿主—共生菌特异分布模式。
讨论与结论总结（翻译浓缩）：
研究人员通过宏转录组学揭示了意大利蜱类携带的RNA病毒组多样性，组装得到89个UViGs（31个vOTUs），含10个推定新种及19个首次在意记录种，涉及至少13个病毒科。病毒表现出蜱宿主特异性或广宿主性；未分类Cirlivirales目病毒需进一步分类学研究。检出的哈塞基蜱病毒（Haseki tick virus，首次在意报告，宿主为西西里嗜群血蜱）、白蛉病毒属数种及塔城蜱病毒（Tacheng tick virus 5）等具潜在人畜共患意义。TBEV确认分布于特伦蒂诺—上阿迪杰并属欧洲亚型，西西里"检出"判为测序污染。部分植物/真菌病毒contig源于蜱体表环境残留。研究受限于采样年代与地域不均，未进行β多样性推断。综上，本研究拓展了蜱媒病毒分类与基因组资源，确证意蜱为病毒多样库，为蜱传病人畜共患病监测与公共卫生风险评估提供基线数据。
