全基因组测序和宏基因组分析为了解乳酸菌在纸桑树厌氧发酵过程中对单宁和皂苷降解的调控机制提供了基因组层面的见解

时间:2026年7月5日
来源:Food Bioscience

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王宁伟|孙云雷|沈怡颖|吴明新|林艳丽|王学凯|倪菊菊|杨富玉中国农业大学草原科学技术学院,北京100193,中国摘要:抗营养因子,尤其是单宁和皂苷,会严重限制纸桑作为饲料资源的利用。本研究筛选出了两种具有较强降解能力的乳酸菌:用于降解单宁的Limosilactobacillus

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王宁伟|孙云雷|沈怡颖|吴明新|林艳丽|王学凯|倪菊菊|杨富玉
中国农业大学草原科学技术学院,北京100193,中国

摘要:

抗营养因子,尤其是单宁和皂苷,会严重限制纸桑作为饲料资源的利用。本研究筛选出了两种具有较强降解能力的乳酸菌:用于降解单宁的Limosilactobacillus fermentum P111,以及用于降解皂苷的Lactiplantibacillus plantarum P87。与对照组相比,所有接种处理均提升了抗营养因子的降解效率。其中,P111+P87联合处理使可水解单宁的降解率达到最高,为76.42%,而P87处理则使皂苷的降解率最高,为74.10%。全基因组测序和宏基因组测序分析表明,P111菌株富含与单宁降解相关的基因,而P87则含有与皂苷及酚酸代谢相关的基因。此外,在P111+P87处理中,关键的单宁降解基因数量进一步增加,而在P87处理中,参与皂苷糖侧链分解的基因表达水平上升。这项研究为降低抗营养因子含量、提升木质牧草资源的饲料价值提供了新的策略。

引言

纸桑(Broussonetia papyrifera L.)是一种生长迅速的木本植物,在亚洲广泛种植。除了传统的造纸用途外,其各个部位还被用于民间医药。纸桑富含营养成分且生物量充足,因此被视为一种极具潜力的替代性牧草资源(Chang等人,2015;Peng等人,2019)。先前的研究表明,纸桑具有多种药理活性,这些活性主要源于其中的黄酮类和生物碱等活性成分(Wang、Huang和Qin,2012;Li等人,2025)。此外,纸桑还含有丰富的氨基酸、维生素、矿物质、萜类化合物和糖苷,这进一步凸显了其作为营养来源的潜力(Han等人,2016)。由于纸桑的生物量产量高且营养成分良好,它逐渐成为缓解优质牧草短缺问题的理想替代饲料资源(Zhang等人,2019;Du等人,2023)。
尽管纸桑具有较高的营养价值,但其体内含有大量的抗营养因子,主要是单宁和皂苷,这些物质会降低动物的适口性、营养吸收效率以及生长性能(Dey等人,2022)。这类化合物会减少养分的可用性并降低发酵效率(见图S3)。单宁可能会与饲料中的蛋白质和矿物质发生相互作用,而皂苷则可能对瘤胃功能及养分吸收产生不利影响(Cirkovic等人,2018;Molino等人,2023;Kumar等人,2022;Fleck等人,2019)。因此,寻找有效的策略来降低抗营养因子含量对于提升纸桑的饲料价值及其实际应用意义重大。
厌氧发酵是一种能够在保留植物材料中营养成分和活性成分的同时降低抗营养因子的有效方法,可在非生长季节为动物提供营养丰富的食物(Wang等人,2021;Gefrom等人,2013;Yang等人,2025;Xue等人,2026)。乳酸菌在提升发酵质量、增强养分吸收以及降低抗营养因子方面发挥着重要作用(Kung等人,2018)。许多乳酸菌菌株,尤其是Lactobacillus属菌株,具有益生菌特性,同时还具备解毒抗营养因子的能力(Molina等人,2025;Kahala等人,2023;Zolfaghari等人,2023)。基因组分析表明,乳酸菌含有编码单宁酶和没食子酸脱羧酶等功能基因,这些酶参与单宁降解过程,从而生成毒性较低的代谢物,如焦性没食子酸(Jiménez等人,2014;Reveron等人,2017;Dhiman等人,2018)。此外,Lactiplantibacillus plantarum和Lacticaseibacillus casei等乳酸菌还具有6-磷酸-β-葡萄糖苷酶活性,该酶能够水解皂苷糖苷,进而释放出苷元(ávila等人,2009;Son等人,2018;Aryana等人,2007;Arjmand等人,2023)。尽管越来越多的证据表明乳酸菌能够降低植物来源的抗营养因子含量,但在纸桑发酵中的应用方面仍存在诸多不足。目前对于能够降解单宁和皂苷的乳酸菌多样性研究尚不充分,功能基因、微生物群落与抗营养因子降解之间的关系也尚未明确。此外,发酵过程中与抗营养因子转化相关的微生物种类及代谢途径也尚未被完全阐明,因此有必要开展综合性的基因组学和宏基因组学研究(Han等人,2025;Hua等人,2025)。
因此,本研究旨在:(1)筛选出具有较强单宁和皂苷降解能力的乳酸菌,并评估其在纸桑发酵过程中的效果;(2)阐明与这些抗营养因子降解相关的微生物群落及其作用机制。这些研究结果将为深入理解抗营养因子降解的微生物机制提供新的见解,同时也有助于开发功能性乳酸菌制剂,进一步提升纸桑的营养价值。

章节节选

实验材料

2022年11月14日,研究人员在中国广西百色的广西润源农业科技有限公司采集了高度约为1.2米的纸桑(Broussonetia papyrifera L.)样本,该地的坐标为北纬23.43°,东经107.70°。该地区属于亚热带季风气候,年平均气温为22℃,相对湿度为80%,年降水量为1298毫米。采集到的新鲜纸桑被直接切成约1厘米长的小段,然后人工混合后用于青贮。

筛选功能性乳酸菌

研究人员从135份经过发酵处理的纸桑样本以及27份以纸桑发酵产物为饲料的水牛和扬州白鹅粪便样本中分离出了共计361株细菌。为了评估所有菌株的单宁和皂苷降解能力,研究人员测量了水解圈直径和皂苷降解率。如图1所示,L. fermentum P111菌株表现出最强的单宁降解能力,其水解圈直径

结论

本研究评估了所选乳酸菌接种剂对单宁和皂苷的降解效果,并阐明了其背后的作用机制。P111和P87联合使用可显著降低可水解单宁的含量(P < 0.05),而单独使用P87时则能使皂苷的含量降至最低(P < 0.05)。基因组测序和宏基因组测序分析帮助识别出了关键的功能基因,例如P111菌株中的酰胺酶和2-氧代戊-4-烯酸水合酶,以及P87菌株中的没食子酸脱羧酶,这些基因很可能参与了相应的降解过程

CRediT作者贡献说明

孙云雷:可视化分析、方法设计。王宁伟:初稿撰写、可视化分析、实验研究、正式分析、数据整理、概念构建。杨富玉:项目监督、项目管理、资金筹集。倪菊菊:实验研究。王学凯:实验研究。林艳丽:正式分析。吴明新:正式分析。沈怡颖:结果验证、正式分析

未引用参考文献

Amitabh和Kumar,2018;Aryana和McGrew,2007;Velickovic和Stanic-Vucinic,2018;Jiang等人,2025;Jimnez等人,2013;Reverón等人,2017;Rollán等人,2019;Santamaria等人,2018;Zhao等人,2025;Zou等人,2023。

利益冲突声明

作者声明不存在任何利益冲突。

数据可用性

本研究产生的宏基因组序列和全基因组序列数据已存储在公共数据库中。宏基因组数据存储在NCBI SRA平台,访问编号为PRJNA 1106566,而基因组序列的访问编号也为PRJNA 1106566。

利益冲突声明

☒ 作者声明不存在任何可能影响本文研究结果的已知财务利益冲突或个人关系。

致谢

本研究得到了中国国家自然科学基金的资助,项目编号为32171686,资助人为F. Y。

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