综述:神经精神疾病中的表观遗传编辑:开创精准基因控制的下一代疗法

时间:2025年12月29日
来源:Molecular Neurobiology

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本综述系统阐述了表观遗传编辑(Epigenetic Editing)在神经精神疾病治疗中的前沿进展。文章聚焦于CRISPR/dCas9、锌指蛋白(ZFN)及TALE等可编程工具,探讨其通过调控DNA甲基化(DNA methylation)、组蛋白修饰(histone modifications)及非编码RNA(ncRNA),实现对特定基因位点的精准、长效调控。作者深入剖析了阿尔茨海默病(AD)、帕金森病(PD)、亨廷顿病(HD)及主要精神疾病中的表观遗传失调机制,并评述了基于KRAB结构域、TET酶等的新型治疗策略及其在临床转化中面临的挑战(如脱靶效应、血脑屏障(BBB)穿透等),为开发下一代精准疗法提供了重要参考。

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引言
神经系统的发育、功能及可塑性高度依赖于表观遗传调控。表观遗传机制,包括DNA甲基化、组蛋白修饰、核小体重塑、高阶染色质重构、非编码RNA(ncRNA)以及RNA和DNA编辑,在不改变DNA序列的前提下精密调控基因表达。这些机制对脑分化、突触可塑性及神经网络维持至关重要。一旦这种精密调控被破坏,可能导致基因表达异常,进而加剧多种神经及神经精神疾病的病理过程。研究表明,表观遗传失调与阿尔茨海默病(AD)、帕金森病(PD)等神经退行性疾病及神经发育障碍的发病机制直接相关,这为开发新型干预策略提供了靶点。
表观遗传调控的分子机制
表观遗传修饰的核心在于动态调控基因表达。DNA甲基化是关键环节,其功能高度依赖于上下文环境。从头DNA甲基转移酶(DNMT3A、DNMT3B)在发育或环境刺激下建立新的甲基化标记,而维持甲基转移酶DNMT1则在DNA复制过程中忠实复制现有模式。DNA去甲基化可通过被动(复制依赖)或主动(由TET酶介导的氧化及碱基切除修复BER)途径实现。在脑中,TET酶介导产生的5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)富集,显著影响活性依赖的转录。
组蛋白修饰同样举足轻重。组蛋白乙酰化通常与染色质松弛和基因激活相关,而组蛋白去乙酰化酶(HDAC)去除乙酰基则导致转录抑制。组蛋白甲基化对转录的影响则取决于被修饰的具体氨基酸残基及甲基化数量。此外,染色质重塑复合物(如SWI/SNF家族)利用ATP水解能重新定位核小体,改变DNA的可及性。
非编码RNA(ncRNA)在多层面参与基因表达调控。长链非编码RNA(lncRNA)如HOTAIR可招募染色质修饰复合物(如PRC2)至特定基因组位点,从而抑制基因转录。微小RNA(miRNA)和小干扰RNA(siRNA)则主要通过结合靶标mRNA诱导其降解或翻译抑制,实现转录后调控。值得注意的是,miRNA亦可靶向DNMT等表观遗传酶类,间接影响DNA甲基化状态。
表观遗传编辑工具的技术概览
与传统CRISPR-Cas9基因编辑技术旨在永久改变DNA序列不同,表观遗传编辑利用催化失活的Cas9(dCas9)作为可编程的DNA结合平台,融合特定的表观遗传效应器结构域,实现对表观标记的精准“书写”或“擦除”,从而在不变更DNA序列的前提下长效调控基因表达。
CRISPR-based表观遗传编辑器是当前主流。dCas9与TET1酶融合形成的dCas9-TET可靶向特定基因组位点催化DNA去甲基化,重新激活因甲基化而沉默的基因。反之,dCas9与DNMT3A/3B融合则可用于靶向引入DNA甲基化,抑制基因表达。在组蛋白修饰层面,dCas9-p300(组蛋白乙酰转移酶)融合蛋白已被证实能通过引入H3K27乙酰化(H3K27ac)标记有效激活内源性增强子和启动子。此外,将dCas9与转录抑制结构域KRAB融合,可招募KAP1(TRIM28)等辅抑制因子,进而引发局部异染色质形成和基因沉默,此系统被称为CRISPRi。
锌指核酸酶(ZFN)和转录激活因子样效应物核酸酶(TALEN)作为早期的可编程基因编辑平台,同样可被改造用于表观遗传调控。通过将ZFN或TALEN的DNA结合域与表观遗传效应器(如DNMT或组蛋白修饰酶)融合,也能实现位点特异性的表观遗传修饰。尽管在应用便捷性上可能不及CRISPR系统,它们仍为特定场景提供了备选方案。
RNA-based表观遗传调节剂是另一重要方向。设计特定的lncRNA、miRNA sponge(用于吸附并抑制特定miRNA活性)或利用CRISPR系统中的向导RNA(gRNA)引导dCas9-效应器复合物,均可实现对表观基因组的精准干预。这些方法为动态、可逆地调控基因表达提供了更多选择。
表观遗传编辑在神经系统疾病中的应用
  • 神经发育障碍:Rett综合征主要由MECP2基因突变引起。虽然当前临床研究(如TSHA-102、NGN-401等AAV9载体介导的基因疗法)侧重于MECP2基因的替代,但表观遗传编辑策略,如利用CRISPR/dCas9-TET靶向激活沉默的MECP2等位基因,展现出巨大潜力。脆性X综合征(FXS)则由FMR1基因5‘非翻译区CGG重复序列扩展导致启动子超甲基化和基因沉默所致。研究表明,利用dCas9-TET1靶向去甲基化FMR1启动子区,可在FXS患者来源的诱导多能干细胞(iPSC)分化的神经元中成功重新激活FMR1表达,并挽救异常的电生理表型。针对Angelman综合征(AS)中神经元内父源UBE3A等位基因的表观遗传沉默,靶向UBE3A-TS转录本的反义寡核苷酸(ASO)疗法已进入临床评估,为表观遗传干预提供了临床前例。
  • 神经退行性疾病:在阿尔茨海默病(AD)研究中,表观遗传编辑聚焦于调控ApoE等风险基因以及脑源性神经营养因子(BDNF)等神经保护基因。例如,dCas9-p300介导的BDNF位点组蛋白乙酰化已被证明能提升其表达,改善AD模型中的突触功能。在帕金森病(PD)中,α-突触核蛋白(SNCA)的异常聚集是核心病理特征。利用dCas9-DNMT3A靶向甲基化SNCA基因启动子,可有效降低其表达,从而减少α-突触核蛋白的聚集和毒性。尽管临床转化尚需时日,这些临床前研究为干预神经退行性病变的根源提供了新思路。
  • 神经精神疾病:在精神分裂症和重度抑郁症等疾病中,表观遗传机制介导的突触可塑性相关基因(如BDNF、谷氨酸能信号通路基因)表达失调备受关注。临床前研究利用CRISPR/dCas9-p300激活BDNF表达,可缓解抑郁模型动物的突触缺陷。患者iPSC来源的神经元模型也揭示了特定突触可塑性基因位点存在异常的DNA甲基化模式,为个性化治疗评估提供了平台。同时,靶向调控与树突棘密度和突触重塑相关的miRNA(如miR-132, miR-134)也成为潜在治疗策略。
  • 脊髓损伤与再生:脊髓损伤后,表观遗传状态深刻影响内源性神经干/祖细胞(NS/PC)的存活、分化以及移植的iPSC-NS/PC的整合与修复能力。通过表观遗传编辑调控损伤微环境中的抑制性因素,或直接重编程小胶质细胞的功能状态,使其从神经毒性向神经保护性转变,是促进神经再生和功能恢复的前沿探索方向。
表观遗传编辑的递送策略
将编辑工具高效、安全地递送至中枢神经系统(CNS)靶细胞是临床转化的关键挑战。病毒载体,特别是腺相关病毒(AAV),因其高转导效率和长期表达能力而被广泛应用。工程化衣壳(如AAV-PHP.B)可增强小鼠CNS转导,但其在非人灵长类中的效果存在差异,需谨慎评估。慢病毒载体则具有较大的装载容量,但存在基因组整合风险。
非病毒递送系统,如脂质纳米颗粒(LNP)和外泌体(exosome),因其较低的免疫原性和更好的安全性日益受到重视。LNP已成功用于递送mRNA疫苗,其在递送表观遗传编辑器方面潜力巨大。外泌体作为天然的内源性囊泡,具有良好的生物相容性和穿越血脑屏障(BBB)的潜力,经过工程化改造后可装载并靶向递送编辑器。
克服血脑屏障是系统性给药的主要障碍。受体介导的转胞吞作用(RMT)、聚焦超声(FUS)联合微泡暂时性开放血脑屏障(FUS-BBBD)以及纳米颗粒的表面修饰(如PEG化或配体偶联)等技术,正在被积极开发以增强CNS靶向递送效率。
挑战与局限性
表观遗传编辑的临床转化仍面临诸多挑战。脱靶效应是首要安全问题,dCas9-gRNA复合物可能与非目标位点结合,导致意外的表观遗传改变和基因表达紊乱。改进gRNA设计算法、使用高保真Cas9变体以及采用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、转座酶可及染色质测定(ATAC-seq)等技术进行正交验证,有助于降低此风险。
免疫原性也不容忽视。来源于细菌的Cas蛋白和病毒载体(如AAV)可能引发宿主免疫反应,影响治疗效果甚至导致安全性问题。使用人源化Cas蛋白、低免疫原性变体或非病毒递送系统是可能的解决方案。
表观遗传修饰本身具有可逆性和动态性,如何维持治疗性编辑的长期稳定性是一大难题。在分裂细胞中,表观标记可能随着细胞分裂而稀释。在终末分化的神经元中,虽然相对稳定,但仍可能受环境信号和细胞活动影响。策略包括同时靶向多个染色质层(如DNA甲基化和组蛋白修饰协同)、利用细胞自身的反馈环路或设计“命中即走”(hit-and-run)的编辑策略,以期诱导持久、甚至可遗传的表观遗传状态改变。近期一项临床前研究显示,通过LNP递送编码特异性表观遗传编辑器的mRNA,可实现对小鼠体内PCSK9基因的长效沉默,为hit-and-run策略提供了概念验证。
未来展望与临床转化
尽管挑战重重,表观遗传编辑领域正朝着临床可行策略快速迈进。结合多组学数据、人工智能(AI)和机器学习进行靶点发现及编辑器设计,将进一步提升治疗的精准性和有效性。非病毒递送技术的进步,以及来自基因编辑临床试验(如NTLA-2001用于转甲状腺素蛋白淀粉样变性,ex vivo编辑用于镰状细胞病和β-地中海贫血)的经验和监管路径,为表观遗传编辑的临床转化铺平了道路。未来研究需重点关注长期安全性、疗效稳定性,并确保这些创新疗法能够公平惠及患者。
结论
表观遗传编辑为神经精神疾病的治疗带来了革命性的前景。通过精准修正致病性的表观遗传状态,而非改变DNA序列本身,它有望实现对疾病根源的干预,提供真正意义上的精准医疗。随着工具不断优化、递送策略持续创新以及安全性得到充分验证,表观遗传编辑有望成为下一代神经系统疾病治疗范式,为众多难治性患者带来新的希望。

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