泡菜源Limosilactobacillus fermentum NS2301G2全基因组测序揭示其益生潜力与遗传特征

来自韩国的研究人员通过混合测序技术（Illumina+Nanopore）完成泡菜源乳酸菌Limosilactobacillus fermentum NS2301G2的全基因组测序，获得2,077,637 bp环形染色体（GC含量51.51%），为益生菌功能研究和食品微生物应用提供重要遗传资源。

研究人员从韩国传统发酵泡菜中分离出一株_{Limosilactobacillus fermentum} NS2301G2菌株，并通过牛津纳米孔（Oxford Nanopore）和Illumina双平台测序技术完成其全基因组解析。该菌株基因组为长度2,077,637碱基对的环形染色体，GC含量为51.51%，经BUSCO评估显示基因组完整度高达99.2%。

实验过程中，使用DNeasy PowerSoil Pro Kit提取基因组DNA，并通过NanoDrop及Qubit 4 Fluorometer进行质控。Illumina测序采用TruSeq DNA Nano Prep Kit建库，产生约1.55 Gb数据；纳米孔测序则使用Ligation Sequencing Kit，获得654 Mb长读长数据（读长N50为12,099 bp）。

后续使用Trimmomatic进行质控，Bowtie2比对phiX基因组，SAMtools过滤，并通过Unicycler实现混合组装。注释工作由NCBI原核基因组注释流程（PGAP）完成，共鉴定出2,059个编码序列（CDS）、58个tRNA基因和15个rRNA基因。

该菌株属于乳酸菌（LAB），具有耐酸耐胆盐、降胆固醇和抗氧化等益生特性，其基因组的完整解析为食品微生物学及益生菌机制研究提供了关键遗传基础。基因组环形图谱通过Proksee生成，清晰展示了编码序列分布、GC含量变化及GC偏倚等特征。

本研究获得韩国国家研究基金会（NRF）资助（编号RS-2025-02215830）。