肿瘤微环境(TME)中乳腺癌免疫相关预后亚型的鉴定及其临床意义

来自某研究团队的研究人员针对乳腺癌(BRCA)肿瘤微环境(TME)的免疫调控机制展开研究，通过TCGA数据库RNA测序数据结合ssGSEA算法鉴定出3种免疫相关亚型(C1/C2/C3)，发现C2亚型具有更优的生存预后及更高免疫标志物表达，筛选出8个关键预后基因并通过RT-qPCR验证。该研究为乳腺癌精准免疫治疗提供新靶点，代码已开源至GitHub。

背景：大量证据表明肿瘤微环境(TME)在乳腺癌(BRCA)进展和治疗中起关键作用。

目的：解析TME中免疫相关BRCA亚型特征，挖掘具有预后价值的基因标志物。

方法：从癌症基因组图谱(TCGA)获取BRCA患者RNA测序数据及临床资料，采用单样本基因集富集分析(ssGSEA)评估免疫浸润程度。通过共识聚类将BRCA分为不同免疫亚型，结合差异表达基因(DEGs)筛选和维恩分析获取候选基因。采用Kaplan-Meier(K-M)生存分析鉴定预后相关基因，并在GEO和METABRIC数据集验证。通过实时定量PCR(RT-qPCR)检测基因表达水平。

结果：在TCGA队列中鉴定出3种免疫亚型——C1、C2和C3。其中C2亚型较C1表现出更优的总生存期(OS)，且免疫标志物和检查点蛋白表达更高。通过交叉分析获得25个候选基因，最终确定8个预后相关基因。RT-qPCR显示其中2个基因在BRCA组织中显著上调，其余基因表达降低。

结论：基于免疫特征划分的BRCA亚型为个体化治疗提供新思路，相关分析代码已发布于GitHub平台(https://github.com/tangzhn/BRCA1.git)。