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这篇开创性研究通过纵向追踪10例慢性HIV感染者ART治疗前后多个时间点的样本，首次系统揭示了不同HIV DNA区域（U3-U5/TAR/R-U5-pre-Gag/Pol）及其对应转录本（起始/延长/完整/缺陷型RNA）的动态变化规律。研究发现：1）完整HIV RNA在ART治疗1年内快速清除（衰减速度是5'缺陷RNA的7.6倍）；2）多重剪接RNA（TatRev）持续衰减至治疗后3年；3）含5'端的前Gag DNA区域（R-U5-pre-Gag）呈现长达5年的渐进性清除。这些发现为理解HIV潜伏库（reservoir）异质性、免疫清除机制差异以及持续炎症（immune activation）的分子基础提供了关键证据，对开发靶向转录调控（如阻断TAR环形成）的新型治疗策略具有重要指导价值。
HIV转录活跃细胞在抗逆转录病毒治疗（ART）期间持续存在，可能促进炎症反应和停药后的病毒反弹。研究通过定量分析10例慢性HIV感染者在ART治疗前后五个时间点（T1-T5，最长随访10年）外周CD4+ T细胞中各类HIV DNA区域及其转录本，揭示了病毒持久性的分子特征。在未治疗阶段，仅约1%完整前病毒能转录完整RNA，且存在显著的转录延伸（elongation）和完成（completion）阻滞。ART启动后，不同转录本呈现差异性衰减：多重剪接RNA（TatRev）衰减速度显著快于起始RNA（TAR），完整RNA衰减快于5'缺陷RNA。值得注意的是，R-U5-pre-Gag DNA区域在治疗后5年内持续下降，提示其清除机制可能涉及独特的免疫选择压力。
尽管ART能有效抑制HIV复制，但无法完全清除潜伏感染的细胞库。这些细胞库包括大量因缺失/超突变导致的缺陷前病毒、少量完整前病毒，以及极少数可被激活产生感染性病毒的潜在储备库（latent reservoir）。近年研究发现，即使在ART抑制状态下，不同HIV转录本（如起始/延长/完整/缺陷型RNA）的持续表达可能与免疫激活、炎症反应和器官损伤相关。然而，关于ART启动时机和治疗时长如何影响各类转录本的清除动力学，目前仍缺乏系统研究。
研究纳入10例慢性感染期启动ART的参与者，采集治疗前（T1）和治疗后四个时间点（T2-T5，中位时间0.9-7年）的样本。采用微滴数字PCR（ddPCR）定量检测：1）HIV DNA区域（U3-U5/TAR/R-U5-pre-Gag/Pol）；2）完整前病毒DNA（IPDA法）；3）各类转录本（TAR/Pol/PolyA/TatRev等）。通过多步RT-ddPCR技术区分起始/延长/完整转录本，并创新性地将RNA水平标准化至对应DNA区域，以消除前病毒突变频率差异的影响。
未治疗期的转录特征
慢性感染阶段显示显著的转录阻滞：
ART治疗后的动态变化
这项研究首次绘制了慢性HIV感染经ART治疗后，不同病毒分子物种的长期演化图谱。三大核心发现具有重要临床意义：
研究局限性包括样本量较小和采样时间点变异，但通过创新的标准化分析方法和长达10年的随访，为理解HIV持久性提供了前所未有的分辨率。这些发现为开发靶向转录调控（如阻断TAR-Tat相互作用）或增强免疫识别（如疫苗靶向Gag/Pol表位）的治愈策略指明了新方向。
感谢SCOPE队列参与者和临床研究团队的贡献。研究受NIH（P01AI169606/R01AI132128）、amfAR（108072-50-RGRL）和比尔及梅琳达·盖茨基金会（INV-002703）资助。
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