口蹄疫（FMD）是全球最具经济破坏性的跨境动物疾病之一，通过降低生产力、贸易限制和反复的疫苗接种成本造成巨大损失。尽管经过数十年的控制努力，FMD仍然在非洲、中东和亚洲的大部分地区流行，病毒的进化和跨境传播不断削弱疾病管理策略的效果。其病原体——口蹄疫病毒（FMDV）是一种无包膜的正链RNA病毒，属于小RNA病毒科（Picornaviridae），具有极高的遗传和抗原多样性，被分为七个免疫学上不同的血清型（O型、A型、C型、Asia-1型、SAT1型、SAT2型和SAT3型），以及众多顶株和谱系（Humphreys等人，2025年；Brown等人，2022年；Stenfeldt等人，2025年）。
FMD通过减少肉类和牛奶产量、扰乱牲畜市场、限制贸易、扑杀受感染或暴露的动物以及重复的疫苗接种和控制措施，导致严重的经济损失。在许多发展中国家，牲畜是生计和粮食安全的基础，因此FMD的反复爆发加剧了贫困并威胁到国家粮食供应的稳定性（Hassan等人，2022年；Zewdie等人，2023年；Tadesse等人，2020年；Aslam和Alkheraije，2023年）。
作为东非、撒哈拉以南非洲和中东地区牲畜贸易的交汇点，埃及自20世纪50年代以来FMD就一直处于流行状态。历史上，O型是最先出现的血清型，并在数十年的疫情中一直占据主导地位。随着时间的推移，其他多种血清型和顶株也相继传入并定植。值得注意的是，A型病毒引发了多次重大疫情：首次记录于20世纪60年代，2006年由于与东非的活体动物贸易再次入侵；随后在2010至2015年间，出现了起源于亚洲的A-Iran05–08谱系。到2012年，A/Africa G-IV型非洲顶株出现并持续存在。与此同时，SAT2型于2012年首次被报道，后来在2018年再次爆发，其中一次严重的疫情与Lib-12谱系（I型顶株）有关，这表明SAT2型在埃及反复引入并定植（Soltan等人，2019年；Shahein等人，2023年；Sobhy等人，2018年；Hassan等人，2022年；Al-Ebshahy等人，2024年）。
在过去十年中，受病毒突变、抗原漂移、动物移动和贸易的影响，流行病学状况持续演变。特别是在A型和SAT2型病毒中，抗原和遗传变异逐渐降低了疫苗的匹配效果，引发了人们对已接种疫苗群体中突破性感染的担忧。针对当地历史血清型和顶株设计的传统多价疫苗可能不再能提供针对新传播或引入病毒谱型的最佳保护。
2022年在埃及发现的一种新型FMDV-A变体——A EURO-SA谱系，可能是通过长距离动物贸易或进口引入的，这一案例显著展示了病毒跨大陆传播的现象，对疫苗设计和疾病控制策略具有重要意义（Hagag等人，2023年）。更令人担忧的是，2025年埃及首次确认了SAT1型（I型顶株）的入侵，标志着该国FMD流行病学的范式转变。由于此前该病毒在牲畜群体中未曾流行或未通过疫苗接种产生免疫力，此次入侵暴露出了重大的免疫缺陷，导致病毒在未接种疫苗的动物中迅速传播，凸显了修订疫苗政策和组成的迫切需求。
鉴于这些发展，迫切需要制定动态的、基于基因组学的国家控制策略，整合持续的分子监测、抗原监测、疫苗匹配分析和灵活的疫苗更新。静态依赖传统疫苗株可能会使牲畜群体容易受到新出现血清型和顶株的威胁，从而对动物健康、生产力和国家粮食安全产生严重后果。
本文旨在全面评估埃及当前的FMDV疫情状况及新兴谱系，包括历史上的血清型传播情况、先前未报告的谱系（如A EURO-SA型、SAT1型I型顶株）的近期引入，以及地方性血清型内的抗原漂移情况。通过整合分子、抗原和流行病学数据，本文将评估现有疫苗接种策略的影响，并提出基于证据的建议，以指导未来的疫苗政策和国家FMD控制措施。
