关于Vibrionaceae家族中HapR/LuxR同源物在DNA结合过程中的结构复杂性及其功能调控的全面研究结果

时间:2026年2月7日
来源:International Journal of Biological Macromolecules

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比较了Vibrionaceae属中HapR/LuxR同源蛋白的功能保守性,使用V. cholerae突变株模型,发现序列差异导致结构变化(如灵活性和表面电荷),影响DNA结合能力,从而改变功能。结构分析揭示了这些差异的进化意义。

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希曼舒·森(Himanshu Sen)|古拉布·巴苏·乔杜里(Gourab Basu Chaudhury)|乔亚斯里·达斯(Joyasree Das)|施拉达·苏林(Shradha Surin)|曼朱拉·埃卡(Manjula Ekka)|安吉拉·萨哈(Angira Saha)|德巴扬·萨哈(Debayan Saha)|斯里尼瓦桑·克里希纳穆尔蒂(Srinivasan Krishnamurthi)|索门·杜塔(Saumen Dutta)|索米娅·雷乔杜里(Saumya Raychaudhuri)
印度昌迪加尔第39A区CSIR微生物技术研究所,邮编160036

摘要

LuxR/HapR同源物在致病性Vibrio物种(如V. choleraeV. vulnificusV. parahaemolyticus等)的毒力基因和蛋白酶基因调控中起着重要作用,同时还能提供生理优势,例如抵抗原生动物捕食、增强运动能力以及在水中环境中形成几丁质诱导的竞争力。它们通常被称为高细胞密度主调控因子。这些蛋白在序列和结构上在Vibrio属中高度保守,能够识别并结合常见的DNA启动子,例如V. vulnificus的SmcR可以激活V. cholerae的蛋白酶产生。尽管存在这种保守性,但由于序列中的氨基酸差异,它们之间仍存在关键差异。在本研究中,我们使用hapR突变体V. cholerae菌株作为模型生物,比较了来自Vibrionaceae家族不同分支的HapR/LuxR同源物的功能保守程度。我们还探讨了远缘HapR/LuxR同源物的结构复杂性,例如Photobacterium属的LuxR蛋白和与V. cholerae密切相关的Vibrio mimicus的HapR。通过晶体结构分析,记录了序列差异带来的进化影响,并研究了影响转录调控功能的多种结构约束因素。

引言

Vibrio属属于Gamma-变形菌门,包含超过142个物种,这些物种原生于海洋、河口和淡水环境[1]、[2]。该属的成员进化出了不同的代谢能力和生存策略,以适应多样的宿主和环境条件[3]。越来越多的证据表明,群体感应在Vibrio属成员的环境生命周期中起着重要作用。首次发现群体感应现象是在Aliivibrio fischeri中[4]。随后,群体感应传感器网络在Vibrio cholerae和其他Vibrio物种中得到了广泛研究[1]、[5]、[6]、[7]、[8]。尽管传感器电路的复杂结构和功能各不相同,但在Vibrio的基因组中都存在核心调控蛋白LuxO和LuxR/HapR。其中,LuxR/HapR被认定为高细胞密度主调控蛋白[8]。在低细胞密度下,激活的LuxO通过破坏LuxR/HapR的mRNA来控制其表达;而在高细胞密度下,LuxO的失活促进了LuxR/HapR的产生及其介导的基因表达[5]。作为主调控因子,HapR及其同源物控制着多种细胞事件,从而极大地促进了Vibrio在其自然宿主和水生环境中的致病性、生存能力。
除了在Vibrio中的多种途径中的作用外,HapR同源物也被认为具有互换性。事实上,许多HapR/LuxR同源物(如V. cholerae的HapR、V. parahaemolyticus的OpaR、V. vulnificusV. coralliilyticusV. harveyi luxCDABE启动子并驱动转录[10]、[11]、[12]。本研究基于先前的研究以及我们最近的观察结果(即V. vulnificus的HapR/LuxR同源物SmcR能够在V. cholerae hapR突变体中恢复HapR介导的蛋白酶产生[13])。HapR与SmcR的蛋白质序列比对显示它们在N端DNA结合域(DBD)具有高度保守性[14]、[15]、[16]。从结构上看,HapR和SmcR也有显著相似之处[17]、[18]、[19]、[20]。尽管在分子水平上有很强的同源性,但这两种蛋白在功能上存在内在差异。例如,SmcR能与Qstatin这种小分子相互作用,从而调节其功能[16],而HapR的功能则不受Qstatin的影响。进一步的结构-功能分析表明,这两种蛋白配体结合域中的关键氨基酸变化导致了这种行为差异[13]、[16]。鉴于这些事实,我们提出了一个问题:SmcR在功能上与HapR的保守程度如何?换句话说,SmcR能否在Vibrio cholerae中完全补充HapR的功能?与SmcR类似,LuxR/HapR家族中某些成员的序列比对和结构分析也显示出与HapR的相似性[13]、[14]、[15]、[16]、[17]、[18]、[19]、[20],这促使我们进一步探讨该家族其他成员与HapR的功能保守性。
为了获得更广泛和深入的见解,我们利用Vibrio cholerae hapR突变体作为替代宿主,研究了LuxR/HapR家族成员的功能保守程度。为此,我们将属于不同Vibrio物种的十一个HapR/LuxR家族调控因子进行了功能互补分析。这些重组的V. cholerae hapR突变体菌株接受了多种生化和表型检测,以评估其功能保守程度。在十一个调控因子中,Photobacterium marinumP. profundumVibrio cholerae中的HapR功能方面表现出极端的差异。根据我们的功能分析数据,我们进一步深入研究了P. marinumP. profundumVibrio choleraeV. mimicus

节选

Vibrionaceae家族和HapR/LuxR蛋白的系统发育显示出相似的亲缘关系

Vibrionaceae家族中,Vibrio cholerae几十年来一直是研究重点,以揭示其生存、致病性以及与环境及自然宿主相互作用的相关生物学特性[21]、[22]、[23]、[24]、[25]。由于其生物学特性已被充分理解,我们选择V. cholerae作为本研究的模型生物。根据不同物种的进化数据,Vibrio物种被分为14个系统发育分支[2]。基于这一分析

讨论

任何蛋白质的进化是一个持续的过程,在此过程中蛋白质会获得或失去某些功能,从而使生物能够在特定生态系统中有效且高效地运作。已经明确的是,蛋白质核心的结构差异与其序列差异密切相关。蛋白质的序列和结构差异率受到其结构和功能的复杂约束的影响。

Vibrio物种的系统发育树构建

系统发育分析基于92个普遍保守的核心基因,使用UCBG2工具链进行[64]。本研究中使用的所有菌株的全基因组序列(.fna文件)均来自GenBank,并通过UCBG2工具链进行处理。该工具链首先使用Prodigal预测蛋白质编码基因,然后使用HMMER识别并提取92个单拷贝的核心细菌基因序列。提取的基因序列随后通过MAFFT进行比对

术语表

  • HapR/LuxR蛋白:这些转录调控因子属于TetR家族的抑制因子,在Vibrionaceae家族中具有保守性。
  • 替代宿主:在本研究中,用Vibrio cholerae
    作为模型生物。
  • DNA结合域:这是一个自我解释的术语,指的是转录调控因子与目标DNA序列相互作用的区域。
  • 柔韧性和表面电荷:这两个物理因素决定了蛋白质与DNA的相互作用
  • CRediT作者贡献声明

    希曼舒·森(Himanshu Sen):撰写——审稿与编辑、初稿撰写、验证、方法学研究、数据分析、概念化。古拉布·巴苏·乔杜里(Gourab Basu Chaudhury):撰写——审稿与编辑、初稿撰写、验证、方法学研究、数据分析。乔亚斯里·达斯(Joyasree Das):软件开发、方法学研究、数据分析。施拉达·苏林(Shradha Surin):资源获取、方法学研究。曼朱拉·埃卡(Manjula Ekka):资源获取、方法学研究。安吉拉·萨哈(Angira Saha):研究工作、数据分析。

    利益冲突声明

    作者声明不存在利益冲突。

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