肠道微生物组与粪便代谢组整合分析揭示早期矽肺的潜在无创生物标志物

时间:2026年2月12日
来源:Microbiology Spectrum

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本研究通过16S rRNA测序和非靶向代谢组学技术,系统揭示了矽肺患者肠道菌群随疾病分期的动态演变规律,首次发现Ⅰ期矽肺患者肠道中变形菌门(Proteobacteria)菌属(如Pantoea、Kluyvera)显著富集,且菌群-代谢物联合标志物(如乳酸杆菌与N-琥珀酰-2-氨基-6-酮庚二酸组合)在早期诊断中曲线下面积(AUC)达0.84,为开发无创诊断策略提供了新视角。

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摘要

矽肺是一种因吸入二氧化硅颗粒导致的不可逆性、进行性肺纤维化疾病,仍是全球重大公共卫生问题。尽管肠道微生物组在慢性肺病中的作用逐渐被揭示,但其在矽肺中的具体机制尚不明确。本研究通过对78例矽肺患者(包括Ⅰ期27例、Ⅱ期24例、Ⅲ期27例)和30例健康对照(HCs)的粪便样本进行16S核糖体RNA(rRNA)基因测序,并对微生物紊乱关键期——Ⅰ期患者开展非靶向粪便代谢组学分析,发现矽肺患者肠道菌群β多样性显著改变。在门水平上,变形菌门(Proteobacteria)随疾病进展逐渐增加,而拟杆菌门(Bacteroidota)减少。值得注意的是,Pantoea、Kluyvera和未分类巴斯德菌科(unclassified Pasteurellaceae)在Ⅰ期患者中显著富集,且这种改变持续至后期阶段,提示Ⅰ期是微生物失调的关键转折点。代谢组学分析显示,Ⅰ期患者酪氨酸、组氨酸、嘌呤代谢及精氨酸生物合成通路显著富集。相关性分析发现特定微生物类群与代谢物密切关联,如乳酸杆菌(Lactobacillus)与N-琥珀酰-2-氨基-6-酮庚二酸(N-Succinyl-AKP)的组合在区分Ⅰ期患者与健康对照时曲线下面积(AUC)达0.84。

材料与方法

研究对象招募
本研究经广东省职业病防治院医学伦理委员会批准(批号:GDHOD MEC 2022032)。所有参与者为18-65岁汉族男性,无特殊饮食习惯,且排除重大系统性疾病。矽肺诊断依据《中国尘肺病诊断标准》(GBZ 70-2015)。健康对照来自同一医院的健康体检中心,在年龄、体重指数(BMI)、吸烟饮酒习惯方面与患者组匹配。
肺功能评估
采用肺功能检测仪(MIR Spirolab II)测定用力肺活量(FVC)、第一秒用力呼气容积(FEV1)、肺一氧化碳弥散量(DLCO)等参数,以实测值占预计值百分比(%预测值)进行评估。
粪便样本处理与测序
采集108例空腹粪便样本后,通过16S rRNA V3-V4区扩增和NovaSeq 6000平台测序,使用DADA2算法生成扩增子序列变异(ASV)表,并通过SILVA数据库进行物种注释。
代谢组学分析
采用液相色谱-四极杆飞行时间质谱(LC-Q-TOF MS)技术检测粪便代谢物,通过正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)筛选差异代谢物,并利用KEGG数据库进行通路富集分析。

结果

研究人群特征
四组人群在年龄、BMI等基线数据上无显著差异,但Ⅲ期患者FVC(%预测值)、FEV1(%预测值)及DLCO(%预测值)均显著低于Ⅰ期,凸显疾病进展性。
肠道微生物组成改变
α多样性指数(Chao1、Shannon、Simpson)在组间无差异,但基于未加权UniFrac距离的主坐标分析(PCoA)显示β多样性显著分离(PERMANOVA检验,P<0.001)。韦恩图提示各期患者存在大量独特ASV(Ⅰ期2,452个,Ⅱ期2,271个,Ⅲ期2,411个)。在门水平上,Ⅲ期患者变形菌门丰度升高,拟杆菌门降低;属水平上,有益菌如乳酸杆菌(Lactobacillus)、巨单胞菌(Megamonas)在患者中减少。
早期矽肺的菌群-代谢物网络
线性判别分析(LEfSe)识别出41个差异类群(LDA>2),其中Pantoea、Kluyvera等变形菌门菌属在Ⅰ期患者中富集。共现网络分析显示,患者菌群互作网络更复杂,且Clostridium、Intestinibacillus等菌属与肺功能参数正相关。代谢组学发现58种差异代谢物,涉及酪氨酸、组氨酸等代谢通路。相关性热图揭示微生物与代谢物间169对显著关联,如Rhodococcus与鞘氨醇(sphingosine)负相关,乳酸杆菌与2′-脱氧肌苷-5′-三磷酸(dITP)正相关。
诊断潜力验证
微生物-代谢物组合标志物(如乳酸杆菌+N-Succinyl-AKP)在ROC分析中展现优异诊断效能(AUC: 0.8445),为早期无创诊断提供新思路。

讨论

本研究首次系统描绘了矽肺不同分期的肠道菌群动态变化,并整合代谢组学揭示Ⅰ期患者的特异性改变。变形菌门扩增与有益菌减少可能通过脂多糖(LPS)等毒素加剧全身炎症,而代谢通路紊乱(如延胡索酸减少)可能与氧化应激和纤维化相关。菌群-代谢物联合标志物的高诊断效能提示其作为无创生物标志物的潜力。研究局限性包括样本均来自男性、相关性分析未能验证因果机制等,未来需扩大队列并开展功能实验验证。

结论

矽肺进展伴随肠道菌群阶段性失调,Ⅰ期是关键转折点。微生物-代谢物互作网络为早期诊断提供新型生物标志物来源,但需在多中心队列中进一步验证其特异性与临床应用价值。

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