关于番红花（Crocus sativus）、细叶奥氏薄荷（Ocimum tenuiflorum）及其衍生物的有效植物化学成分的计算机模拟研究，这些成分旨在对抗尼帕病毒（NIPAH virus）

从石蒜和薄叶罗勒中分离出49种新型植物化学成分，通过分子对接筛选出对尼帕病毒糖蛋白（PDB:2VWD/3D11/2VSM）结合能力最强的化合物colchicine和cadinene，并对其衍生物C4、C6、C8进行DFT优化和分子动力学模拟，证实其结合能优于现有抗病毒药物ribavirin，同时评估了结构稳定性（RMSD）、溶剂可及性（SASA）等参数。

摘要

在这项研究中，我们分析了来自两种常见草本植物Crocus sativus和Ocimum tenuiflorum的49种新型植物化学化合物，并确定了哪些化合物在针对尼帕病毒（Nipah virus）的糖蛋白方面最具效力。用于对接研究的三种蛋白质的PDB ID分别为：2VWD、3D11和2VSM。根据所有化合物的对接得分对它们进行分类后，我们使用密度泛函理论（DFT）对排名前两位的化合物cadinene和colchicine进行了修改和优化，并进行了对接分析。得分最高的这些化合物及其衍生物随后接受了全面的分子动力学（MD）分析。通过这些筛选，我们发现具有最高结合亲和力的化合物是colchicine、cadinene及其衍生物C₄、C₆和C₈，它们的效果优于常用的参考药物利巴韦林（ribavirin）。排名前八的蛋白质-配体复合物接受了结构稳定性（RMSD）、分子间氢键相互作用、溶剂可及性（SASA）以及紧凑性（Rg）因素的全面评估。MM/GBSA计算结果显示，化合物4与2VSM的结合能最高，而化合物6与2VWD的结合亲和力最高。

图形摘要

在这项研究中，我们分析了来自两种常见草本植物Crocus sativus和Ocimum tenuiflorum的49种新型植物化学化合物，并确定了哪些化合物在针对尼帕病毒（Nipah virus）的糖蛋白方面最具效力。用于对接研究的三种蛋白质的PDB ID分别为：2VWD、3D11和2VSM。根据所有化合物的对接得分对它们进行分类后，我们使用密度泛函理论（DFT）对排名前两位的化合物cadinene和colchicine进行了修改和优化，并进行了对接分析。得分最高的这些化合物及其衍生物随后接受了全面的分子动力学（MD）分析。通过这些筛选，我们发现具有最高结合亲和力的化合物是colchicine、cadinene及其衍生物C₄、C₆和C₈，它们的效果优于常用的参考药物利巴韦林（ribavirin）。排名前八的蛋白质-配体复合物接受了结构稳定性（RMSD）、分子间氢键相互作用、溶剂可及性（SASA）以及紧凑性（Rg）因素的全面评估。MM/GBSA计算结果显示，化合物4与2VSM的结合能最高，而化合物6与2VWD的结合亲和力最高。

图形摘要