尿素/硫脲衍生物杂环化合物对尿酶的抑制作用:IC50值测定及构效关系研究

时间:2026年3月25日
来源:Biochimie

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本研究评估硫脲衍生的五元杂环化合物(2,4-噻唑二酮、萝丹宁、脲基丙酸、2-硫代脲基丙酸和胍)的体外尿素酶抑制活性,采用Weatherburn法测定IC50。结果显示2-硫代脲基丙酸(2.47 μM)和脲基丙酸(2.62 μM)活性优于硫脲(3.67 μM),表明C=S键增强抑制,结构差异影响酶结合,为新型抑制剂设计提供依据。

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阿里·巴格(Ali Bağ)|奥尔汉·乌卢贾伊(Orhan Uluçay)
高加索大学科学研究所,土耳其卡尔斯(Kars),邮编36100

摘要

尿素酶能够催化尿素的水解,在农业和临床领域都起着关键作用:一方面会导致基于尿素的肥料中的氮流失;另一方面则有助于像幽门螺杆菌Helicobacter pylori)这样的尿素酶阳性病原体的存活和毒力增强。因此,尿素酶抑制剂被认为是环境和治疗应用中的重要靶点。在本研究中,我们探讨了五种源自硫脲(thiourea)的五元杂环化合物的体外尿素酶抑制潜力,并以硫脲作为标准抑制剂进行了对比评估。通过Weatherburn靛酚法(Weatherburn indophenol method),根据浓度依赖性的抑制曲线计算了IC50值。结果显示,所有化合物在低微摩尔浓度下均表现出显著的抑制作用。具体而言,2-硫代海丹酸(2-thiohydantoin,IC50 = 2.47 μM)和海丹酸(hydantoin,IC50 = 2.62 μM)是最强的抑制剂,而罗达宁(rhodanine,IC50 = 3.46 μM)和肌酐(creatinine,IC50 = 3.63 μM)的抑制效果较为中等。2,4-噻唑烷二酮(2,4-thiazolidinedione,IC50 = 3.77 μM)的抑制效果相对较弱。与标准抑制剂硫脲(IC50 = 3.67 μM)相比,大多数测试化合物的活性相似或更高。研究结果表明,将C=O基团替换为C=S基团可以增强抑制活性。此外,结构差异在酶与配体的相互作用中也起着决定性作用。本研究表明,源自硫脲的杂环骨架作为有效的尿素酶抑制剂具有巨大潜力。

引言

尿素酶是一种依赖镍的金属酶,可催化尿素水解为氨和二氧化碳,在多种生物体的氮代谢过程中起着关键作用。尽管具有这些代谢功能,但由于其与幽门螺杆菌相关疾病以及尿素肥料引起的氮损失之间的关联,尿素酶在临床上也显得尤为重要[1]。由于尿素酶在农业氮损失和幽门螺杆菌相关疾病中的作用,其抑制作用在环境和治疗应用中受到了越来越多的关注[2]。尿素酶的催化作用依赖于两个带双电荷的镍离子(Ni2+),这些镍离子位于活性位点并与配体结合[3]、[4]。这两个镍离子通过激活一个桥接的氢氧根离子来发挥催化作用,该氢氧根离子对尿素中的羰基碳进行亲核攻击,从而将其水解为氨和氨基甲酸。这种协同机制增强了底物的结合,并稳定了催化反应过程中的过渡态[4]。正因如此,尿素酶极易被能够结合到金属中心的小分子所抑制。尿素肥料在农业中广泛使用,但在土壤中会被尿素酶迅速水解,导致氨的释放、氮利用效率降低以及氮损失和温室气体排放等环境问题[5]、[6]。在临床上,尿素酶是幽门螺杆菌奇异变形杆菌Proteus mirabilis)等病原体的重要毒力因子,会加重感染程度[7]、[8]。因此,抑制尿素酶对于保持农业生产力及对抗病原体至关重要[9]、[10]、[11]。尿素酶抑制剂已被广泛应用于工业和生物医学领域[12]、[13]、[14]。经常研究的抑制剂类别包括羟胺酸(hydroxamic acids)、磷酰胺(phosphoramidates)、咪唑衍生物(imidazole derivatives),尤其是基于硫脲的化合物[15]。然而,许多抑制剂存在高毒性或与生物系统兼容性低等缺点[16]、[17]。这激发了人们对杂环骨架作为尿素酶抑制剂的兴趣。含有杂原子的环状结构能够与酶活性位点上的金属离子形成配位键[18]、[19]。特别是五元小环作为抑制剂效果优异,因为它们具有丰富的功能多样性[20]、[21]、[22]。最新研究强调了尿素酶抑制剂领域的不断拓展,以及结构导向设计策略在抑制剂开发中的重要性[1]、[23]。此外,含有嘧啶骨架的杂环腙(hydrazone)和硫代半卡巴肼(thiosemicarbazide)衍生物通过分子对接分析显示出良好的生物活性[24]。
文献表明,2-硫代海丹酸(2-thiohydantoin)、海丹酸(hydantoin)和罗达宁(rhodanine)衍生物对尿素酶具有很强的抑制作用[25]、[26]、[27]、[28]。类似的近期研究还报道了基于分子对接分析的杂环衍生物的合成和生物活性评估,突显了它们作为生物活性骨架的潜力[29]。这些结构的共同特点是它们都能通过羰基或硫羰基与镍离子结合。此外,这些基团上的电子分布是决定抑制剂与酶相互作用强度的关键因素之一。因此,评估杂环骨架作为尿素酶抑制剂的作用是一个重要的研究领域,有助于阐明结构与活性之间的关系[30]。
在抑制剂筛选中,通常优先选择杰克豆尿素酶(Canavalia ensiformis),因为它可以商业化纯化且具有明确的结构特征[31]、[32]。本研究选择了五种基于硫脲的五元杂环化合物(2,4-噻唑烷二酮、罗达宁、海丹酸、2-硫代海丹酸和肌酐)。这些化合物各自具有不同的官能团,因此与尿素酶活性位点的结合能力也不同。例如,2-硫代海丹酸结构中的C=S基团可能与镍离子形成强配位,而天然代谢物如肌酐的配位能力较弱[33]。本研究的另一个关键点是使用硫脲作为标准抑制剂[34],因为在尿素酶研究中硫脲长期以来一直被公认为参考化合物。因此,通过将测试化合物与硫脲直接比较来确定其活性,从而提高了结果的可靠性。然而,尽管对尿素酶抑制剂进行了大量研究,但对结构相似的杂环骨架的系统性比较仍然有限。本研究的主要目的是评估所选硫脲衍生物的体外尿素酶抑制潜力。通过比较结构相关的骨架,本研究旨在提供关于含硫尿素酶抑制剂的结构-活性见解,并为下一代尿素酶抑制剂的设计提供理论依据。

化学物质与酶

本研究中使用的五元杂环化合物(2,4-噻唑烷二酮、罗达宁、海丹酸、2-硫代海丹酸和肌酐)均为分析纯度[图1]。硫脲被选为参考抑制剂,杰克豆尿素酶(≥5 U/mg蛋白质)由Sigma-Aldrich(美国密苏里州圣路易斯)提供。所有溶液均使用蒸馏水新鲜配制。尿素酶溶液在磷酸盐缓冲液(pH 8.2)中新鲜制备。

IC50值及总体比较

在尿素酶抑制实验中,所有杂环化合物均表现出显著的抑制作用(表1)。所得的IC50值表明这些化合物在低微摩尔浓度下即可发挥作用。特别是2-硫代海丹酸(IC50 = 2.47 μM)和海丹酸(IC50 = 2.62 μM)是最强的抑制剂。由于它们的IC50值低于标准抑制剂硫脲(IC50 = 3.67 μM),表明它们可能具有更强的抑制效果。

结论

本研究评估了五种杂环化合物(2,4-噻唑烷二酮、罗达宁、海丹酸、2-硫代海丹酸和肌酐)的抑制活性。所有化合物在极低浓度下均能抑制尿素酶。其中2-硫代海丹酸和海丹酸的抑制效果最显著。这突显了两个方面:环状结构的重要性以及含硫官能团在抑制剂设计中的作用。较小的结构变化也会影响抑制效果。

CRediT作者贡献声明

阿里·巴格(Ali Bağ):撰写初稿、数据可视化、验证、资源准备、方法学研究、资金获取、数据分析、数据整理、概念构思。奥尔汉·乌卢贾伊(Orhan Uluçay):撰写初稿、数据可视化、项目监督、软件使用、资源管理、方法学研究、数据分析、数据整理、概念构思

伦理批准与参与同意

本研究未涉及任何涉及人类参与者或动物的实验。

出版同意

作者同意在论文发表后转让版权,并确认手稿为原创作品,未在其他地方发表,也未侵犯任何第三方的权利。

利益冲突声明

作者声明没有可能影响本论文研究的利益冲突。

写作过程中使用的人工智能及辅助技术声明

在撰写本手稿时,作者使用了Grammarly、ChatGPT、DeepL、Google Translate和QuillBot等工具来提高语言质量和可读性。作者仔细审查并编辑了最终版本,对出版内容负全责。

资助

本研究得到了高加索大学科学研究项目协调部门BAP)的支持,项目编号为:2024-FM-48

利益冲突声明

作者声明没有可能影响本研究结果的已知财务利益或个人关系。

致谢

本手稿基于阿里·巴格的硕士论文《体外尿素酶抑制特性的研究——基于尿素/硫脲的五元杂环化合物》。本研究的部分内容已在第三届BILSEL国际MIDAS科学研究大会(2026年1月24-25日,土耳其埃斯基谢希尔)上以口头报告的形式展示。我们衷心感谢Feyzi Sinan Tokalı博士和Halil Şenol博士在分子对接分析方面提供的宝贵帮助。

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