利用环金属化铱(III)探针在活细胞中对端粒G-四链体/t-环状态进行免洗超分辨率检测

时间:2026年3月30日
来源:Biosensors and Bioelectronics

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荧光探针cIr-Q可高效检测活细胞中telomeric G-四联体及t环结构,结合超分辨显微技术揭示TERRA介导的RNA-DNA杂交促进G-四联体形成并调控t环组装的机制,在衰老模型中观察到GQ/t环信号下降。

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Xiaojuan Xu|Liping Su|Lin Bai|Ruicen Li|Kaifeng Wu|Xiaohe Tian|Liulin Xiong
遵义医科大学第三附属医院(遵义市第一人民医院)麻醉科,中国遵义563000

摘要

我们开发了一种荧光环金属化铱(III)探针(cIr-Q),该探针能够选择性地产生端粒G-四链体(GQs)的荧光信号,具有较大的斯托克斯位移(约168纳米)、高光稳定性、快速的被动核转运能力(≤2分钟)以及无需洗涤即可使用的特点。结合超分辨率显微镜技术,cIr-Q能够实现对活细胞中高阶端粒结构的原位定量分析。核磁共振(NMR)和生化实验进一步揭示了TERRA介导的途径:RNA与DNA的杂交使得富含鸟嘌呤的链折叠形成GQs,从而促进t环结构的形成。在衰老模型中,cIr-Q显示GQs/t环信号随细胞老化而减少。这些结果表明cIr-Q是一个实用的生物传感平台,可用于活细胞中端粒结构生物标志物的检测,实现了材料设计与染色体生物学研究的结合,而无需进行固定或渗透处理。

引言

端粒是由重复的DNA和蛋白质组成的复合体,它们位于染色体末端,防止染色体被识别为DNA断裂,从而避免不适当的DNA损伤反应和染色体重排(Blackburn 2000; Blackburn et al. 2015; de Lange 2009; Kim et al. 1994; Smogorzewska and de Lange 2004; Vega et al. 2003)。在某些条件下,端粒会采用更高阶的t环结构,其中3′端的单链突出部分侵入双链端粒区域,形成类似领结的环状结构(Doksani et al. 2013a; Griffith et al. 1999)。这种结构被认为可以保护染色体末端免受末端连接和核酸酶的攻击(Celli et al. 2006; Ruis and Boulton 2021)。然而,克服高度稳定的端粒双链结构解旋能量障碍的具体分子机制尚未完全明了。
端粒重复序列相关RNA(TERRA)是一种从亚端粒区域转录的长链非编码RNA(Azzalin and Lingner 2008; Schoeftner and Blasco 2008)。TERRA可以与端粒DNA杂交形成RNA-DNA杂交体(R环),并参与端粒的维持和基因组稳定性(Barral and Déjardin 2020; Chu et al. 2017a; Graf et al. 2017)。体外研究表明,TERRA和端粒DNA可以形成RNA-DNA杂交体G-四链体(GQs),这种非典型的富含鸟嘌呤的结构通过Hoogsteen氢键得到稳定(Hänsel-Hertsch et al. 2017; Phan 2010; Xu et al. 2014)。这些观察结果表明,TERRA介导的杂交和GQ的形成可能有助于t环的组装,但其主导机制及其在细胞中的实际作用仍不清楚。
超分辨率荧光显微镜技术使得能够观察到超出衍射极限的端粒结构,通过结合肽核酸荧光原位杂交(PNA-FISH)或GQ特异性试剂与结构化照明显微镜(SIM)、受激发射衰减(STED)和单分子定位方法(STORM/PALM)等技术,可以在固定细胞中可视化t环和GQs(Doksani et al. 2013b; Sarek et al. 2019; Timashev and De Lange 2020; Yusoh et al. 2025; Zhang et al. 2019b)。然而,大多数研究依赖于固定样本和基于抗体或PNA的探针,这些探针需要渗透处理,限制了其在活细胞中动态监测高阶端粒结构的能力(Cordero et al. 2024; Sekine et al. 2025)。因此,需要开发能够快速进入细胞、高对比度检测端粒GQs的小分子探针,并可用于无需洗涤的活细胞超分辨率成像。
在本研究中,我们设计了一种环金属化铱(III)复合物cIr-Q作为端粒G-四链体/t环状态的荧光探针(图1)。cIr-Q具有较大的斯托克斯位移、高光稳定性以及快速的被动核转运能力,并在结合端粒GQ DNA时表现出强烈的荧光增强。通过核磁共振(NMR)和互补的生化实验,我们揭示了TERRA介导的途径:RNA与富含鸟嘌呤的链杂交后,该链会折叠形成GQs。随后我们将cIr-Q与超分辨率显微镜技术结合,用于观察细胞中的端粒结构,并在D-半乳糖诱导的衰老模型中应用该方法。我们的结果支持TERRA/R环对端粒GQ/t环结构调控的作用,确立了cIr-Q作为无需洗涤的活细胞端粒结构动态检测平台的有效性。
通过整合NMR光谱数据、使用GQ选择性化学探针以及进行超分辨率成像,我们的研究揭示了TERRA通过RNA-DNA杂交和随后的GQ形成促进t环形成的新机制。我们还发现了这些依赖于TERRA的端粒结构在细胞衰老过程中的显著重塑。我们的工作不仅阐明了一种由lncRNA驱动的新端粒调控机制,还引入了一种高效的GQ检测荧光探针。这种综合方法为未来研究端粒结构在衰老和端粒相关疾病中的动态变化提供了有价值的工具。

假设框架:TERRA介导的t环形成机制

我们首先考虑了两种TERRA可能促进t环形成的机制(图1)。在假设1中,TERRA与端粒DNA中的富含鸟嘌呤的TelC链杂交,破坏双链结构,使富含鸟嘌呤的TelG链暴露出来,进而可能折叠成GQ结构。在假设2中,TERRA与富含鸟嘌呤的TelG链杂交形成RNA-DNA分子间GQ,而TelC链仍然与3′端的单链突出部分保持双链配对。在这两种情况下,TERRA都

结论

理解染色体末端t环的形成机制仍是端粒生物学中的核心问题。尽管3′端粒突出部分侵入双链DNA是t环形成的结构基础已被广泛接受,但克服双链解旋能量障碍的分子机制尚未完全阐明(Azzalin and Lingner 2008; de Silanes et al. 2014; Le et al. 2013)。先前的研究指出DNA解旋酶和shelterin成分(如TRF2)参与了这一过程(Deng

CRediT作者贡献声明

Xiaohe Tian:撰写、审稿与编辑、资源获取、概念构思。Xiaojuan Xu:撰写、审稿与编辑、初稿撰写、项目管理、方法学设计、资金获取。Liping Su:撰写、审稿与编辑、初稿撰写、软件使用、方法学设计、实验研究。Lin Bai:方法学设计、实验研究。Liulin Xiong:监督工作、资源协调、撰写与审稿。Ruicen Li:方法学设计、实验研究。Kaifeng Wu:监督工作、项目管理

利益冲突声明

作者声明没有利益冲突。

数据可用性

数据可应要求提供。

利益冲突声明

作者声明没有已知的财务利益或个人关系可能影响本文的研究结果。

致谢

本研究得到了国家自然科学基金(项目编号:32300400)、安徽省自然科学基金(编号2024AH051596)以及安徽省优秀青年教师重点发展计划(编号YQZD2024035)的资助。

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