引言：嗜麦芽窄食单胞菌（S. maltophilia）已成为一种重要的机会性病原体。由于其内在耐药性，它对大多数可用抗生素耐药，仅留下少数抗菌剂作为可能的治疗选择，而获得性抗菌药物耐药机制使情况进一步复杂化。本研究旨在对临床嗜麦芽窄食单胞菌复合体（Smc）分离株进行全面的基因组特征分析，重点关注其耐药性和毒力的分子特征，因为阿曼在这方面的研究很少。方法：本研究是一项前瞻性横断面研究，共从不同临床样本中收集了21株Smc临床分离株，并使用全基因组测序进一步表征。结果：除S. maltophilia外，这些分离株还包括在阿曼首次报道的S. hibiscicola、S. pavanii和S. muris。所有分离株均对头孢地尔（cefiderocol）、左氧氟沙星（levofloxacin）和米诺环素（minocycline）敏感。分离株的序列类型（ST）多样，超过一半的分离株显示出具有新等位基因的新ST。此外，在分离株中检测到blaOXA-2、sul1以及最近描述的aac(6′)-Iap和aph(9)-Ic。此外，毒力相关基因（smf-1、pilT、pilQ、gpmA、rmlA、spgM、stmPr1、plcN、clpP和katE）在所有分离株中高度保守。大多数分离株（76.20%）中检测到可移动遗传元件。结论：收集的分离株显示出高ST多样性，并且在抗生素敏感性和耐药基因方面没有特定模式。需要更多研究来建立Smc不同成员与不同分子耐药组和毒力组之间的关系。
嗜麦芽窄食单胞菌复合体（Smc）是一种日益重要的机会性病原体，其内在耐药性使临床治疗面临挑战，仅头孢地尔（FDC）、左氧氟沙星（LEV）、米诺环素（MH）等少数药物有效，而获得性耐药机制进一步限制了治疗选择。尽管Smc在全球范围内引起关注，但阿曼地区对其基因组流行病学、耐药组和毒力组的了解极为有限。为填补这一空白，研究人员开展了阿曼首项针对临床Smc分离株的前瞻性横断面基因组研究，旨在通过全基因组测序（WGS）全面解析其物种多样性、抗菌药物耐药性、毒力因子、可移动遗传元件（MGE）及系统发育关系，为临床微生物学、感染控制和耐药监测提供本地化证据。该研究成果发表于《Antibiotics》。
主要关键技术方法：本研究从阿曼苏丹卡布斯大学医院（SQUH）2025年3月至8月收集21株临床Smc分离株（去重后20株），样本包括呼吸道、血液、伤口拭子和尿液。采用MALDI-TOF MS初步鉴定，随后进行Illumina NextSeq平台全基因组测序，SPAdes（版本3.7）组装，Prokka（版本1.11）注释。利用pubMLST数据库确定序列类型（ST），MGEfinder检测MGE，ResFinder 4.7.2和CARD 4.0.1鉴定耐药基因，BLASTP 2.16.0+验证毒力相关基因（以S. maltophilia K279a为参考），KmerFinder 3.2和平均核苷酸同源性（ANI）进行精确种水平鉴定。
研究结果：
**样本特征与流行病学**：通过临床去重后20株分离株中，呼吸道感染样本占75%（15/20），主要来自痰液和气管抽吸物；伤口拭子和尿液各占10%，血液培养仅1株。住院病房分布多样。
**抗菌药物敏感性**：所有分离株对FDC、LEV、MH均敏感（100%）；氯霉素（CL）敏感率为80%，复方新诺明（SXT）为70%，替卡西林/克拉维酸（TLC）最低仅40%。E-试验结果显示CL和TLC的最低抑菌浓度（MIC）值分布广泛。
**物种鉴定多样性**：WGS后经NCBI ANI检查，除S. maltophilia（52.38%）外，鉴定出S. hibiscicola（14.29%）、S. pavanii（4.76%）、S. geniculata（4.76%）及S. muris（4.76%），另有19.05%未匹配已知模式菌株。这是阿曼首次从临床样本中报告S. hibiscicola、S. pavanii、S. geniculata及S. muris。
**序列类型多样性**：pubMLST分析显示最常见的ST为ST78（14.29%），高达47.62%的分离株携带完全新等位基因并形成新ST，另有9.52%为已知等位基因新组合。共提交12种新ST至pubMLST，已知ST包括ST4、ST28、ST31、ST78、ST138和ST293。
**耐药基因分布**：β-内酰胺酶基因blaL1（金属-β-内酰胺酶）在95.24%分离株中检出；blaOXA-2（D类β-内酰胺酶）仅见于1株（OM-AH-Sm20），该株同时携带多个插入序列。氨基糖苷修饰酶基因广泛存在：aph(3′)-IIc（100%）、aph(9)-Ic（95.24%）、aac(6′)-Iz（19.05%），以及aac(6′)-Iak、aac(6′)-Iap、aac(6′)-Ib3各1株。sul1基因（磺胺耐药）仅检出1株，但表型SXT耐药株有6株，提示其他耐药机制存在。外排泵基因smeR、smeS、smeD（属于RND家族）在80.95%分离株中检出。
**毒力基因保守性**：所有21株分离株均100%携带黏附相关基因（smf-1、pilT、pilQ、gpmA）、生物膜形成基因（rmlA、spgM）、酶基因（stmPr1、plcN）及应激反应基因（clpP、katE）。BLASTP比对显示这些蛋白序列与S. maltophilia K279a参考基因组高度同源。
**移动遗传元件（MGE）**：76.20%分离株检出MGE，其中插入序列（IS）占92.5%，复合转座子和单元转座子较少。IS110家族最为常见，ISStma6是检出频率最高的单一元件。
讨论总结：本研究发现各分离株对FDC、LEV、MH完全敏感，支持美国感染病学会（IDSA）更新指南将FDC和MH列为首选治疗。Smc种内高度系统发育异质性凸显了ANI或数字DNA-DNA杂交（dDDH）精确鉴定的必要性。首次在阿曼发现的S. muris来自老年女性痰液样本，该株对所有测试抗生素敏感，为全球仅有的少数临床分离报道之一。耐药基因分布显示blaL1普遍存在，blaOXA-2罕见但可能通过IS获得。SXT耐药表型与sul1基因不完全一致，提示其他机制如外排泵或叶酸途径突变参与。毒力基因在所有分离株中高度保守，表明这些因子是Smc的核心特征。MGE多以IS为主，尤其是IS110家族，反映其在基因组可塑性和适应性进化中的关键作用。局限性包括单中心、样本量小、临床结局数据缺乏及专用毒力数据库不足。
研究结论：本研究表明，阿曼临床Smc分离株表现出高ST多样性，并首次报道了S. muris、S. geniculata、S. pavanii和S. hibiscicola。所有分离株对FDC、MH、LEV敏感；毒力相关基因（smf-1、pilT、pilQ、gpmA、rmlA、spgM、stmPr1、plcN、clpP、katE）高度保守；耐药基因（blaOXA-2、blaL1、sul1）分布模式各异。需更多研究建立Smc不同成员与分子耐药组和毒力组之间的关系。
