确定一种处于临床阶段的化合物作为核孔复合体选择性降解剂的抗肿瘤作用机制 开放获取

时间:2025年12月9日
来源:Cancer Discovery

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临床药物PRLX通过结合TRIM21酶并重定向其功能,诱导核孔复合体蛋白泛素化降解,从而特异性抑制胰腺癌细胞的增殖并诱导凋亡。通过基因组筛选和蛋白质组学分析,发现优化后的JWZ-8-103在体内外的抗肿瘤效果显著,并揭示了NUP98作为TRIM21的受体。该研究为靶向核孔复合体的癌症治疗提供了新思路。

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该研究首次揭示了临床候选药物PRLX-93936通过分子胶机制靶向核孔复合体(NPC)的机制,并开发出更高效的衍生物JWZ-8-103。研究显示,PRLX与TRIM21相互作用后,通过泛素化途径降解NPC蛋白,导致核质间mRNA转运受阻,从而诱导癌细胞凋亡。以下为关键发现与机制的详细解读:

### 核心发现
1. **TRIM21依赖性毒性**
- 癌细胞中TRIM21高表达与PRLX敏感性显著相关(Pearson相关系数-0.58,P<0.001)。
- TRIM21 KO细胞对PRLX完全耐药(IC50从100 nmol/L升至>10 μmol/L),而PRLX通过诱导TRIM21泛素化NPC蛋白发挥细胞毒性。

2. **结构-活性关系与优化**
- 化学修饰显示PRLX的7位氟取代和8位甲基/甲氧基结构增强活性,而C7位氯/碘取代物或C8位卤素取代则降低活性。
- 优化后的JWZ-8-103显示10倍更高的 potency(IC50=9.5 nmol/L),且在胰腺癌异种移植瘤模型中表现出显著疗效。

3. **分子胶作用机制**
- **直接结合**:JWZ-8-103与TRIM21 PRYSPRY结构域结合,通过氢键(D355酸-氨基)和疏水相互作用(W381、W383)稳定复合物。
- **间接调控**:PRLX诱导TRIM21募集至NPC的NUP98 autoproteolytic domain(APD),形成三元复合物,触发NPC泛素化降解。

4. **临床转化潜力**
- **体内实验**:JWZ-8-103在裸鼠移植瘤模型中使肿瘤体积缩小87%(15 mg/kg)至85.8%(50 mg/kg)。
- **药代动力学**:JWZ-8-103口服生物利用度达74%,半衰期2.3小时,系统清除率低(CL=18.3 mL/kg/min),适合口服给药。
- **安全性**:在NOD.Cg-PrkdcscidIl2rgtm1Wjl/SzJ小鼠中,50 mg/kg PRLX和JWZ-8-103未显示显著毒性,体重保持稳定。

### 机制创新点
- **NPC靶向降解**:首次明确分子胶通过调控TRIM21-E3连接酶活性,特异性降解NPC核心蛋白(如NUP98、NUP35),而非泛素化全身蛋白。
- **时空特异性毒性**:NPC破坏导致细胞质mRNA(如MCL1、c-MYC)稳态失衡,触发快速凋亡(起效时间<8小时),而正常细胞(RPE1-hTERT)因NPC依赖性较低,表现出耐受性。
- **NUP98作为关键受体**:CRISPR筛选显示NUP98 APD突变(如S864A)完全消除PRLX敏感性,且NUP98 APD与TRIM21 PRYSPRY的共晶结构证实直接相互作用。

### 临床意义与挑战
- **生物标志物**:TRIM21 mRNA表达与PRLX/JWZ-8-103疗效正相关(AUC预测模型),为胰腺癌患者筛选提供工具。
- **联合治疗潜力**:PRLX可协同化疗药物(如erastin)增强细胞凋亡,因NPC破坏加剧化疗药物诱导的mRNA降解。
- **安全性考量**:需进一步验证TRIM21在正常组织(如免疫细胞、肝细胞)的表达水平,以避免非靶向毒性。目前研究显示NPC降解在TRIM21高表达细胞中更显著,可能提供选择性优势。

### 方法学突破
- **多组学整合分析**:结合表观基因组学(PRISM细胞系增殖谱)、CRISPR筛选(鉴定关键调控因子IRF2、CHUK等)和质谱组学(NPC蛋白互作网络),精准定位分子胶作用靶点。
- **结构生物学验证**:通过X射线晶体学(PDB:9EK5)和表面等离子共振(SPR)确证PRLX-JWZ-8-103与TRIM21 PRYSPRY的构象结合模式,发现其结合口袋与已知的E2酶结合位点不同,属于非竞争性分子胶机制。
- **患者来源器官oid(PDO)验证**:利用65个PDO的TRIM21表达谱筛选出4个高响应模型,其中最优模型(PDM-166)对JWZ-8-103的敏感性达IC50=24 nmol/L,与临床前细胞实验一致。

### 未来方向
1. **药物优化**:基于TRIM21-PRYSPRY结合口袋的疏水性口袋(C7-F/C8-OCH3)和氢键网络,开发口服生物利用度更高的第三代分子胶。
2. **联合疗法探索**:PRLX/JWZ-8-103与免疫检查点抑制剂(如PD-1/PD-L1阻断剂)联用可能通过双重NPC降解-免疫激活途径增强疗效。
3. **毒性机制研究**:需阐明NPC降解对正常组织(如内皮细胞、神经元)的潜在风险,特别是NUP98作为NPC结构蛋白的功能补偿机制。

### 总结
本研究通过系统性表观基因组学筛选、结构生物学解析和临床前模型验证,揭示了PRLX家族药物通过TRIM21分子胶机制选择性靶向NPC的全新途径。JWZ-8-103作为优化后的候选药物,在 potency(10倍提升)和生物利用度(口服BBD达74%)方面显著优于原型药物,为胰腺癌治疗提供了新靶点。该机制为“分子胶”类药物的理性设计提供了范式,未来可扩展至其他依赖NPC通路的肿瘤(如乳腺癌、肺癌)。

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