机器人辅助绘制化学反应超空间与网络图谱:高通量光学分析揭示反应条件多维空间的平滑性与复杂性

时间:2025年9月26日
来源:Nature

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为解决传统方法难以系统探索多维反应条件空间(hyperspace)的问题,研究人员开发了低成本机器人平台,利用紫外-可见光谱(UV-Vis)高通量量化产物与副产物产率。研究发现连续变量(浓度、温度)条件下产率分布总体平缓,但揭示了意外反应性区域和主要产物切换现象,重建了隐藏反应网络。该研究为反应优化与发现提供了可扩展框架,显著拓展合成多样性并降低化学投入需求。

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在有机合成领域,化学家们长期面临一个根本性挑战:反应结果如何随多维反应条件(即"超空间")变化?尽管自动化平台已能并行生成数千个反应,但纯化和产率定量仍受限于耗时耗力的分析技术,导致对反应超空间的理解始终碎片化。分布是平滑还是褶皱?是否隐藏新机理反应?主要产物是否会随条件区域改变?这些问题悬而未决之际,来自韩国基础科学研究院算法与机器人合成中心的研究团队在《Nature》发表了突破性研究成果。

研究团队开发了低成本机器人平台,主要采用光学检测手段,以前所未有的通量和极低的单条件成本量化产物与副产物产率。该平台每小时可处理约100个样品,成本仅每样品几美分,相比核磁共振(NMR)或液相色谱-质谱联用(LC-MS)等传统技术(每小时仅能处理几个样品)具有显著优势。系统通过紫外-可见(UV-Vis)光谱结合算法分解复杂光谱,并采用自相关指标量化缺失信息和检测异常结果。

关键技术方法包括:①构建自动化机器人平台处理有机溶剂和苛刻试剂,每日执行约1,000个反应;②通过光谱解混(spectral unmixing)算法解析复杂UV-Vis光谱;③结合色谱分离和传统光谱分析鉴定产物基础集;④利用动力学模型拟合实验数据推导热力学参数;⑤对普鲁士蓝类似物(PBA)催化体系采用共沉淀法合成催化剂。

机器人设置与反应结果分析

实验在自主构建的机器人平台上进行,该系统支持多种有机溶剂和苛刻试剂。对给定反应,机器人在N维网格点检查条件超空间,设置反应并获取各点的UV-Vis吸收光谱。随后将所有超空间点的粗混合物合并,通过色谱分离并利用传统光谱(NMR、MS)分析鉴定,建立纯化产物的浓度-吸光度校准曲线。最后通过向量分解技术(即光谱解混)解析粗产物的复杂UV-Vis光谱。

反应范围

该方法适用于克莱森-施密特缩合、乌尔曼型耦合、铃木-宫浦交叉耦合等多种反应类型,但不适用于脂肪族支架产物或无UV-Vis信号的反应。机器人化方法的产率量化与传统方法产率强相关(R2 = 0.96)。

反应超空间

研究首先考察了E1消除和SN1亲核取代反应的三维产率分布。发现这些分布大致呈凹形,向全局最大值稳步增加。数学上,这些表面的"陡度"可通过产物浓度对底物初始浓度的斜率Dij = ∂C4/∂C0,3量化,其绝对值较小(≤1)。残差分析未检测到异常,所有条件下仅存在底物和产物。

存在异常结果的超空间

以15a为底物 revisited SN1反应时,算法检测到与单线态氧发生狄尔斯-阿尔德反应产生的副产物15d,并首次发现系统异常:在低HBr浓度区域出现粉红色物种,经MS和时域密度泛函理论(TD-DFT)计算支持认定为碳阳离子二聚体15e。

四维超空间

研究 interrogated 四组分Ugi型反应,在四维空间中发现产物16e存在两个 distinct 产率最大值:全局最大值(绿色星标)和局部最大值(蓝色星标)。MS分析显示两个最大值处存在不同信号,但额外机制并未改善模型拟合。

支持可切换反应网络的超空间

对经典汉茨吡啶合成反应(研究近150年)的四维超空间分析,发现比以往所知更多的组分。通过封闭循环再纯化,鉴定出16个组分,包括9个新物种。分析产率分布发现,通过调节底物浓度,网络可在三种不同主要产物(19d, 19e, 19k)之间切换,每种产率均>60%。

五维组成空间

研究考察了普鲁士蓝类似物(PBA)的五维空间,其通用公式为KMB[MA(CN)6]。每个PBA通过共沉淀法制备,用于催化苯乙烯20a与叔丁基过氧化氢(t-BuOOH)反应生成苯乙烯氧化物20c。产率超空间比浓度-温度超空间更褶皱,具有 several 局部产率最大值,并包含 several 具有更好产率-选择性特性的PBA组成。

讨论

研究表明浓度-温度空间结构相对简单,任何单一物种的产率分布最多 feature 两个产率最大值,斜率值|Dij| at或 below unity。对于强连接有向超图(不能拆分为非相互作用反应子集)以及一级和准一级反应,可严格证明|Dij| ≤ 1。这一结果推论是,沿浓度坐标C0,j (j=1,...,k),可以在稀疏间隔下忠实检查超表面,有助于减少条件筛选和优化 campaign 中的实验数量。

反应网络重建方法类似于通过应用"输入"和分析相应"输出"来逆向工程"黑盒"内电路的方法。此处输入是各种底物浓度和温度,输出是通过超空间全局分析找到的产物 identity。随着产物集的识别,网络的"布线"由化学反应性的一般规则规定。

研究还实现了通过简单调节浓度(不使用不同试剂)引导这些反应网络朝向期望结果的实际能力。对于多组分反应混合物,它们可以被干净地推向不同的主要产物 less obvious,但这在汉茨吡啶反应中得以实现。

结论

本研究通过现代反应自动化初步理解了反应超空间的结构,强化了化学反应作为嵌入条件多维空间中的网络观点,并且至少在某些情况下可在不同主要产物之间切换,这令人想起某些生化网络,并在电子学中 promise。这种超空间重建方法可以:①系统化和加速反应发现与优化;②促进对作为动态系统的反应网络的基础研究。未来工作旨在将机器人平台扩展到需要固体分配和/或无氧条件的反应,加速分配和测量操作以分析快速反应,并监测超空间随时间演变,这对于重建高度非线性机制(如振荡反应) necessary。

(注:本文基于Nature论文内容撰写,所有科学术语、数据及结论均忠实于原文,未添加任何虚构内容。)

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