NCBI 多肽组：一个用于质谱分析鉴定多肽的公共数据库

多肽组（peptidome）数据库（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/peptidome）是一个新的公共数据库，其数据资源来自科研人员研究得到的多肽和蛋白质串联质谱鉴定数据，并免费提供给科研人员。该数据库由美国国立卫生研究院（NIH）下属国家生物技术信息中心（NCBI）建立和管理。多肽组数据库的核心结构是基于NCBI  的基因表达数据库（GEO），使用很多相同的数据递交和获取的原始代码。多肽组数据库与GEO  数据库相似，两者的建设目的都是为了促进实验数据的共享，而为同一专业领域和所有的生命科学研究团队提供详细的数据信息。多肽组数据库特别强调数据递交过程的简单化，并支持详细的实验注释。一个多肽组数据的递交过程包括以下几部分：

1.  生物学和方法的元数据。该信息提供实验数据背景知识，有助于理解研究目的、研究材料，研究所用的仪器设备，获得及分析该数据的方法步骤。

2.  原始光谱数据，转化为开放模式。包括未处理的所有原始的一级质谱（MS1）和二级质谱（MS2）数据，无论该数据是否被鉴定。原始数据的提供对证明所报道的研究结果的重复性和准确性非常重要。此外，原始数据的收集有利于质谱的广泛应用，例如准备用户光谱库，指导高通量多肽片段的统计研究，以及开发新的多肽匹配算法。

3.  多肽鉴定输出文件。该文件包括利用任意搜索运算法则比对来自光谱的多肽序列信息。

4.  结论性结果。这部分包括所鉴定蛋白质的最终名目列表和多肽的使用范围，这是由递交者决定的。最终名目列表在利用新的运算法则鉴定和“从头”（denovo）鉴定方面具有很大的灵活性。递交者也可提供不依赖于使用方法的完整结果，例如分界分数、假阳性的逆向搜索或多种搜索引擎的一致结果。多肽组处理程序增加了来自多肽鉴定文件中的补充信息，包括比对得分和翻译后修饰。

基于数据共享收集的目的，多肽组数据库与已建立的质谱（MS）资源数据库达成数据交换协议，包括PRIDE、PeptideAtlas、Tranche  和其他蛋白质组交换（ProteomExchange）成员。



黄  菲  编译自  http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n7/full/nbt0709-600.html