遗传性视网膜疾病（Inherited retinal diseases，IRDs）是一组罕见的孟德尔遗传病，就像隐藏在眼睛里的 “视力小偷”，悄无声息地破坏视网膜组织，导致光感受器（眼睛中负责感知光线的神经元）功能障碍或退化，最终让患者走向失明。全球每 1000 人中就约有 1 人受其困扰，而且它临床症状多样，发病年龄、进展速度、严重程度都因人而异。
目前，IRDs 的诊断面临诸多挑战。虽然它大多遵循孟德尔遗传规律，但遗传和等位基因异质性极高，已发现近 300 个致病基因。即便有新一代测序技术（Next-generation sequencing，NGS）助力，仍有 24 - 47% 的典型病例因技术局限、未知致病基因等因素无法明确病因。尤其是南亚人群，相关研究少之又少，这就像在黑暗中摸索，难以找到精准诊断和治疗的方向。
为了揭开 IRDs 在巴基斯坦人群中的神秘面纱，来自瑞士巴塞尔大学眼科研究所、巴基斯坦哈扎拉大学等多个机构的研究人员，对巴基斯坦的 IRD 患者展开了深入研究。
研究人员收集了来自巴基斯坦三个地区的 213 个不相关家庭的 722 名 IRD 患者的样本。这些患者大多来自偏远地区，由于当地缺乏专业眼科检查设备，很多患者只能通过医疗问卷进行初步诊断。
研究人员运用了全外显子测序（Whole exome sequencing，WES）技术，这就像是给患者的基因做了一次 “深度扫描”。他们还进行了连锁分析、单倍型分析、Sanger 测序验证以及构建迷你基因进行体外剪接实验等。
通过研究，他们有了一系列重要发现：
- 临床和人口统计学数据：在 213 名先证者中，女性占 54%，男性占 46%。大多数患者（73.3%）来自开伯尔 - 普赫图赫瓦省。
- 分子发现和突变谱：研究人员在 171 个家系（80.3%）中实现了分子诊断，共鉴定出 60 个 IRD 相关基因的 129 种独特的致病等位基因，其中 54 种（41.8%）是新发现的。错义变异（34.1%）最为常见，其次是无义变异（23.2%）和小的插入 / 缺失（indels）导致的移码突变（23.2%） 。突变频率较高的基因有 ABCA4、CRB1 等，而 USH2A 和 EYS 等基因的突变在该队列中很少见。
- 反复出现的纯合突变和整体基因组纯合度：研究发现了三个高频反复出现的致病等位基因，分别在 CRB1、ABCA4 和 MYO7A 基因上。单倍型分析证实这些可能是奠基者突变，从共同的远祖遗传而来。此外，巴基斯坦患者的基因组纯合度（autozygosity）中位数为 285Mb，显著高于其他国家的 IRD 患者。
- 拷贝数变异：在五个不相关家庭中检测到致病性大片段缺失，涉及 EYS、CRB1 等基因，其中 RP1 基因的大片段缺失还通过 PCR 扩增和 Sanger 测序进行了验证。
- 影响 RNA 剪接的变异：通过体外实验证实，PDE6C 基因的一个同义变异和 NYX 基因的一个内含子突变会导致异常剪接，分别影响了至少 10 例和 6 例患者。
在讨论部分，研究人员指出，本次研究的诊断率高达 80.3%，且 95.9% 确诊家系为常染色体隐性遗传，这可能与巴基斯坦人群的近亲结婚、族内通婚和地理隔离有关。这些因素减少了突变检测的干扰，提高了遗传分析效率，但也增加了其他疾病的风险。与以往研究相比，该队列中 ABCA4 和 CRB1 是最常突变的基因，这与之前巴基斯坦人群研究结果不同，可能是检测方法和研究人群地理来源差异导致的。此外，该队列中 CNV 的突变负担约为 3%，低于欧洲人群研究结果，可能与某些疾病基因在队列中的代表性不足有关。
总的来说，这项研究首次全面描绘了巴基斯坦 IRD 患者的遗传景观，发现了多个反复出现的奠基者突变，揭示了其独特的遗传结构。这不仅有助于当地开展更精准的遗传分析和咨询，为基因治疗临床试验招募患者提供基线参考，还为全球 IRD 研究贡献了宝贵数据，推动了对这一罕见病的理解和诊疗发展。研究成果发表在《npj Genomic Medicine》上，为该领域的进一步探索点亮了一盏明灯。
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