弓头鲸通过增强DNA修复实现长寿与抗癌的新机制——CIRBP蛋白的关键作用

时间:2025年10月31日
来源:Nature

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为解决Peto悖论(即体型大、寿命长的物种为何癌症发生率不高)这一难题,研究人员开展了针对弓头鲸(寿命超200年)抗癌机制的研究。通过比较基因组学、细胞转化实验及DNA修复分析,发现弓头鲸细胞虽更易转化,但凭借高效的DNA双链断裂修复(特别是通过高表达冷诱导RNA结合蛋白CIRBP)维持基因组稳定性,揭示了不同于大象p53依赖的新抗癌策略。该研究为理解长寿物种的癌症抵抗机制提供了新视角,发表于《Nature》。

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在自然界中,体型巨大且长寿的物种往往面临更高的癌症风险,因为更多的细胞数量和更长的生命周期意味着更多的DNA损伤积累机会。然而,弓头鲸(Balaena mysticetus)却是一个引人注目的例外。这种体重可超过80,000公斤的庞然大物,寿命却能超过200年,是地球上最长寿的哺乳动物之一,而且并不容易患上癌症。这一现象被称为Peto悖论,数十年来一直困扰着科学家们。
为了解开这个谜团,由Vera Gorbunova和Andrei Seluanov领导的研究团队对弓头鲸的细胞机制进行了深入研究。他们发现,与预期相反,弓头鲸的细胞实际上比人类细胞需要更少的致癌"打击"就能发生恶性转化。然而,这些细胞拥有卓越的DNA修复能力,特别是对DNA双链断裂(DSB)的修复,这可能是其抗癌和长寿的关键。
研究人员将目光投向了一种名为CIRBP(冷诱导RNA结合蛋白)的分子。这种蛋白在弓头鲸细胞中异常高表达,能够增强非同源末端连接(NHEJ)和同源重组修复(HR)两种主要的DNA修复途径,减少突变积累,维护基因组完整性。更令人兴奋的是,在果蝇模型中过表达CIRBP不仅能延长寿命,还能提高对辐射的抵抗能力。
这项发表在《Nature》杂志上的研究,不仅揭示了弓头鲸长寿抗癌的新机制,还为人类癌症治疗和抗衰老研究提供了新的思路。通过增强DNA修复来维持基因组稳定性,而不是简单地清除受损细胞,可能是对抗癌症和衰老的一种创新策略。
关键技术方法
研究团队采用了多种前沿技术手段:通过原发性皮肤成纤维细胞培养(包括来自阿拉斯加原住民生存捕猎的弓头鲸样本)进行体外实验;利用软琼脂实验和小鼠异种移植模型评估细胞转化能力;采用单分子突变测序(SMM-seq)和全基因组测序分析突变率;通过荧光报告系统(NHEJ/HR reporters)和CRISPR-Cas9基因编辑技术(靶向PTEN基因座)评估DNA修复效率和保真度;结合蛋白质组学(质谱分析)和转录组学分析蛋白表达;并建立果蝇转基因模型进行体内功能验证。
研究结果
弓头鲸表现出减弱的SASP
研究人员发现,弓头鲸皮肤成纤维细胞与人类细胞类似,会在培养传代中经历复制性衰老,缺乏端粒酶活性,并伴随端粒缩短。然而,转录组分析显示,弓头鲸衰老细胞中衰老相关分泌表型(SASP)因子的诱导程度较低,表明其衰老细胞的炎症反应较弱,这可能有利于长寿。
与大象中观察到的p53活性增强和凋亡增加不同,弓头鲸成纤维细胞显示出较低的基础p53活性,且在基因毒性应激后没有增加凋亡,表明增强的p53信号传导可能不是弓头鲸抗癌能力的主要贡献者。
鲸鱼细胞的致癌转化
通过软琼脂实验和小鼠异种移植实验,研究团队评估了弓头鲸细胞恶性转化所需的最少遗传打击组合。令人惊讶的是,表达hTERT(人端粒酶逆转录酶)的弓头鲸成纤维细胞仅需HRASG12V和SV40大T抗原(LT)即可发生转化,而人类细胞还需要SV40小T抗原(ST)。CRISPR敲除实验进一步证实,TP53和RB1的失活,结合HRASG12V表达,足以导致弓头鲸细胞的恶性转化。这表明尽管弓头鲸体型更大、寿命更长,但其细胞恶性转化所需的突变打击反而少于人类细胞。
鲸鱼细胞更低的突变率
既然弓头鲸细胞p53活性较低且转化所需突变打击更少,研究人员推测其抗癌能力可能与更低的突变率相关。全基因组测序显示,弓头鲸肿瘤中的新生体细胞单核苷酸变异(SNV)频率显著低于人类和小鼠。此外,弓头鲸肿瘤中的小插入-缺失突变(indel)和大结构变异(SV)数量也减少,尤其是大于500 kb的SV明显减少。使用N-乙基-N-亚硝基脲(ENU)处理的单分子突变测序(SMM-seq)和HPRT诱变实验均证实,弓头鲸细胞的自发和诱导突变率均较低,尤其对SV的积累有显著抵抗。
弓头鲸中增强的DSB修复
为探究弓头鲸突变率降低的机制,研究人员评估了不同DNA修复途径的效率。虽然核苷酸切除修复(NER)活性在鲸与人类之间相当,碱基切除修复(BER)有升高趋势但不显著,但PARP(聚ADP-核糖聚合酶)活性在H2O2处理或γ射线照射后显著更高。鲸鱼细胞在H2O2处理后存活率更高,修复稍快。错配修复(MMR)在鲸鱼细胞中也比其他物种更高效。
最重要的是,与物种寿命密切相关的DNA双链断裂(DSB)修复途径在弓头鲸中显著增强。鲸鱼成纤维细胞表现出比其它物种显著更高的非同源末端连接(NHEJ)和同源重组修复(HR)频率。较低的内源性γH2AX和53BP1焦点表明其DSB基线负担较低。在博来霉素处理后,鲸鱼细胞能更快地解DSB焦点,并在克隆形成实验中对博来霉素和依托泊苷更具抵抗力。相应地,γ射线照射后微核形成也减少。这些结果表明弓头鲸成纤维细胞具有增强的错配修复和DSB修复能力。
弓头鲸中更精确的NHEJ
由于NHEJ本身是易错的修复途径,研究人员评估了其保真度。对修复连接点的测序分析显示,与人类相比,弓头鲸产生的缺失更少。通过在内源性PTEN基因座引入CRISPR断裂并深度测序比较物种间修复结果,发现人类、牛和小鼠细胞中以缺失为主,而弓头鲸细胞未修饰等位基因的比例最高,表明其修复更准确。此外,弓头鲸成纤维细胞大缺失频率最低,且微同源使用未改变。这些结果提示弓头鲸的NHEJ具有比其他哺乳动物更高的保真度。
CIRBP有助于高效的DSB修复
为探究修复增强的分子基础,研究人员比较了哺乳动物间DNA修复蛋白的表达。出乎意料的是,Ku70、Ku80和DNA-PKcs等在人类中含量更高。相比之下,CIRBP在弓头鲸成纤维细胞和组织中显著高表达,而在其他哺乳动物(除座头鲸外)中几乎检测不到,海豚中有中等水平。
人源和弓头鲸CIRBP蛋白在C末端有5个氨基酸残基不同。将这5个残基引入人CIRBP可增加蛋白丰度。功能实验表明,在人类细胞中过表达弓头鲸CIRBP(bwCIRBP)能增加NHEJ和HR修复事件的频率,降低indel率,而敲低弓头鲸细胞中的CIRBP则会降低修复效率。过表达bwCIRBP还能加速博来霉素处理后γH2AX-53BP1焦点的解离,增加对博来霉素和依托泊苷的抵抗力,并减少基础和诱导的微核及辐射诱导的染色体畸变。
CIRBP基因组保护机制
机制研究表明,CIRBP主要定位于细胞核,存在于可溶性和染色质相关组分中,其染色质结合是RNA依赖性的。CIRBP被招募到DNA DSB位点,可能通过PAR和RNA靶向。体外分析显示,重组CIRBP能浓度依赖性地迁移RNA和DNA底物,并能增强XRCC4-连接酶IV复合物对线性化质粒的末端连接,促进Ku70-Ku80与DNA的结合。此外,CIRBP还能保护DNA末端免受T7核酸酶的降解。
CIRBP降低恶性转化
功能上,在已转化的(表达hTERT、SV40 LT、SV40 ST、HRASG12V)人类成纤维细胞中过表达bwCIRBP,能延迟软琼脂中的集落形成,并在小鼠异种移植模型中延迟肿瘤生长,而不影响二维培养中的增殖或存活。这表明CIRBP可能通过减少基因组不稳定性来抑制恶性转化。
CIRBP增强果蝇的恢复能力
为验证CIRBP的体内保护作用,研究人员在果蝇中使用条件性Gal4-GeneSwitch系统过表达人和弓头鲸CIRBP。结果显示,CIRBP过表达能一致地延长寿命,并显著提高电离辐射后的存活率,表明其增强了体内的DNA损伤抵抗能力。
结论与讨论
这项研究通过对长寿物种弓头鲸的深入探索,揭示了其解决Peto悖论的一种独特策略:并非依赖额外的肿瘤抑制基因或增强的凋亡来预防癌变,而是通过增强DNA修复和基因组稳定性来实现长寿与抗癌。特别是高表达的CIRBP蛋白,在促进DSB修复、保护DNA末端和维持染色体稳定性中发挥了关键作用。
该研究的发现具有重要意义。首先,它挑战了"增强DNA修复难以甚至不可能实现"的观念,弓头鲸的实例证明这是一种可行的进化策略。其次,研究提示,基于弓头鲸策略的疗法,即增加如CIRBP等蛋白的活性或丰度,未来或可治疗基因组不稳定性这一可改变疾病风险因素,尤其对于癌症遗传易感性增加的患者或衰老人群。
尽管精确的机制(如CIRBP是否通过液-液相分离形成保护性凝聚体)仍需进一步探索,但这项研究无疑为理解长寿和癌症抵抗机制开辟了新途径,为未来的生物医学研究提供了宝贵的见解和潜在的新靶点。

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