Significance
细胞年轻化通过转录重编程已成为对抗衰老的新兴策略。然而目前仅少数年轻化转录因子(TF)扰动被确认。本研究开发了系统性发现平台TRDP,在人类成纤维细胞衰老模型中筛选出十余个候选TF,并验证其中四个(E2F3、EZH2、STAT3、ZFX)能通过细胞/分子表型分析实现年轻化。在组织层面,单独过表达EZH2即可逆转老年小鼠肝脏的纤维化、脂肪变性并改善葡萄糖耐受,为转化研究拓展了候选TF清单。
Abstract
研究团队利用基于成纤维细胞的人类细胞衰老模型和Perturb-seq筛选技术,开发了不依赖去分化的年轻化单TF扰动系统性鉴定方法。过表达E2F3或EZH2、抑制STAT3或ZFX可逆转衰老标志:增强增殖、蛋白质稳态和线粒体功能,减少衰老。小鼠体内实验表明EZH2过表达能逆转肝脏衰老相关基因表达谱,其作用机制显示单TF扰动可引发不同年轻化模型中共有的下游转录程序。
研究平台构建与筛选
TRDP平台整合TF结合 motif 生物信息学分析、年轻/衰老状态全局转录组数据和遗传扰动实验(图1A)。通过人类真皮成纤维细胞复制性衰老模型(早期传代PD<20为"年轻",晚期PD>31为"衰老"),对400个TF进行CRISPRa/i的Perturb-seq筛选。以Rrej 值(衰老相关基因表达逆转相关系数)评估效果,筛选出E2F3(CRISPRa Rrej =-0.53)、ZFX(CRISPRi Rrej =-0.51)等核心扰动因子(表1)。SCENIC算法显示这些TF扰动激活了E2F家族等增殖相关转录模块(图1B),且与异种共生年轻化模型、年轻供体成纤维细胞的基因签名高度相似(图1C),提示存在跨物种保守的年轻化通路。
细胞年轻化表型验证
四种TF扰动均使晚期成纤维细胞关键衰老标志逆转至中年传代水平:
• 增殖与衰老 :KI67+ 细胞比例提升10-30%,衰老相关基因p21(CDKN1A)、TIMP1/2表达下降(图2B-C)
• 蛋白质稳态 :蛋白酶体基因表达与活性提升达40%(图2D)
• 线粒体功能 :TMRE膜电位及三羧酸循环基因表达显著增强(图2E)
• 溶酶体功能 :异常蓄积的溶酶体减少(图2F)
值得注意的是,单TF扰动效果与过表达Yamanaka因子(OCT4/SOX2/KLF2/MYC)相当(图2G),但未引起DNA损伤、端粒长度或甲基化年龄显著变化,且转录组与癌化模型无相似性(图2H),表明其年轻化作用独立于去分化途径。
肝脏年轻化的体内验证
选择老年小鼠肝脏进行EZH2体内验证(图3B),3周AAV8介导的过表达使肝脏转录组年轻化程度(Rrej =-0.42)优于细胞模型。基因集富集显示EZH2逆转了衰老相关的免疫炎症反应及转运蛋白功能衰退(图3C)。组织学证实其显著改善脂肪变性(Oil Red O染色减少50%以上,图3E)和纤维化(Masson染色降低,图3F),并恢复葡萄糖耐受至年轻小鼠水平(图3G)。关键的是,EZH2过表达转录组与多种肝癌模型基因签名无重叠(图3H),且未引起肝损伤标志物ALT升高,支持其安全性。
讨论与展望
TRDP平台首次实现单TF扰动的系统性年轻化筛选。EZH2等因子通过激活增殖相关通路与代谢功能逆转实现协同年轻化,但长期致癌风险需进一步评估。未来需在终末分化细胞等模型中拓展平台应用,为精准抗衰老治疗提供新靶点。
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