自身免疫性疾病（AIDs）是一组与先天性和适应性免疫系统功能障碍相关的疾病，这些系统将身体自身的组织和器官识别为外来物，并产生针对它们的自身抗体，从而导致耐受性失败[1]。自身免疫性疾病包括多种情况，其中最常见的有类风湿关节炎（RA）、系统性红斑狼疮（SLE）、多发性硬化症（MS）、1型糖尿病、银屑病和干燥综合征[2]。自身免疫性疾病在人群中的患病率为5%至10%，是继癌症和心血管疾病之后第三大常见疾病[3]。
目前，对于这些疾病的治疗方法包括皮质类固醇疗法、抗炎药物、单克隆抗体疗法、CAR T细胞疗法和细胞因子疗法[4]。由于这些异质性疾病的机制复杂且尚未完全了解，其确切病因仍不清楚；然而，遗传和表观遗传倾向、环境因素（如空气污染）以及炎症过程可能导致其发展并加剧其进展[2]，[5]。尽管免疫调节疗法有所进展，但大多数提到的自身免疫性疾病仍然无法治愈，并且表现出异质的临床过程[6]。
疾病的发生、活动性和进展在患者之间差异显著，这凸显了需要可靠的预后生物标志物来指导个性化管理策略的迫切性[7]，[8]。预后生物标志物可以提供关于疾病进程、治疗反应性和复发或不可逆器官损伤风险的关键见解[9]。早期识别出患严重疾病风险较高的患者可以促进及时干预并改善长期结果。然而，传统的临床和血清学标志物（包括自身抗体滴度、炎症细胞因子和急性期反应物）在预测疾病进展或治疗反应方面往往缺乏灵敏度和特异性[10]，[11]，[12]，[13]。这一局限性促使人们对分子生物标志物产生了更大的兴趣，特别是那些来自基因组学、转录组学和表观遗传学分析的标志物[14]。
生物标志物是科学上可测量的指标，不仅能有效评估自然生物和病理过程，还对预后、治疗定制和诊断有重要影响[15]。在新兴的分子候选者中，非编码RNA（ncRNAs）受到了广泛关注[16]。尽管大多数细胞内RNA都是非编码RNA（ncRNAs），但它们的作用机制尚未完全明了。根据长度，ncRNAs大致分为两类：小ncRNAs（<200 bp）和长ncRNAs（>200 bp）[16]。小ncRNAs主要包括microRNAs（miRNAs），即18-25个核苷酸的短单链分子，而长ncRNAs则包括线性长非编码RNA（lncRNAs）和环状RNA（circRNAs）[17]，[18]。这些RNA种类在转录和转录后水平上对基因表达起着关键的调节作用，影响细胞分化、增殖、凋亡和免疫调节等关键生物过程[2]，[19]，[20]。
在这里，必须区分诊断性生物标志物、预测性生物标志物和预后生物标志物。诊断性生物标志物用于确认疾病的存在（例如RA中的抗CCP抗体）。预测性生物标志物用于预测对特定治疗的反应。相比之下，预后生物标志物提供了关于疾病可能未来进程的信息，估计了独立于治疗的进展、复发或器官损伤的风险。本综述重点评估ncRNAs作为工具在诊断时对患者进行分层、预测长期进程和指导预防性管理的作用，从而解决自身免疫护理中的一个主要未满足的需求。
在免疫学背景下，ncRNAs在维持免疫稳态和调节炎症反应中起着至关重要的作用[20]。在先天免疫中，特定的lncRNAs和miRNAs可以驱动巨噬细胞向促炎型M1或抗炎型M2表型极化，并影响树突状细胞的分化[21]，[22]，[23]。此外，通过调节多个检查点（包括自然杀伤细胞分泌的IFN-γ等细胞因子的产生、吞噬作用和转录后基因沉默），非编码RNA复杂地调节免疫细胞功能，在自身免疫性疾病的发病机制中起着核心作用[23]，[24]，[25]，[26]，[27]。在适应性免疫系统中，非编码RNA发挥深远的调节作用，控制T辅助17（Th17）细胞分化、B淋巴细胞中免疫球蛋白A库的多样化、调节性T细胞（Tregs）的极化、促炎细胞因子和趋化因子的分泌以及T细胞受体重组[28]，[29]，[30]，[31]。最近的高通量方法，包括对血液和组织等各种生物样本的微阵列和RNA测序分析，揭示了多种自身免疫性疾病（包括类风湿关节炎、系统性红斑狼疮和干燥综合征）中非编码RNA的表达失调模式。这些发现强烈表明非编码RNA是自身免疫和炎症信号网络的关键调节因子。此外，越来越多的证据表明它们具有作为诊断和预后生物标志物的潜力，为改善临床管理和开发更有效的自身免疫性疾病治疗策略提供了希望[16]。提到的ncRNAs的潜力表明，未来的工作应优先考虑大规模、多中心的纵向研究，并整合多组学和机器学习模型，以得出具有真正预后价值的可重复分子特征。因此，发现不同的生物标志物和创新的分析方法将有助于这些疾病的预后、诊断和治疗。
尽管关于非编码RNA及其与自身免疫性疾病关系的文献越来越多，但大多数研究或综述迄今仍集中在机制方面或诊断关联上。相比之下，ncRNAs作为预测疾病进展、器官损伤、复发或治疗反应的指标的预后和预测价值尚未在自身免疫性疾病中进行全面汇总。
在这篇综述中，我们提出了一个以预后为中心的框架来解释自身免疫中的ncRNA失调。我们不是列举所有报告的ncRNAs，而是关注那些与长期结果、不可逆组织损伤或治疗反应有关的ncRNAs。通过整合跨疾病和病理途径的数据，我们旨在强调ncRNAs如何从机制标志物发展成为用于风险分层、结果预测和自身免疫性疾病精准医疗的临床可操作工具。
