材料
序列为H-Tyr-D-Ala-Gly-Phe-Leu-OH的Pentapeptide-18,分子式C29H39N5O7,分子量为569.6 g/mol,CAS编号为64963-01-5,从Cayman Chemical Co. Inc.购买,纯度为98%。
结构分析
Pentapeptide-18(CAS:64963-01-5)的几何结构来自CHEMSPIDER(ID:8275056)。量子力学计算使用Gaussian 09软件包(Frisch等人,2016年)进行,采用了B3LYP/6-31++G(d,p)理论水平(Becke,1992年)。
几何参数
Pentapeptide-18的商品名为Leuphasyl®,是一种序列为H-Tyr-Ala-Gly-Phe-Leu-OH的五肽。五肽的N端是酪氨酸(Tyr)残基,C端是亮氨酸(Leu)残基。根据结构的不同,Pentapeptide-18具有四个肽键。研究肽基团以及N端和C端区域对于确定它们对结构稳定性和活性的影响非常重要。
结论
本研究采用了一种综合方法,结合量子化学、振动光谱、分子对接和分子动力学(MD)模拟来研究Pentapeptide-18(Leuphasyl®)在分子水平上的抗衰老效果。结果表明,这种肽不仅具有神经调节的美容效果,还具有能够在分子水平上影响细胞老化过程的生物物理特性。
优化的几何结构和振动
CRediT作者贡献声明
Serda Kecel Gunduz:撰写 – 审稿与编辑,撰写 – 原稿,可视化,验证,监督,软件,项目管理,方法学,研究,形式分析,数据管理,概念化。
Bilge Bicak:撰写 – 审稿与编辑,撰写 – 原稿,可视化,验证,软件,方法学,研究,形式分析,数据管理。
Elif Akalin:撰写 – 审稿与编辑,撰写 – 原稿,验证,形式分析,
这项工作得到了伊斯坦布尔大学科学研究项目协调部门[FYL-2023-40218, ÖNAP-2423]的支持。作者感谢Schrödinger团队在使用Schrödinger的小分子药物发现套件和Desmond套件方面提供的技术支持。