综述：疱疹病毒：系统分类学、基因组复杂性和生命周期的概述

这篇综述全面梳理了疱疹病毒目（Herpesvirales）的最新研究进展，涵盖其形态特征、分类学框架（包括Orthoherpesviridae、Malacoherpesviridae和Alloherpesviridae三科）、独特的基因组架构（如重复序列介导的异构体形成）以及双相生命周期（裂解期与潜伏期）。作者特别强调了基因组复杂性对病毒宿主适应性的影响，并指出新技术（如长读长测序）在解析疱疹病毒进化与致病机制中的潜力。

疱疹病毒：系统分类学、基因组复杂性和生命周期的概述

背景

疱疹病毒是一类具有双层线性DNA基因组的复杂病毒，属于Duplodnaviria领域。其历史可追溯至古埃及时代，人类对其疱疹性病变的记载已逾千年。分子钟分析表明，疱疹病毒最近的共同祖先存在于约1.5-2.1亿年前的侏罗纪/三叠纪时期。传统认为其进化以宿主共分化为主，但最新证据显示宿主转换和种内分化更具关键作用。

疱疹病毒颗粒结构

成熟病毒颗粒直径120-260 nm，由外至内包含四层结构：

1. 包膜（Envelope）：脂质双层镶嵌病毒糖蛋白（如HSV-1含11种糖蛋白，单个拷贝数超1000）。
2. 皮层（Tegument）：含20余种病毒蛋白，分布不对称。
3. 衣壳（Capsid）：T=16对称性，含161个壳粒（150个六聚体+11个五聚体），分A/B/C三型，仅C型含完整基因组。
4. 核心（Core）：DNA以环形方式紧密压缩，形成类环面结构。

冷冻电镜等新技术揭示，衣壳成熟过程伴随结构重组，如核衣壳通过核膜出芽获得初级包膜，后经高尔基体或内体系统完成二次包膜装配。

疱疹病毒目分类

国际病毒分类委员会（ICTV）2022年确认133种疱疹病毒，分属三科：

• Orthoherpesviridae（118种）：感染哺乳动物、鸟类和爬行动物，含Alphaherpesvirinae（49种，如HSV-1、VZV）、Betaherpesvirinae（27种，如HCMV）和Gammaherpesvirinae（42种，如EBV）。
• Malacoherpesviridae（3种）：感染软体动物（如OsHV-1）。
• Alloherpesviridae（16种）：感染鱼类和两栖类。

基因组架构

疱疹病毒基因组大小差异显著（119-295 kb），存在7种构型：

1. Arch-1（UL-IRS-US-TRS）：见于Alphaherpesvirinae。
2. Arch-2/3（含重复序列a/TR_L/IR_L）：导致UL/US区倒位异构化。
3. Arch-4（单一独特区）：部分Betaherpesvirinae和Alloherpesviridae。
4. Arch-5（TR-U-TR）：Gammaherpesvirinae常见。
5. Arch-6（分散重复）：如EBV。
6. Arch-7（含X区）：Malacoherpesviridae特有。

生命周期的双相性

裂解期：

1. 入侵：糖蛋白介导宿主细胞膜融合或内存作用。
2. 基因表达：时序性激活立即早期（IE）、早期（E）和晚期（L）基因，分别调控转录、DNA复制（θ→滚环模式）和结构蛋白合成。
3. 装配释放：核内衣壳包裹DNA后，经核膜出芽→胞质二次包膜→分泌。

潜伏期：

• 基因组维持：形成游离体（如HSV-1）或整合宿主端粒（如HHV-6）。
• 免疫逃逸：通过lncRNA（如LAT）、miRNA（如EBV的miR-BART）和非裂解蛋白（如LANA）抑制裂解基因，修饰表观遗传。
• 再激活：应激（紫外线、激素）触发IE基因去抑制，启动裂解级联反应。

未来展望

环境DNA测序和单细胞多组学技术将加速未表征疱疹病毒的发现，而深度学习工具（如AlphaFold）有望解析病毒-宿主蛋白互作网络，为靶向治疗提供新策略。