上皮卵巢癌中基于18基因panel的新一代测序肿瘤与胚系配对检测的前瞻性研究

本研究前瞻性评估了以上皮卵巢癌（EOC）肿瘤组织为先导的多基因检测策略，通过对比肿瘤与配对血液胚系样本的NGS测序结果，证明肿瘤优先检测可高效识别胚系变异（包括BRCA1/2及其他同源重组修复相关基因），假阴性率低于1%，为优化遗传检测流程、减少重复医疗资源消耗提供了重要循证依据。

引言

上皮卵巢癌（EOC）是北美女性癌症死亡的第五大原因，其中20-30%的病例与遗传性致病性变异（PV）相关，最常见于BRCA1/2基因。其他相关基因包括错配修复基因（MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、EPCAM）和范可尼贫血通路基因（RAD51C、RAD51D、BRIP1、PALB2）。目前加拿大安大略省的标准检测流程包括对19个基因进行胚系新一代测序（NGS），同时肿瘤组织需进行BRCA1/2反射测试以评估PARP抑制剂（PARPi） eligibility。尽管并行检测具有优势，但该模式重复消耗医疗资源。前期研究表明，以肿瘤为先的检测策略对BRCA1/2变异具有高敏感性，本研究旨在将这一证据扩展至多基因panel，前瞻性探索多基因肿瘤检测在EOC中的可行性。

方法

本研究为单中心前瞻性单臂队列研究，于2021年10月至2023年10月在多伦多大学健康网络（UHN）进行。共纳入106例经组织学确诊的EOC患者，排除低级别浆液性癌等特定类型。肿瘤样本经福尔马林固定石蜡包埋（FFPE），由妇科肿瘤病理专家确认肿瘤细胞含量＞20%。DNA提取采用磁珠纯化法，胚系DNA来自外周血。使用定制18基因NGS panel（包含BRCA1、BRCA2、RAD51C、RAD51D等）进行测序，最低测序深度为肿瘤100×、胚系25×。变异分类遵循国际指南，体细胞变异分为Tier I/II/III，胚系变异分为致病性（P）、可能致病性（LP）和意义未明（VUS）。同源重组缺陷（HRD）分析采用Myriad myChoice HRD Plus assay，基因组不稳定性评分（GIS）≥42定义为阳性。

结果

在106例患者中，94.3%的肿瘤检测到除TP53外的变异。共发现27个Tier I/II肿瘤变异，其中59.3%为胚系来源（13例为BRCA1/2，3例为其他基因），40.7%为体细胞来源（9例为BRCA1/2，2例为其他基因）。此外，58个Tier III变异中60.3%为胚系VUS。肿瘤优先检测在105/106例（99.1%）中正确识别了胚系变异状态。唯一假阴性病例为胚系BRCA1外显子12拷贝数变异缺失，未在肿瘤中检出。在50例BRCA阴性患者中，28%为HRD阳性。多基因检测还揭示了非BRCA基因（如RAD51C、PALB2）的变异，扩大了潜在获益人群。

讨论

本研究证实了肿瘤多基因NGS检测在EOC中的可靠性，其识别胚系变异的灵敏度高达99.1%。肿瘤优先策略可减少约半数患者的重复检测（无变异者无需胚系验证），显著节约医疗资源。挑战在于小片段CNV的检测（如单外显子缺失），需优化生信分析与验证流程。HRD测试补充了基因panel的不足，28%的BRCA阴性患者可能从PARPi中获益。此外，非BRCA基因（如RAD51C、ATM）的变异提示更广泛的遗传风险评估需整合多维度数据。

结论

肿瘤优先的多基因NGS检测是EOC遗传风险评估的高效策略，兼具可行性与经济性。未来需完善检测流程以降低假阴性风险，并探索HRD与基因变异的联合应用价值，最终实现个体化治疗与家族风险管理。